SAXSdb — 8z9e

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z9e
沉积日期 deposition_date	2024-04-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of NTR-bound type VII CRISPR-Cas complex at substrate-engaged state II
关键词 keywords	protein structure, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.77 Å
零角强度 I(0) i0	1443850000.00
分子量 molecular_weight	296850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	363690 Å³
包络体积 envelope_volume	497090 Å³
水化壳体积 shell_volume	87456 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.6 Å
壳层 Rg shell_rg	51.47 Å
包络 Rg envelope_rg	46.99 Å
形状 Rg shape_rg	46.80 Å
总 Rg total_rg	46.85 Å
总原子数 total_atoms	20770
残基数 n_residues	2557
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	167.1 Å
Rg (实空间) rg_real	46.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4440e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1444000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8507
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	54.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.507
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.000
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	191800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.727; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.875

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein structure
分子量 formula_weight	22255.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E,F,J
原子数 atom_count	20770

MAKTMKKIYVTMKTLSPLYTGEVRREDKEAAQKRVNFPVRKTATNKVLIPFKGALRSALEIMLKAKGENVCDTGESRARPCGRCVTCSLFGSMGRAGRASVDFLISNDTKEQIVRESTHLRIERQTKSASDTFKGEEVIEGATFTATITISNPQEKDLSLIQSALKFIEENGIGGWLNKGYGRVSFEVKSEDVATDRFLK

来源 Source

来源生物 organism	metagenome
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	256318
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Protein structure
分子量 formula_weight	27139.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MKEIKGILESITGFSIPLDNGEYALYPAGRHLRGAIGYIAFNLDLPISSKFLDFDFDDIIFRDLLPISKCGKIFYPEKNSNSLKCPSCNEIYGSSVLRNIMARGLSYKEVIEGKKYRLSIIVKDEKYLNEMEAIIRYILSYGIYLGNKVSKGYGKFKIKEYSIVDILPVKDSEVLLLSDAIIDNGEKDIVFSKKEISSSKFEIIRKRGKAKGDIIRDNNHNGFYIGKYGGLGFGEIISLK

来源 Source

来源生物 organism	metagenome
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	256318
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Protein structure
分子量 formula_weight	70468.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I,K,L

MIKFIGGASKVTGSAFLLETGNAKILIDCGIEQEKGIEKDNNEIIEKKINEIGKADICILTHAHLAASGLVPLLVKKRKVNKIISTPATKELCRLLFNDFQRIQEENNDIPLYSYDDIESSFEIWDEIDDRNTIELFDTKITFYNNSHIIGSVSVFIETHNGNYLFSGDIGSKLQQLMDYPPDMPDGNVDYLILESTYGNKSHDSSDRDRLLEIAKTTCENGGKVLIPSFAIGRLQEVLYTFSNYNFNFPVYIDSPMGSKVTNLIKEYNIYLKKKLRRLSITDDLFNNKYIAINTSNQSKELSNSKEPAVIISASGMLEGGRILNHLEQIKNDENSTLIFVGYQAQNTRGRKILDGEEKVRCRIEKLNSFSAHADQDELIDYIERLKYTPYKVFLVHGEKEQREILAKRIISKKIRVELPENYSQGKEILIEKKVVLNINTDNMCNFASYRLMPFSGFIVEKDDRIEINDKNWFDMIWNEEYNKMRSQIVAEDFSTDQNEDSMALPDMSHDKIIENIEYLFNIKILSKNRIKEFWEEFCKGQKAAIKYITQVHRKNPNTGRRNWNPPEGDFTDNEIEKLYETAYNTLLSLIKYDKNKVYNILINFNPKL

来源 Source

来源生物 organism	metagenome
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	256318
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	RNA (39-MER)
分子量 formula_weight	19142.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	M

GGUUAAAACUCUUCUCAUGCUGGAUUCGAAAUUAGGUGCGCUUCGCGUUUAAGUCCCAUA

来源 Source

来源生物 organism	metagenome
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	256318
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	RNA (34-MER)
分子量 formula_weight	19354.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	N

GAACAGAAGAACACCUAAACGCGAAGCGCACCUAAUUUCGAAUCCAGCAUGAGAAGCUAA

来源 Source

来源生物 organism	metagenome
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	256318
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.13 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	133899

fit	/app/data/saxs_computation/z9/8z9e/8z9e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z9/8z9e/8z9e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z9/8z9e/8z9e.dat

Cryo-EM structure of NTR-bound type VII CRISPR-Cas complex at substrate-engaged state II

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)