SAXSdb — 8z9r

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8z9r
沉积日期 deposition_date	2024-04-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of Thogoto virus polymerase in a replication elongation-reception conformation
关键词 keywords	RNA polymerase, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.04 Å
零角强度 I(0) i0	2403690000.00
分子量 molecular_weight	400440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	497110 Å³
包络体积 envelope_volume	674550 Å³
水化壳体积 shell_volume	106340 Å³
包络直径 envelope_diameter	167.4 Å
壳层 Rg shell_rg	57.56 Å
包络 Rg envelope_rg	50.09 Å
形状 Rg shape_rg	51.05 Å
总 Rg total_rg	51.20 Å
总原子数 total_atoms	28063
残基数 n_residues	3404
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.0 Å
Rg (实空间) rg_real	50.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4040e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2404000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8661
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	56.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.257
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.570
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	321600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.437

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase acidic protein
分子量 formula_weight	71623.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H
原子数 atom_count	28075

MTDRPDHIDSRVWELSETQEDWITQVHGHVRRVVECWKYTICCLISNMHTHRGAPQYDVFKWQDRSTIEWICSKKKVQYPERDTPDLYDNERAVAYKVLLVSDLSDHSPTSGIYHDLAFNLEGEAEESCALVLRGSQLQDIKGFLCRALEWVVSNNLTQEVVETISGEAKLQFSVGTTFRTLLKRDTDWDVIPTPRVEPNVPRIEGRRWTQMKKLPLLKEKEGPPSPWRALLLGADSEYIVCPPGTDQEAISWIHSQSEIECIRESKSTPASVITCLTSSLQSFAEGNPVRSRIHEDIIAFGINKKQEKKQSASSSASGEWKRAEYQVEEMSLPPWVEEEMVLLRSDQEDNWIELEKNAIYTEVDGVAEGLVDKYIEIVGRTKVASVIEKWQIAATRTFSQLHTDRSRITACPIITRDPSGNCQFWGMVLLGPHHVKRDTDNAPLLIAEIMGEDTEEKYPKHSVFSLKVEEKQFLLSLKITSFSRNKLYTFSNIRRVLIQPASIYSQVVLSRAAENNSLNLEVNPEIQLYLEGAQRGMTLYQWVRMILCLEFLMAIYNNPQMEGFLANMRRLHMSRHAMMERRQVFLPFGSRPEDKVNECIINNPIVAYLAKGWNSMPNVYY

来源 Source

来源生物 organism	Thogoto virus (isolate SiAr 126)
通用名 common_name	Tho
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	126796
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子量 formula_weight	81432.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,I

MNLFTPLSEINPTTTQELLYAYTGPAPVAYGTRTRAVLENIIRPYQYFYKEPNVQRALDIKTGCKEPEDINVEGPSSGFHTASVLKLADNFFRKYRPAMEKLKYWILVKLPKLKYAELSKGRQTYSFIHKRNLPAPIALEETVEFLEQNLRRKIGPTLLSYCQAIADVMELDETTYEGARDPRPWDIQLEEIDSDEEDPLFRQVGREETYTIKFSREELWDQMRTLNTMWKHLERGRLNRRTIATPSMLIRGFVKIVEDAAKEILENVPTSGVPVGGEEKLAKLASKQTFHTAVTGELSGDQEKFNECLDPDAMRLMWTVFLRKLGCPDWIMELFNIPFMVFKSKLADMGEGLVYTKGKLTDRKPLGEMPSEFDDLVRNVVGNSISCRLGMFMGMYNLTSTLLALISIEREELTGSHVESSDDFIHFFNCKTHEEMFKQAETLRLTLKLVGINMSPSKCILISPAGIGEFNSKFHHRDFVGNVATELPALVPNGTNPMTDLAMGLNVIKHSVNTGQMNLCTGALAMRIFNHAYKYAYMALGVTRRTRFMEENAITPLLTNQGASPVHSFSTMHLDEVALRRHLGLLDEETLRRILNPNNPVTQKGDPSMFFRIENKMPQIMEDYSVPSCFKYTLSRNRTIQDKPHKALLNKEERYQRVTSIINKLFPEVLIQEASAPGTVRESLKRRLELVVERSDLDEERKKRILSRIF

来源 Source

来源生物 organism	Thogoto virus (isolate SiAr 126)
通用名 common_name	Tho
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	126796
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Polymerase basic protein 2
分子量 formula_weight	94418.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,J

MDREEPAESECTLRALVEEYNGACKEAPKEMSKQFTDYNTFKRYTTSKKDHAPQMRLVYSVRKPWPISMTPSKEIPLVFNGTKLKDTILDLGESKRTRANIVVPDYWSKYGSQTSLEVVNAILYAEDLKVQRFFSTEWGEIRYGRMLPFRKPVQACPTIEEVNPASIPHTLLQVFCPQYTTLDSKRKAHMGAVEKLKRVMEPICKVQTQESAVHIARSLIDSNKKWLPTVVDHTPRTAEMAHFLCSKYHYVHTNTQDLSDTRSIDNLCGELVKRSLKCRCPKETLVANLDKITIQGRPMREVLADHDGELPYLGICRVAMGLSTHHTMKIRSTKFSILNSDHPRIEVKKVFSLSPDVQVTIPYRRFKGKAKVYFQNDQIQGYFSCTDRQIDEIKISAPKNAPLLEPLLDICYYGSFIEPGFEQTFGFYPAGKREFVDSFFMHHSKDHKAFLIHMGLDKDLSLPLSPELNWKEPALSKVCRVTELDSTVQPYTSATREFVLGETLNVYTQHENGLELLICPTEIRSTRGPLPPGTNLSGSEFIDIYQDPFSRAKSLLKSTILHAERCKEFVGNMLEEYQDPAETTVQSLVPINTWGKSAKRKLQEEITSDPDWHQCPRKRAKMSYLAIIAGSIQDRDKKQTNVPRAFMLRGSQIEYDMKATRGLVVDTTNRIIVGGETVLREGKGGPEGYVQTGVFEEQPRCYLVDTPDHGLSMGLSRFCVHSQGRYFQYEKKISIWEETDNIKATIDSQRDLKRRRDIEEMVSKRARIVLEVLFQGPGHHHHHHHHSADYKDDDDKGGWSHPQFEKGGGSGGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Thogoto virus (isolate SiAr 126)
通用名 common_name	Tho
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	126796
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APGPAPGPAPAPAPUPCPAPAPGPGPCPAPGPUPU)-3') ;
分子量 formula_weight	5843.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

AGAGAAAUCAAGGCAGUU

Entity 5 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(GPAPCPUPGPCPCPUPGPUPUPUPUPUPGPCP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	5335.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

GACUGCCUGUUUUUGCU

Entity 6 polymer

描述 description	;RNA (5'-D((ATP))-R(PGPCPAPAPAPAPAPCPA)-3') ;
分子量 formula_weight	3375.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G,K

XGCAAAAACA

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.58 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	86841

fit	/app/data/saxs_computation/z9/8z9r/8z9r.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z9/8z9r/8z9r.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z9/8z9r/8z9r.dat

Cryo-EM structure of Thogoto virus polymerase in a replication elongation-reception conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)