SAXSdb — 8zc9

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zc9
沉积日期 deposition_date	2024-04-29
最后修订 last_revision	2024-09-11
结构标题 title	The Cryo-EM structure of DSR2-Tail tube-NAD+ complex
关键词 keywords	NADase, anti-phage defense, tail-tube protein, NAD, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	75.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	76.43 Å
零角强度 I(0) i0	3265550000.00
分子量 molecular_weight	498950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	630070 Å³
包络体积 envelope_volume	937970 Å³
水化壳体积 shell_volume	111730 Å³
包络直径 envelope_diameter	266.7 Å
壳层 Rg shell_rg	60.79 Å
包络 Rg envelope_rg	76.42 Å
形状 Rg shape_rg	76.40 Å
总 Rg total_rg	76.26 Å
总原子数 total_atoms	35352
残基数 n_residues	4224
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	231.7 Å
Rg (实空间) rg_real	74.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2490e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3400e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	71.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3239000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7833
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	55.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.586
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.501
角度范围 angular_range	— – 0.1050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0427
最高正则化参数 α highest_alpha	269300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	22
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.712; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.092

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	SIR2-like domain-containing protein
分子量 formula_weight	118568.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,E,D
原子数 atom_count	35352

MVKVDLESKRYGEKLKEVFLMLDNNVVECIKEITESSRNGKLVFFVGAGVSTLSDYPQWWRLVDKYHEELYGSPKKGNYSSDEYLRIPQIFYNVKGEMAFDGILKDFFQVDKPTNPIHDKILAMNPAHVITTNYDNLIDTACWKRGKYFSVISAEEDVANATSSRYLLKVAGDFRKGFKGENVVLKEDDYLNYDQNYPLISNLMKTIIATHTIVFIGYGLGDYNINMLLNWVRKLQKDSFHKPFFIRTDPSPIENETLIYYENKGLRIIDAASLIDSNEYDYLERYSAVMDLLIESQENKFITKDDEVIDYIYGKISPLFALQYIRKIDLKHVFEYDYHFEVNGTVVRHKNKGFGYMERFFELKESCDERSKLSKKQYERFNALFNFFEKNGVICMAKDAGTLNTSIEINSLAYHGKYDVMKKFIEEQSVSIEDDYKKAFFLACLGRWEESYDLYSNIILNSIDESNGCVYYLSQINRYRIYQSITQAVTQFNGLGLLTFGRHYKPFTDEFLARIEREMTNFNIDDLFNGMPFEFQKKYKILEFLSDNQFLYDDTVKLFELTNKVRSEMSEGSYSFGMSSDIVVLLRLYDNLRFLYENCLWSVSFHEFHQYIRNSMSLLIEKAEYERTRDIDELGFSFFGKKSGFFMEYYDFVNISRHFKIDDIKNLERSCSIDKIRFGEQEKIEEYLVGIAEEITKQFSANGMNVVFYTQFISEAKAALYFAKYVKLSEEGLGKIVKALLFYFPERDLDIGKRYVWLERLTKCNELPKSIISIIDDFLVLQAEKHIDQNYSEVSSNGLYSRDYGALIKHFEKNFISKRLSEITLCLTQDKQKQIDFLFKLLPLLSTNAKSHLLSFKSVENINDLMNGIRIGLIDEFTPEHEELIIEYLETRKVNYIVEKEKGIQTFSSNDYMSTFGIWYFLEEINNSKMEEFIGMDDQYDFFVDPENFDYKKFIPSWLKNYNDKLLGKIAGNKHMKHHVIEVLKERVKNSNDKRYLEILMNYFI

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

Entity 2 polymer

描述 description	tail tube protein
分子量 formula_weight	29304.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MKTVIQDTADVYFKRKSDGKLVFTAEAQTASFSQAISEEKLRGGIGNKPLYILKSEKEINLTVKNAFFDLEWLAMTQGETIQEETKVKVFDREHGLIVDDTNKVTLKGKPVSDVTFYNKKGLTYKIAVSTDGTYTIPTAFAAAKDKLTAVYQIEKVGRRLAIKASKFSERYEVEYRTIAYNPDTEEVYSDIYIQFPNVSPSGEFEMSLENGNALAPEIKFEALADTDTDEMAVVIEASRDENTAAPVEDTTGSTQSSDLGGTTE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

Entity 3 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.14 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	57864

fit	/app/data/saxs_computation/zc/8zc9/8zc9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zc/8zc9/8zc9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zc/8zc9/8zc9.dat

The Cryo-EM structure of DSR2-Tail tube-NAD+ complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)