8zd5

;Crystal structure of E40K variant of Cu/Zn-superoxide dismutase from dog (Canis familiaris) in the holo form complexed with 22E1 Fv-clasp ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 142.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zd5
沉积日期 deposition_date	2024-05-01
结构标题 title	;Crystal structure of E40K variant of Cu/Zn-superoxide dismutase from dog (Canis familiaris) in the holo form complexed with 22E1 Fv-clasp ;
关键词 keywords	Complex, Antibody, SOD1, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	43.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.49 Å
零角强度 I(0) i0	650988000.00
分子量 molecular_weight	201890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	249750 Å³
包络体积 envelope_volume	376970 Å³
水化壳体积 shell_volume	74213 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.8 Å
壳层 Rg shell_rg	48.24 Å
包络 Rg envelope_rg	40.70 Å
形状 Rg shape_rg	42.45 Å
总 Rg total_rg	42.92 Å
总原子数 total_atoms	14154
残基数 n_residues	1853
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.6 Å
Rg (实空间) rg_real	43.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.5100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1840e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	43.16 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	651100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6524
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	54.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.238
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.212
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.083; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.810

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	22E1VH-SARAH
分子量 formula_weight	19194.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,E,B,K
原子数 atom_count	14154

MEVQLQQSGAELVRPGALVKLSCKASGFNIKDYYMYWVKQRPEQGLEWIGWIDPENDNTIYDPKFQGKASISADTSSNTAYLQLSSLTSEDTAVYYCGGGPLYAMDYWGQGTSVTVCSGSDYEFLKSWTVEDIQKRLLALDPMMEQEIEEIRQKYQSKRQPILDAIEAK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	22E1VL-SARAH
分子量 formula_weight	18204.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C,L,I

MDIKMTQSPSSMYASLGERVTITCKASQDIKSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATRLADGVPSRFSGSGSGQDYSLTISSLESDDTATYYCLQHRERPLTVGAGTKLELKGSDYEFLKSWTVEDIQKRLLALDPMMEQEIEEIRQKYQCKRQPILDAIEAK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Superoxide dismutase [Cu-Zn]
分子量 formula_weight	15864.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.15.1.1
突变 mutation	E40K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J

MEMKAVCVLKGQGPVEGTIHFVQKGSGPVVVSGTITGLTKGEHGFHVHQFGDNTQGCTSAGPHFNPLSKKHGGPKDQERHVGDLGNVTAGKDGVAIVSIEDSLIALSGDYSIIGRTMVVHEKRDDLGKGDNEESTQTGNAGSRLACGVIGIAQ

来源 Source

来源生物 organism	Canis lupus familiaris
通用名 common_name	dog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9615
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	167.915 Å
晶胞边长 b length_b	82.213 Å
晶胞边长 c length_c	187.612 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	48.150 Å
R 因子 r_factor	0.2035
R_work r_work	0.2011
R_free r_free	0.2492

fit	/app/data/saxs_computation/zd/8zd5/8zd5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zd/8zd5/8zd5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zd/8zd5/8zd5.dat

;Crystal structure of E40K variant of Cu/Zn-superoxide dismutase from dog (Canis familiaris) in the holo form complexed with 22E1 Fv-clasp ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)