8zd6

;Crystal structure of E40K variant of Cu/Zn-superoxide dismutase from dog (Canis familiaris) in the apo form complexed with 22E1 Fv-clasp ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 138.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zd6
沉积日期 deposition_date	2024-05-01
结构标题 title	;Crystal structure of E40K variant of Cu/Zn-superoxide dismutase from dog (Canis familiaris) in the apo form complexed with 22E1 Fv-clasp ;
关键词 keywords	Complex, Antibody, SOD1, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.65 Å
零角强度 I(0) i0	524431000.00
分子量 molecular_weight	176720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	216860 Å³
包络体积 envelope_volume	338920 Å³
水化壳体积 shell_volume	68722 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.4 Å
壳层 Rg shell_rg	46.79 Å
包络 Rg envelope_rg	39.91 Å
形状 Rg shape_rg	41.62 Å
总 Rg total_rg	42.01 Å
总原子数 total_atoms	12448
残基数 n_residues	1775
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	524500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8700
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.258
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.210
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.768

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Superoxide dismutase [Cu-Zn]
分子量 formula_weight	15864.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.15.1.1
突变 mutation	E40K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	12448

MEMKAVCVLKGQGPVEGTIHFVQKGSGPVVVSGTITGLTKGEHGFHVHQFGDNTQGCTSAGPHFNPLSKKHGGPKDQERHVGDLGNVTAGKDGVAIVSIEDSLIALSGDYSIIGRTMVVHEKRDDLGKGDNEESTQTGNAGSRLACGVIGIAQ

来源 Source

来源生物 organism	Canis lupus familiaris
通用名 common_name	dog
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9615
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	22E1VH-SARAH
分子量 formula_weight	19194.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

MEVQLQQSGAELVRPGALVKLSCKASGFNIKDYYMYWVKQRPEQGLEWIGWIDPENDNTIYDPKFQGKASISADTSSNTAYLQLSSLTSEDTAVYYCGGGPLYAMDYWGQGTSVTVCSGSDYEFLKSWTVEDIQKRLLALDPMMEQEIEEIRQKYQSKRQPILDAIEAK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	22E1VL-SARAH
分子量 formula_weight	18204.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

MDIKMTQSPSSMYASLGERVTITCKASQDIKSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATRLADGVPSRFSGSGSGQDYSLTISSLESDDTATYYCLQHRERPLTVGAGTKLELKGSDYEFLKSWTVEDIQKRLLALDPMMEQEIEEIRQKYQCKRQPILDAIEAK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	83.616 Å
晶胞边长 b length_b	83.601 Å
晶胞边长 c length_c	185.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.290 Å
最低分辨率 resolution_low	43.940 Å
R 因子 r_factor	0.2794
R_work r_work	0.2769
R_free r_free	0.3264

fit	/app/data/saxs_computation/zd/8zd6/8zd6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zd/8zd6/8zd6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zd/8zd6/8zd6.dat

;Crystal structure of E40K variant of Cu/Zn-superoxide dismutase from dog (Canis familiaris) in the apo form complexed with 22E1 Fv-clasp ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)