8zdl

Cryo-EM structure of Mycobacteriophage Douge genome-free connector (gp5, gp9, gp10, gp12 and gp13)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 228.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zdl
沉积日期 deposition_date	2024-05-02
结构标题 title	Cryo-EM structure of Mycobacteriophage Douge genome-free connector (gp5, gp9, gp10, gp12 and gp13)
关键词 keywords	Mycobacteriophage, phage structure, Icosahedral, cryo-EM, protein assembly, VIRUS, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	87.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	88.79 Å
零角强度 I(0) i0	21393200000.00
分子量 molecular_weight	1238400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1545800 Å³
包络体积 envelope_volume	2386700 Å³
水化壳体积 shell_volume	228570 Å³
包络直径 envelope_diameter	337.1 Å
壳层 Rg shell_rg	79.00 Å
包络 Rg envelope_rg	89.18 Å
形状 Rg shape_rg	88.78 Å
总 Rg total_rg	88.74 Å
总原子数 total_atoms	87390
残基数 n_residues	11154
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	228.8 Å
Rg (实空间) rg_real	82.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0430e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8560e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	84.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21180000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9100
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	89.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.421
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.631
角度范围 angular_range	— – 0.0900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.3335
最高正则化参数 α highest_alpha	2342000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	19
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.936; Stabil: 0.983; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.115

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Protal Protein (gp5)
分子量 formula_weight	60435.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	87390

MIELPDAISDGEVRKLVENEFWPEFVRRREKLDRIAQWARGEQPDYLIQNANREKRALLKLAKTPWLGLVVTHFTQALFVDGYRAEGSKENAKGPWQTWNANKMQSKQIAIHRAALTYGYSYARVLPGVALDGANQAEIHGVSPRRLLALYEDQINDEYPKYALELANNGKTVRLYTDTDYYELRMPSPGNFPNEQVIKKVHHGVGVCPFVRYVNMMDLDGFTMGEVEYLVPVASKIDKTDYDRLLAQHYNSWKVKVATGIDDLSEDATPEEQQRAKLILAQDDILMHGNHEAKFYTLPETSLDGFIAAHTQDVEILANNAQVPVWILNGQLANLSADALTAATKGTIQKLYERQVTFGAAHNQVLRLAAHVEGDTEGARDFTASVSWQDTSVRSLAQAVDAYGKAATMLGMPKEFLWGLIPGITKTDVEAMRQHFNDDDEMTQMLLWWTPNGPGGEFAAEIEVDSQTQIIEAQGDVQKDLQDAQAKAQADLAKQNAAAQQRQAVAVAKATPAASKAPSTSKAASKRTPKKQGGVSGNDPASRAA

Entity 2 polymer

描述 description	Stopper Protein (gp10)
分子量 formula_weight	12405.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R

MNDETLTVYRGATDNKGNPNKQVHGTVKGVFAWGPGTSTNKFGRDRNFKGESSSLTAELYVKRGADLKARDRIRRANGEEYSVVGHAAWDQGHPFDGFDFGYMVFQVEAVNA

Entity 3 polymer

描述 description	Tail Tube Protein (gp13)
分子量 formula_weight	32112.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U,V,W,X

MTDFYTIKDAQADLAIAPLNLTVLLAPYSTTPATTLESPTDGSLAIPPGYKSVGHFEKQAGLTLGNEFDSKDIEAYGEPEPIRTIINKRTTTFDFAMYQNQRNVLELIWTQDFSNIQPSEFGGIVLEAPKVPKNIYYRAILVGMDDRNDRPIWLYWLMPKVKLDKLDNQTLNDDNVIEYKPTLKAFRDDVVGYSVAQGFAGPGWRDLVATAGFGEALTALTITPGSPTVTVATGASHTAQLLVEGDNGINYTPDVVFTSSAPDKASVSAAGLVTGVAAGSATITATKGALTATATVTVTA

Entity 4 polymer

描述 description	Adaptor Protein (gp9)
分子量 formula_weight	17134.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k,l

MAGLATIDELQTLMSTVFEDDALEQAQLVLDIVSSWARVVSGQMWPDAPANVPDDVRAVVLQASRRELKNPDRVISRQMGPFNVQYSQPPDGFFYPAELAILKRFKRSGGLMTVSTSRGEEGRPWAGKTAYIRYGDGLFPFCSEDEGYGDVVPW

Entity 5 polymer

描述 description	Terminator Protein (gp12)
分子量 formula_weight	19221.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m,n,o,p,q,r

MAVVLPDWYEEAFVNVENLFIDMFTDLLPDYESGCWAPDDWLADEIEVKPTIWFFRLPGGRVDWDGRKDECQLQVMVVTGSRDDSWRLMDFVRAMLLPMQGDKYKMADGYTAQIRCAGEVAGPQLLTPGQRIDTRVVTATFKVSVSMKSAKNYKQKLYELWQALRGS

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.78 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	3700

fit	/app/data/saxs_computation/zd/8zdl/8zdl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zd/8zdl/8zdl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zd/8zdl/8zdl.dat

Cryo-EM structure of Mycobacteriophage Douge genome-free connector (gp5, gp9, gp10, gp12 and gp13)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)