8zet

Tp-PSI-FCPI-S in Thalassiosira pseudonana

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 165.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zet
沉积日期 deposition_date	2024-05-06
结构标题 title	Tp-PSI-FCPI-S in Thalassiosira pseudonana
关键词 keywords	Tp-PSI-FCPI-S in Thalassiosira pseudonana, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.72 Å
零角强度 I(0) i0	2211180000.00
分子量 molecular_weight	513690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	686470 Å³
包络体积 envelope_volume	804180 Å³
水化壳体积 shell_volume	123860 Å³
包络直径 envelope_diameter	175.4 Å
壳层 Rg shell_rg	59.19 Å
包络 Rg envelope_rg	51.11 Å
形状 Rg shape_rg	50.73 Å
总 Rg total_rg	50.93 Å
总原子数 total_atoms	36577
残基数 n_residues	3229
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	165.8 Å
Rg (实空间) rg_real	51.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2110e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2212000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8814
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.213
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.388
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	244000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.858

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (29)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	82691.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a
原子数 atom_count	36577

SKNVQVFVEKDAVETSFAKWAQPGHFSRTLAKGPKTTTWIWNLHADAHDFDSQTSSLEEVSRKIFSAHFGQLAIIFLWISGMHFHGAYFSNYSAWLTDPISIKQSSQVVWPIVGQEILNADVGGNFQGIQTTSGWFQMWRAEGITSEVELYWTAIGGLAMSAIMLFAGWFHYHKAAPKLEWFQNAESMMNHHLAGLLGLGCLSWSGHQIHIALPINKLLDAGVSPQEIPLPHEFLINRDLMAQLYPSFSKGLAPFFGGNWGEYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLSDIAHHHLALSVLFIIAGHMYRTNWGIGHNMKEILEAHKGPFTGEGHKGLYEILTTSWHAQLAINLAMMGSLSIIVAHHMYAMPPYPYLATDYATQLSLFTHHMWIGGFCVVGGAAHGAIFMVRDYTPANNYNNLLDRVLRHRDAIISHLNWVCIFLGCHAFGFYIHNDTMRALGRPQDMFSDKAIQLQPIFAQWIQNIHLLAPGTTAPNALATTSYAFGGDVIEVGGKIAMMPIKLGTADFMVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLYARSSKLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQSSSWDHVFLGLFWMYNSISVVIFHFSWKMQSDVWGTITPDGAISHITGGNFAQSSITINGWLRDFLWSQASQVIQSYGSASSAYGLIFLGAHFIWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLNFAPTIQPRALSITQGRAVGLAHYLLGGIGTTWAFFLARAISIT

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	82042.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

ATKFPKFSQALAQDPATRRIWYGIATAHDLEAHDGMTEENLYQKIFASHFGHLAIIFLWTSGNLFHVAWQGNFEKWVSNPLKTRPIAHSIWDPHFGESALKAFSKGNTYPVNITFSGLYQWWYTIGFRTNQELYKGSIGLLLLASVLLIAGWLHLQPKFRPSLSWFKNNESRLNHHLSGLLGFSSLAWTGHLVHVAIPASRGVHVGWDNFLTTPPHPAGLTPFFTGNWTVYAENPDSATHVFNTSEGSGTAILTFLGGFHPQTQSLWLSDMAHHHLAIAVVFIVAGHMYRTNFGIGHNMKEILDAHRPPGGRLGAGHVGLFETITNSLHMQLGLALACLGVATSLTAQHMYALTPYAYLSKDFTTEAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFFVRDYDPELNKNNVLARMLEHKEAIISHLSWASLFLGFHTLGLYIHNDTVVAFGQPEKQILFEPLFAEYIQAASGKAVYQFNVLLASSTSPATAAGNQVWLPGWLEAINNPKTDLFLKIGPGDFLVHHAIALGLHVTALILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTIGWVTFYWHWKHMTIWGGNPGQFDESSNYIMGWLRDYLWLNSSPLINGYNPFGMNNLSVWSWMFLFGHLIWATGFMFLISWRGYWQELIETLVWAHERTPLANLIRWRDKPVALSIVQARLVGLVHFSVGYILTYAAFVIASTSGKFA

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8676.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

SHTVKIYDTCIGCTQCVRACPTDVLEMVPWDGCKSGQIASSPRVEDCVGCKRCETACPTDFLSVRVYLGAETTRSLGLAY

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	14732.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

PFPTFGGSTGGWLRAAEVEEKYAITWTSTKEQIFEMPTGGAAIMRNGENLLYLARKEQCLALSTQLRTFKINDYKIYRIFPSGEVQYLHPKDGVFPEKVNPGRTSVNSRGFSIGKNPNPASIKFSGITTYES

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	7133.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

MIDRNSKVRILRKESYWFNQIGTVATVDQSGIRYPAVVRFESVNYAGTNTNNFALDELVEVK

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	17617.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

EIGGLTKCSESAAFTKRLNASVKKLEQRASQYEADSPPALALKQQVERTQARFDKYSRSELLCGADGLPHLVADGRWSHAAEFILPGFGFIYISGWIGWVGRKYLRAVSTSANPSESEIIINVPLALKIMTTGYIWPISAWQELISNDLVAVSEEITVSP

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit Psa29
分子量 formula_weight	13936.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

VDLDYGMKNSYVPATGGDGGQGQFGAQSPNDWRVAGTSPVGETSYAGAADGGEEPWFAEAISTVSLDLQKADETLKAFTKDAAAFKIEEFAAEKPYGFTSSDAAMEELVGKLGYSKFLEMSTKQLMKTWGT

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	3604.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

AASFLPSILVPLVGLIFPAFSMALFFLYVQTDD

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4707.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

MNDFQKYLSTAPVLLTLWMTFTAGFIIEVNRFFPDMLGLY

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XI
分子量 formula_weight	15469.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

ANFIKPYNDDPFVGHLATPITSSSLTRALLKNLPAYRFGLTPLLRGLEIGLAHGYFLIGPFAQLGPLRNSDIGLLAGFLSTIGLILILTLGLTIYGAAAFGQEKSNGSELQTKKSWDQFKGGFFVGACGSAGFAFICLSSIPTFAL

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3143.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MITDFQVYIALMAALLASVLAIRLGATLY

Entity 12 polymer

描述 description	Tp-PsaR
分子量 formula_weight	9740.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	r

DMTWEGEYPPSKVLGPIMSKMPSGLLAIISMASLGVCVYSCVQTGFLLREPGAIENGSWVRWYYVVEGLGGPLAWGTHVASWIQRKNGM

Entity 13 polymer

描述 description	Fucoxanthin chlorophyll a/c-binding protein Lhcq8
分子量 formula_weight	18249.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

YASELDSMTGTGIESPKVFDPLNLSDYVPVDWARRAELSNGRSAMLATVGWFFPKVFGTFDSTDVTTTDPIDAIMQADPQWWAQWILICGVFETWKYKKEMEGKSFLGGADPAVDYLKLWPADAAAQEEMKTKELKNARLAMIGIAGFAANHFIPGSCPVPDFIA

Entity 14 polymer

描述 description	Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein, major type
分子量 formula_weight	18538.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ADFSGEIGAANAELGCWDPLNFCTDQASFDKMRYAELKHGRVAQLAAWGYATTWSGARFPGCEDFPAGHEAVLKIGTENLIPVLVVAGALETLWKQKEGSFPGDFSATSFPVGFGPFAKTEADMIDLRTKELNNGRAAMMGILGMIVHEQIDGKPFIFFDKFEIYAPFGN

Entity 15 polymer

描述 description	Pt17531-like protein
分子量 formula_weight	18091.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

AWRDEVVVGITAPVGFFDPLGLSKGKDDATMAYYREAELKNGRVAMAACLGWYLNAGGVHPAFNSELSNDPLKAMVELPAVGWLQFVLGCGAIEWLGQQIKERPGYVPGDLLGASYWVDNSDEGWVMYQNKELNNGRLAMLAIVGMVYQDVFVGDYGDMMYKQL

Entity 16 polymer

描述 description	Tp-RedCAP
分子量 formula_weight	20184.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

SVFDDAVKDWAEEYPQFAAWGWGPSVQAEIWNGRHAMFGWVVMCACAYAKGHGLIPDADQTLDLKEWGTLATISGKNTITNERAIILIANVHALMVGLAATISPNSFADTLLLDPNHPMYEWQMERNSKLGGVMPNLGKMGVTPEAELANGRMAMMGIITCIAYSGIQGQSMIDTINEWVGGAYF

Entity 17 polymer

描述 description	Fucoxanthin chl a/c light-harvesting protein
分子量 formula_weight	18522.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EMSKSIPFLTVPEKLDGSMAGDVGFDPMGLSDIQTDLNYARWAELKHGRICMLAVVGMVWQEYGPHLPGDAYATKDPWEAISSVGFASNFQTLLAIGVVELANWNKYYGDGTPGDIGWTGGQLSKMNDAQIKTRMESEIVHCRLAMIAFIGATHQTFLLHKGLLDFSY

Entity 18 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	142

Entity 19 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 20 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 21 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 22 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 23 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 24 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 25 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 26 non-polymer

描述 description	;(3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate ;
分子量 formula_weight	658.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 27 non-polymer

描述 description	;(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol ;
分子量 formula_weight	566.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 28 non-polymer

描述 description	(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
分子量 formula_weight	582.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 29 non-polymer

描述 description	Chlorophyll c1
分子量 formula_weight	610.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	52772

fit	/app/data/saxs_computation/ze/8zet/8zet.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ze/8zet/8zet.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ze/8zet/8zet.dat

Tp-PSI-FCPI-S in Thalassiosira pseudonana

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (29)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)