8zi3

;Cryo-EM reveals transition states of the Acinetobacter baumannii F1-ATPase rotary subunits gamma and epsilon and novel compound targets - Conformation 4 ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 143.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zi3
沉积日期 deposition_date	2024-05-12
最后修订 last_revision	2024-11-13
结构标题 title	;Cryo-EM reveals transition states of the Acinetobacter baumannii F1-ATPase rotary subunits gamma and epsilon and novel compound targets - Conformation 4 ;
关键词 keywords	ATP hydrolysis, F1-ATPase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.20 Å
零角强度 I(0) i0	1793860000.00
分子量 molecular_weight	351350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	439960 Å³
包络体积 envelope_volume	614300 Å³
水化壳体积 shell_volume	106780 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.6 Å
壳层 Rg shell_rg	54.74 Å
包络 Rg envelope_rg	44.74 Å
形状 Rg shape_rg	45.22 Å
总 Rg total_rg	45.49 Å
总原子数 total_atoms	24671
残基数 n_residues	3226
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.0 Å
Rg (实空间) rg_real	45.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7940e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1794000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8712
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.170
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.326
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	460400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.733

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase epsilon chain
分子量 formula_weight	13838.8 kDa
突变 mutation	deletion 134-139
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e
原子数 atom_count	24671

MATMQCDVVSVKESIYSGAVTMLIAKGAGGELGILPGHAPLVTLLQPGPIRVLLENGTEEIVYVSGGVLEVQPHVVTVLADTAIRADNLDEAAILEARKNAEQLLANQKSDLDSAAALAALAETAAQLETIRK

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter baumannii AB5075
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1116234
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	55452.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,A

MQQLNPSEISALIKQRIGDLDTSATAKNEGTIVMVSDGIVRIHGLADAMYGEMIEFDGGLFGMALNLEQDSVGAVVLGNYLSLQEGQKARCTGRVLEVPVGPELLGRVVDALGNPIDGKGPIDAKLTDAVEKVAPGVIWRQSVDQPVQTGYKSVDTMIPVGRGQRELIIGDRQTGKTAMAIDAIIAQKNSGIKCVYVAIGQKQSTIANVVRKLEETGAMAYTTVVAAAAADPAAMQYLAPYSGCTMGEYFRDRGEDALIIYDDLSKQAVAYRQISLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERASRVSAEYVEKFTNGAVTGKTGSLTALPIIETQAGDVSAFVPTNVISITDGQIFLETSLFNAGIRPAVNAGISVSRVGGSAQTKIIKKLSGGIRTALAQYRELAAFAQFASDLDEATRKQLEHGQRVTELMKQKQYAPYSIADQAVSVYASNEGYMADVEVKKIVDFDAALIAYFRSEYAPLMKQIDETGDYNKDIEAAIKAGIESFKATQTY

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter baumannii AB5075
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1116234
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta
分子量 formula_weight	50327.2 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,E

MSSGRIIQIIGAVIDVEFERTSVPKIYDALQVDGTETTLEVQQQLGDGVVRTIAMGSTEGLKRGLTVTSTNAPISVPVGTATLGRIMDVLGRPIDEAGPVATEERLPIHRQAPSYAEQAASTDLLETGIKVIDLLCPFAKGGKVGLFGGAGVGKTVNMMELINNIAKAHSGLSVFAGVGERTREGNDFYHEMKDSNVLDKVAMVYGQMNEPPGNRLRVALTGLTMAEYFRDEKDENGKGRDVLLFVDNIYRYTLAGTEVSALLGRMPSAVGYQPTLAEEMGVLQERITSTKSGSITSIQAVYVPADDLTDPSPATTFAHLDATVVLSRDIASSGIYPAIDPLDSTSRQLDPLVVGQEHYEIARAVQNVLQRYKELKDIIAILGMDELAEEDKLVVYRARKIQRFFSQPFHVAEVFTGAPGKLVPLKETIRGFKGLLAGEYDHIPEQAFYMVGGIDEVIAKAEKL

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter baumannii AB5075
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1116234
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase gamma chain
分子量 formula_weight	32135.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

MANLKEIRAKVASIKSTQKITRAMQMVAASKMRRAQERMAQGRPYADNMRRVIAHLVQANPEYKHRYMVDRPVKRVGYIIVSSDRGLAGGLNINLFKKVVQHVKAQQEQSIEVQFALIGQKAVSFFKNYGGKVLGATTQIGDAPSLEQLTGSVQVMLDAFDKGELDRIYLVSNGFVNAMTQKPKVEQLVPLAPAEEGDDLNRTYGWDYIYEPEAEELLNGLLVRYIESMVYQGVIENVACEQSARMVAMKAATDNAGQLIKDLQLIYNKLRQAAITQEISEIVGGAAAV

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter baumannii AB5075
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1116234
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.89 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	138690

fit	/app/data/saxs_computation/zi/8zi3/8zi3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zi/8zi3/8zi3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zi/8zi3/8zi3.dat

;Cryo-EM reveals transition states of the Acinetobacter baumannii F1-ATPase rotary subunits gamma and epsilon and novel compound targets - Conformation 4 ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)