8zia

The L-tryptophan specific decarboxylase PsiD(50-439) in complex with tryptamine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 101.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zia
沉积日期 deposition_date	2024-05-13
最后修订 last_revision	2025-04-02
结构标题 title	The L-tryptophan specific decarboxylase PsiD(50-439) in complex with tryptamine
关键词 keywords	decarboxylase, psilocybin, L-tryptophan, psilocin, tryptamine, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.54 Å
零角强度 I(0) i0	118632000.00
分子量 molecular_weight	87303.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109400 Å³
包络体积 envelope_volume	128330 Å³
水化壳体积 shell_volume	36311 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.46 Å
包络 Rg envelope_rg	29.75 Å
形状 Rg shape_rg	29.53 Å
总 Rg total_rg	30.17 Å
总原子数 total_atoms	6190
残基数 n_residues	764
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.5 Å
Rg (实空间) rg_real	30.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	118600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8799
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	99.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.394
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.346
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.890

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	L-tryptophan decarboxylase
分子量 formula_weight	40350.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.105
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,A
原子数 atom_count	7121

NYSNEFGLMQPIQEFKAFIESDPVVHQEFIDMFEGIQDSPRNYQELCNMFNDIFRKAPVYGDLGPPVYMIMAKLMNTRAGFSAFTRQRLNLHFKKLFDTWGLFLSSKDSRNVLVADQFDDRHCGWLNERALSAMVKHYNGRAFDEVFLCDKNAPYYGFNSYDDFFNRRFRNRDIDRPVVGGVNNTTLISAACESLSYNVSYDVQSLDTLVFKGETYSLKHLLNNDPFTPQFEHGSILQGFLNVTAYHRWHAPVNGTIVKIINVPGTYFAQAPSTIGDPIPDNDYDPPPYLKSLVYFSNIAARQIMFIEADNKEIGLIFLVFIGMTEISTCEATVSEGQHVNRGDDLGMFHFGG

来源 Source

来源生物 organism	Psilocybe cubensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	181762
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	L-tryptophan decarboxylase
分子量 formula_weight	4021.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.105
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,B

XSFALGLRKDCRAEIVEKFTEPGTVIRINEVVAALKA

来源 Source

来源生物 organism	Psilocybe cubensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	181762
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(1H-INDOL-3-YL)ETHANAMINE
分子量 formula_weight	160.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	923

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.277 Å
晶胞边长 b length_b	59.265 Å
晶胞边长 c length_c	104.138 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.46 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	35.510 Å
R 因子 r_factor	0.1649
R_work r_work	0.1640
R_free r_free	0.1810

fit	/app/data/saxs_computation/zi/8zia/8zia.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zi/8zia/8zia.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zi/8zia/8zia.dat

The L-tryptophan specific decarboxylase PsiD(50-439) in complex with tryptamine

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)