8zk2

Cryo-EM structure of photosynthetic LH1-RC core complex of Roseospirillum parvum

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 128.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zk2
沉积日期 deposition_date	2024-05-15
最后修订 last_revision	2025-01-22
结构标题 title	Cryo-EM structure of photosynthetic LH1-RC core complex of Roseospirillum parvum
关键词 keywords	LH1-RC core complex, ROSEOSPIRILLUM PARVUM 930I, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.77 Å
零角强度 I(0) i0	1340640000.00
分子量 molecular_weight	379420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	503190 Å³
包络体积 envelope_volume	595820 Å³
水化壳体积 shell_volume	105300 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.2 Å
壳层 Rg shell_rg	54.45 Å
包络 Rg envelope_rg	43.10 Å
形状 Rg shape_rg	43.77 Å
总 Rg total_rg	44.24 Å
总原子数 total_atoms	26948
残基数 n_residues	2772
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.5 Å
Rg (实空间) rg_real	44.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3410e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1230e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1341000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8693
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	55.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.009
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.563
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	129700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.950; Smooth: 0.463

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	39726.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	26948

MSNDFNSRFVSLMARKGRTSPRAPVWVGGWFVVGLITIGLLTVMMGPAGTYTQSGYRGLMMGEVDMADELADDMAAPKNQVPAASERFPDEGPLAGEVYVNVPVLAHLSADNFNRLMVAITEWVSPEEGCNYCHDPDDLTAERPYTKIVSRRMLEMVMYLNSQWGDHVAPSGVTCWTCHRGNPVPENIWFKNDDADGGSGALGNTFGQNAASWDAGLSALPNDVMEAYLLDDQNLRITPTNDLPMNGVTQIGTKQAEWTYGMMFHISKGLGVNCTYCHNSQSFRVWEMSPPARVTAWHGIQMTRAINVDFLDPLQPEYPANRLGPEGDAPKANCATCHQGAFKPMYGENVIDDYPSLAAPGE

Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	30656.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAMLSFERKYRVRGGSLIGGDLFDFWVGPFYVGFFGVTTLFFTFVGVALIAYGWVMDPSDPTVWQLSIAPPDLSYGLGFAPLMEGGLWQIITICAVGAFVSWALREVEICRKLGIGFHVPFAFSFAIAAYVALTVVRPMLLGAWGHGFPYGIMSHLDWVSNVGYQFLHFHYNPGHMLGITFFFTTALALAMHGGLILSAANPGKGEKVKGPEHENTFFRDTVGYSIGTLGIHRLGLILALSAVFWSIVCMLISGPVWTKGWPEWWNWWYELPIWA

Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	35877.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSEYQNIFTSVQVRSAPHESVALPRGAWPRSKASTLSYWLGKIGDAQIGPIYLGATGIASLIFGFVAIEIIGLNMLASVDWNPVEFLRQFPWLALEPPGPEHGLRAMPPLNEGGWWVMAGFFLTASILLWWVRTWQRAKDLGMGTHIAWAFASAIFFYLVLGFIRPVMLGSWSEAPPFGIFPHLDWTAAFSIRYGNLYYNPFHMLSIAFLYGSALIFAMHGATILSVSRLGGDREVEQITDRGTAAERAALFWRWTMGFNATMESIHRWGWWCAVFVTLTAGLGILLSGTVVDNWYLWAVKHGVAPTYPDVFPGVTDPAAIGG

Entity 4 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center H subunit
分子量 formula_weight	27770.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MIGDFSSYMDVAQIVLYAFWIFLFGVIFYLRREDRREGYPLERDTDGKIMSIGPWNLPAPKIFYKPQGGTYSAPNAARDTRAIKATRVGNFPGAPLDPTGDPLVDGVGPAAYAERADTPDKTLEGRTRIVPLRTDADLWLAPEDPDPRGMAVVAGCRTTVGAVSDVWVDRAENIIRYLEVSLGGAEGGAKAGKTVLVPMPMAVFNDLTRTVTVKSMDAKSFANVPTPKSAEQITLREEDRIQAYYAGGTLYANK

Entity 5 polymer

描述 description	Beta subunit of light-harvesting 1 complex
分子量 formula_weight	7382.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,I,K,O,Q,S,U,W,Y,a,c,e,g,i

MATTENVTSSTGLTEAEAKEFHAVYSQSAAGFLAVCAVAHVLAWMWRPFWPGAEGWVMDTAQNLTFLA

Entity 6 polymer

描述 description	Alpha subunit of light-harvesting 1 complex
分子量 formula_weight	7285.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,G,J,N,P,R,T,V,X,Z,b,d,f,h,j

MTFSTHKVWLMFDPRSTLVALAAFLVVLALLIHFLCLGHDRFNWLEGNPAATKAAAAAVTMPVNPVA

Entity 7 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 9 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 10 non-polymer

描述 description	Octadecane
分子量 formula_weight	254.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 11 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	51

Entity 12 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 13 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 14 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 15 non-polymer

描述 description	MENAQUINONE 8
分子量 formula_weight	717.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 16 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.65 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	281288

fit	/app/data/saxs_computation/zk/8zk2/8zk2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zk/8zk2/8zk2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zk/8zk2/8zk2.dat

Cryo-EM structure of photosynthetic LH1-RC core complex of Roseospirillum parvum

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)