SAXSdb — 8zkk

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zkk
沉积日期 deposition_date	2024-05-16
结构标题 title	Portal-tail of Vibrio cholerae typing phage mature VP1
关键词 keywords	phage, virus, vibrio cholera phage, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	71.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	72.42 Å
零角强度 I(0) i0	918933000.00
分子量 molecular_weight	258420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	324720 Å³
包络体积 envelope_volume	530290 Å³
水化壳体积 shell_volume	68951 Å³
包络直径 envelope_diameter	247.9 Å
壳层 Rg shell_rg	57.73 Å
包络 Rg envelope_rg	69.84 Å
形状 Rg shape_rg	72.47 Å
总 Rg total_rg	71.92 Å
总原子数 total_atoms	18220
残基数 n_residues	2269
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	218.8 Å
Rg (实空间) rg_real	71.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	68.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	912600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7433
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.504
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.702
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0115
最高正则化参数 α highest_alpha	32450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.644; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.714; Smooth: 0.014

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	nozzle gp16
分子量 formula_weight	59015.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O
原子数 atom_count	18220

MEVTHKQFDLSGFLPDQAPDTLKSGAISRGFNVKPTILGWEKSGGFRETNTAPTNEKDFIFFWSPAIGDNRWFSGGDKTVQQVEGNVVSDVSRTGGYTAGSGRRWNAVNFNGVLLMNNELDSPQYLAASGKLEDFPNLPSNVRFRTVAVYKNFILGLGVNFGSGFLDDEIYWSHQADPGTMPPNWDYANAASDSGRTPLPSEGYCVTSEELGSMNIVYKSDSIWTMQLIGGQWIFRFENKFPGQGILNKKSVVSFEGKHFVVTQKDIIVHDGYQVRSVADKRVRNFFFTDMNSDYFERVFVVKDPRVAEVYVFYPSKNSVDGLCDRALVWNWRDDVWSLLNLRPLKHAAYGYEITGVSITWDNFVGGWESTGLWQADEDVAKYAPVLHYSFRDVPKLLAPTPQALFIDEEIEAVWEREDIVIGSISRDGVPYQDYERNKSVSSISFDVDTTEPFDVYIGYKGSLEDSVEWEFAGTVNPMEDKRLFCLLTAGLFSMRIISKAQTFILRSYKITYEFAGEMWS

Entity 2 polymer

描述 description	portal gp5
分子量 formula_weight	73263.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,U

MEILYTGASESLHSTILKALLERIDLGDTFISDNYTRWQATERYYMMYKIPNKKDKAAIEKWNKGDTDFKSLVMPYSYAQLMTAHAYMVNVFLNRDPIFQTDSLNGDGTERELALESMLQYQVKAGEMEPSLLVWFMDALRYGVGVLGDYWEEHVFHQTVFEEEEEIIDGVPTGNMKKVKKTRVVKGYEGCKTFNVMVYDFIPDPRVALCKYQEGEFFGRRLDLNVLDLKKGAKFGKYFNVEHAEALVAASKEEMYRRDPSIGQQRSLKDSTMTPKGKQVGDISCVEIFVRLVPKDWGLGDSEFPEMWVFTVADKKYIVAAEPVNTLDDKFPFHILECEIDGYMNKSRGLLEISAPMNDILTWLFDSHMYNKRQIMNNQFIGDPSALVVKDVESKEPGKFIRLRPTAYGRDVRSIISQLPVTDVTAQNIQDVQVVERNMQRIVGVNDDVAGQSSPSSRRSATEFRGTTSFASSRLANLAYFFSVTGFRSLAKSLIVKTQQLYTVEMKVKVAGDNIKGAQSIIVKPEDISGQFDIMPVDGTLPVDRMAQAQFWMQIMSMVAGNPVLGAEYRLGDIFSYTARLAGLKGIDKMKIRILDDDQILALILAQQKGGADVQPTGQPTTQGVGNPTGVNEPAPSVTQGTPGLSGLQALM

Entity 3 polymer

描述 description	adaptor gp12
分子量 formula_weight	23592.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MDKATLVKTIAYRMGNVKGQDTAIDFELALSIERLEGQEFVPWFLLSENNFFEGTAQENRIPVPRGFIREYEEGSLYLRRVAGTGKCLIKKSQDQLLKYEGMTGEPSHYSLTNQYFRIYPVPQEDFKVELLFYRKSSTLNVEDNPWYEYAAELLVAETIWAMLSARRDKMADYWKSVAADQMRRLTILDAERRLANQEIFMG

Entity 4 polymer

描述 description	ring protein gp10
分子量 formula_weight	26311.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MSSWDRFDTPWDSIIDESTWEHYTFKYDASFEAFSSMEVDEDLTITVSVLFASTSDNTVTVGQVLGLTMDNRAGSYFGAGSSWTSEAAVNNEAGSGFQSSHALQLSYSVEDGVISSFGSEAFCSFYNTVSFESSSDVQAAVNSLYNLDVLFSSGSGDSEQHYVVFGETASFESLAEHETSSQYITHVECMFNSVVEFEVKTYDWGRPVKPVGSDWSTDTPVVGVWVNEIYNGNKDWGES

Entity 5 polymer

描述 description	gp13
分子量 formula_weight	10025.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p,u,z

MALETWDANSTPATLNTAWPEATDPLNKGDDHIRLLKTVVVNFWNKVFDGSKLKTAVVPAAVNSATAGSGFGGFRYQVVNNSDGTKTLRLFTS

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	47456

fit	/app/data/saxs_computation/zk/8zkk/8zkk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zk/8zkk/8zkk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zk/8zkk/8zkk.dat

Portal-tail of Vibrio cholerae typing phage mature VP1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)