SAXSdb — 8zlw

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zlw
沉积日期 deposition_date	2024-05-21
结构标题 title	Crystal Structure of RDGC IQ motif/dCaM Complex
关键词 keywords	complex serine-threonine phosphatase, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.68 Å
零角强度 I(0) i0	57190900.00
分子量 molecular_weight	59067.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73853 Å³
包络体积 envelope_volume	88270 Å³
水化壳体积 shell_volume	29686 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.6 Å
壳层 Rg shell_rg	31.95 Å
包络 Rg envelope_rg	24.49 Å
形状 Rg shape_rg	24.64 Å
总 Rg total_rg	25.59 Å
总原子数 total_atoms	4161
残基数 n_residues	529
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.8 Å
Rg (实空间) rg_real	25.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	57190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9141
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.117
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.631
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.982; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.937

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Maltodextrin-binding protein
分子量 formula_weight	40807.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4219

MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAARAFAAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli #1/H766
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1354003
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 polymer

描述 description	Calmodulin
分子量 formula_weight	17123.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

GPGSMADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGFISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVTMMTSK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 3 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase rdgC
分子量 formula_weight	4268.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MDENAIRAAIFIQKWYRRHQARREMLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	58

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.664 Å
晶胞边长 b length_b	61.590 Å
晶胞边长 c length_c	88.002 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.17 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	29.260 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2162
R_free r_free	0.2536

fit	/app/data/saxs_computation/zl/8zlw/8zlw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zl/8zlw/8zlw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zl/8zlw/8zlw.dat

Crystal Structure of RDGC IQ motif/dCaM Complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)