8zly

Crystal structure of Streptococcus pneumoniae pyruvate kinase in complex with oxalate and fructose 1,6-bisphosphate and UDP

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 228.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8zly

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8zly
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8zly
沉积日期 deposition_date2024-05-21
结构标题 titleCrystal structure of Streptococcus pneumoniae pyruvate kinase in complex with oxalate and fructose 1,6-bisphosphate and UDP
关键词 keywordsPyruvate kinase, Streptococcus pneumoniae, Glycolysis, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier63.97
回转半径 Rg (电子) rg_electron64.26
零角强度 I(0) i02905030000.00
分子量 molecular_weight444840.0 kDa
排除体积 excluded_volume553900 ų
包络体积 envelope_volume801630 ų
水化壳体积 shell_volume108780 ų
包络直径 envelope_diameter226.2
壳层 Rg shell_rg60.59
包络 Rg envelope_rg62.58
形状 Rg shape_rg64.26
总 Rg total_rg64.19
总原子数 total_atoms31126
残基数 n_residues4008
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax228.5
Rg (实空间) rg_real64.24
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.37
I(0) (实空间) i0_real2.9050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.2580e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal63.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2902000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8475
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary82.2
偏度 Skewness skewness0.389
峰度 Kurtosis kurtosis-0.281
角度范围 angular_range— – 0.1250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha128100000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.786; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.662

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (7)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)