8zmq

Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD4 BD2 in complex with the inhibitor Y13190

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 185.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zmq
沉积日期 deposition_date	2024-05-23
结构标题 title	Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD4 BD2 in complex with the inhibitor Y13190
关键词 keywords	BRD4, BD2, Bromodomain, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.56 Å
零角强度 I(0) i0	1945500000.00
分子量 molecular_weight	251150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	246090 Å³
包络体积 envelope_volume	566120 Å³
水化壳体积 shell_volume	82949 Å³
包络直径 envelope_diameter	195.6 Å
壳层 Rg shell_rg	62.66 Å
包络 Rg envelope_rg	53.23 Å
形状 Rg shape_rg	56.56 Å
总 Rg total_rg	56.68 Å
总原子数 total_atoms	18920
残基数 n_residues	2201
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.9 Å
Rg (实空间) rg_real	58.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9380e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5360e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1946000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6968
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.306
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.306
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.3320
最高正则化参数 α highest_alpha	37940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 0.896; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.525

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	BRD4_HUMAN
分子量 formula_weight	17113.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	19095

MKKGHHHHHHENLYFQGGSKDVPDSQQHPAPEKSSKVSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPDE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;2-(2-(adamantan-1-yl)-4-ethyl-1H-imidazol-5-yl)-7-(2-(4-fluoro-2,6-dimethylphenoxy)-5-(2-hydroxypropan-2-yl)phenyl)-5-methylfuro[3,2-c]pyridin-4(5H)-one ;
分子量 formula_weight	649.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	123

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	115.913 Å
晶胞边长 b length_b	125.108 Å
晶胞边长 c length_c	300.352 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	80

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	300.350 Å
R 因子 r_factor	0.2572
R_work r_work	0.2563
R_free r_free	0.2744

fit	/app/data/saxs_computation/zm/8zmq/8zmq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zm/8zmq/8zmq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zm/8zmq/8zmq.dat

Crystal Structure of the second bromodomain of human BRD4 BD2 in complex with the inhibitor Y13190

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction