8znj

Cryo-EM structure of a short prokaryotic Argonaute system from archaeon Suldolobus islandicus

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 96.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8znj
沉积日期 deposition_date	2024-05-27
结构标题 title	Cryo-EM structure of a short prokaryotic Argonaute system from archaeon Suldolobus islandicus
关键词 keywords	Argonaute, RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA, RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.00 Å
零角强度 I(0) i0	155926000.00
分子量 molecular_weight	93105.0 kDa
排除体积 excluded_volume	113980 Å³
包络体积 envelope_volume	139570 Å³
水化壳体积 shell_volume	40616 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.19 Å
包络 Rg envelope_rg	28.04 Å
形状 Rg shape_rg	28.02 Å
总 Rg total_rg	28.66 Å
总原子数 total_atoms	12699
残基数 n_residues	724
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.6 Å
Rg (实空间) rg_real	28.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	155900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8678
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.353
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.193
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.768; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.976

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Piwi domain-containing protein
分子量 formula_weight	52741.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12699

MSEYATILPENKINVIFRSNNKYHVPEFITVFKPYEGRDINLQVLVVNGDNEIYDLTKLLFYEIYVKDDTKYPWPYTKTRGGISRVFGIRYNFDPSTISRININSENDFISSISNQLDMNRFNVAVIIANRKLTKEFHDKTKAALIGSRIRTQFVTFTTLKRLKNRKYKATIPLPLAVQLIAKAGGTPWIVDSSIYNDLSKNVSSNGMLMGIAFARTRKDKITYSVGYFTTLNNYYQRFDVQPINESAPITDSTEGLYVPKEAMVKTLESGIGWYKNIIGITPPLLIIFKTSPMHKDEKEAIEAVLGKDIKWVFIHAQYNTPVRIFGNKEDDYKVNRGTVIIKKRKRWNPNNGDYLHSEIVITATGKYRKPSTKNPSETEERYISGTPRPITLNVYSSFDVNPIGVAELTLSQIKADWEHPDIRKRKITVLKYANRMAKIIQYINNLSSVPSVDVRDVL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus islandicus M.16.4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	426118
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	SiAgo-associated protein1, SiAga1
分子量 formula_weight	29133.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MVLESNMFKTEQELPELIVNCIEIDNEKEAHKVVKEISKYGIFGVVREKKIFFTTVIEDDDFLKDRLTEVLKNYNINFSDIKKNCKKIIPEDNKDYFSQIFLNALRYVIYQKLEDINKDKKENERWTINESEDGVYICKERYDIDNYKICVGAKFTIKVFDNKAELYVDRKLKLYDEDKKLTRKLRGKINKMSVVEPKTRYEFIREIIQEISGNFDYINIKLSKDYTVNMTRTKLNEKLPTPF

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus islandicus M.16.4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	426118
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPCPAPAPAPGPCPUPUPAPGPAPUPAPCPCPCPUPGPGP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	6697.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

UCAAAGCUUAGAUACCCUGGA

Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPTPCPCPAPGPGPGPTPAPTPCPTPAPAPGPCPTPTPTPGPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	7344.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CCTCCAGGGTATCTAAGCTTTGAA

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	388934

fit	/app/data/saxs_computation/zn/8znj/8znj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zn/8znj/8znj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zn/8znj/8znj.dat

Cryo-EM structure of a short prokaryotic Argonaute system from archaeon Suldolobus islandicus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)