8znt

Catalytic antibody T99_C220A

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 164.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8znt
沉积日期 deposition_date	2024-05-28
最后修订 last_revision	2025-05-28
结构标题 title	Catalytic antibody T99_C220A
关键词 keywords	Catalytic antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.58 Å
零角强度 I(0) i0	591738000.00
分子量 molecular_weight	195770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	243110 Å³
包络体积 envelope_volume	373980 Å³
水化壳体积 shell_volume	68354 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.1 Å
壳层 Rg shell_rg	49.28 Å
包络 Rg envelope_rg	46.68 Å
形状 Rg shape_rg	47.60 Å
总 Rg total_rg	47.61 Å
总原子数 total_atoms	13709
残基数 n_residues	1748
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	164.2 Å
Rg (实空间) rg_real	47.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9170e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1060e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	591800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8592
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	59.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.341
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.092
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.771; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.860

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Catalytic antibody T99_C220A
分子量 formula_weight	24753.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	13868

MDIVMTQTPVSLAVTPGQSASISCRSSQSLLHGDGRSYLYWYVQRPGQSPQLLMYEASTRVSGVPDRFTGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQGTHWPGTFGPGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEALEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	47

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	159

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	77.085 Å
晶胞边长 b length_b	85.326 Å
晶胞边长 c length_c	104.580 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	106.77 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.44 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	116.91 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.610 Å
最低分辨率 resolution_low	28.110 Å
R 因子 r_factor	0.1974
R_work r_work	0.1945
R_free r_free	0.2542

fit	/app/data/saxs_computation/zn/8znt/8znt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zn/8znt/8znt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zn/8znt/8znt.dat