8zo3

The crystal structures of MurK in complex with N-acetylglucosamine from Clostridium acetobutylicum

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 87.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zo3
沉积日期 deposition_date	2024-05-28
最后修订 last_revision	2025-04-09
结构标题 title	The crystal structures of MurK in complex with N-acetylglucosamine from Clostridium acetobutylicum
关键词 keywords	N-acetylmuramic acid/N-acetylglucosamine kinase, MurK, Nucleotide-binding, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.12 Å
零角强度 I(0) i0	68129600.00
分子量 molecular_weight	66265.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83953 Å³
包络体积 envelope_volume	100910 Å³
水化壳体积 shell_volume	31366 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.2 Å
壳层 Rg shell_rg	34.00 Å
包络 Rg envelope_rg	27.28 Å
形状 Rg shape_rg	27.11 Å
总 Rg total_rg	27.91 Å
总原子数 total_atoms	4648
残基数 n_residues	612
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.4 Å
Rg (实空间) rg_real	27.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.9330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	68130000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9041
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.311
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.436
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	N-acetylmuramic acid/N-acetylglucosamine kinase
分子量 formula_weight	33472.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.-,2.7.1.59
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5220

MKYVIGIDGGGSKTHMKISTLDYKVLLEVFKGPSNINSSTKEEVKRVLQELIMEGLGKLGQSLEECSAICIGTAGADRTEDKSIIEDMIRSLGYMGKIIVVNDAEIALAGGIEKREGIIVISGTGSICYGRNKEGRSARSGGWGHIIGDEGSGYDIGIKAIKAALKSFDKRGEKTILEGDILDFLKLKSHEDLINYIYRSGVTKKEIASLTRVVNSAYIKGDLVSKRILKEAARELFLSVKAVVEVLSMQNKKVVLTTAGGVINNINYLYDEFRKFLNLNYPKVKIISMKNDSAFGAVIIARSECD

来源 Source

来源生物 organism	;Clostridium acetobutylicum (strain ATCC 824 / DSM 792 / JCM 1419 / IAM 19013 / LMG 5710 / NBRC 13948 / NRRL B-527 / VKM B-1787 / 2291 / W) ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	572

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.028 Å
晶胞边长 b length_b	103.829 Å
晶胞边长 c length_c	108.864 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.880 Å
最低分辨率 resolution_low	46.940 Å
R 因子 r_factor	0.2153
R_work r_work	0.2125
R_free r_free	0.2692

fit	/app/data/saxs_computation/zo/8zo3/8zo3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zo/8zo3/8zo3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zo/8zo3/8zo3.dat

The crystal structures of MurK in complex with N-acetylglucosamine from Clostridium acetobutylicum

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction