8zob

Structure of the wild-type PSI-5VCPI supercomplex in Nannochloropsis oceanica

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 166.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zob
沉积日期 deposition_date	2024-05-28
结构标题 title	Structure of the wild-type PSI-5VCPI supercomplex in Nannochloropsis oceanica
关键词 keywords	PSI-VCPI supercomplex, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.17 Å
零角强度 I(0) i0	4745880000.00
分子量 molecular_weight	450090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	470990 Å³
包络体积 envelope_volume	770000 Å³
水化壳体积 shell_volume	120200 Å³
包络直径 envelope_diameter	179.0 Å
壳层 Rg shell_rg	58.42 Å
包络 Rg envelope_rg	50.63 Å
形状 Rg shape_rg	50.16 Å
总 Rg total_rg	50.35 Å
总原子数 total_atoms	34630
残基数 n_residues	3097
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	166.8 Å
Rg (实空间) rg_real	50.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.7460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0640e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4747000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8723
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	59.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.294
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.308
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	373400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.816

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (27)

Entity 1 polymer

描述 description	VCPI-5
分子量 formula_weight	25849.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5
原子数 atom_count	34630

MFRKLALALLCSSAVAFQVPAPLTRGSVRLHAEGKPAAPPAAAPPAAAPAAAAPAAAAPAAAAVKPPPPPPPPKVFSKSVPFLLKPAGLDGMVGDVGFDPLGFATFIDIRWLREAELKNGRVAMLAFLGFIVQEFIRLPGDLYSEPNGVKAFFQVGPQPLLQIFLFCGFLEFNMHKGKLTQVDMFEDGKREPGNFGFDPLGFGKDPAKRERYALAELKNGRLAMIAIGGLVHHALVTGHATFSS

Entity 2 polymer

描述 description	VCPI-4
分子量 formula_weight	21611.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

MKLLSFACLLGAATAFVPSMPTTTRTRGAVRMMAEKSKAVPFLPRPAALDGSVVGDVGFDPVGFTSWLPLSYLQEAEIKHCRIAMLATLGWIVADFVHLPGAVHEVSSLAAHDVAVKSGALAQILIWTSIAEAISVIAISQMLEGSGRQPGDFKFDPLNFAKDEKSLKKMQLSELKNGRLAMLAFSGIVTQAALTGHAFPYM

Entity 3 polymer

描述 description	VCPI-3
分子量 formula_weight	23046.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MKISFALAALLPCAAAFVAPAIPSVTSSTGTAAARGRTVMMAERSKSLPFLMKPKNLDGSMAGDVGFDPLGLSEINDVGVDLYWLREAELKHCRLGMMAAAGILFVEILGPAPGFPAGKSQMDVFWKVYAEKPSLIGASLAAIAILEVISGVATTQGRQNGDRAPGDYNFDPLGFGKDPAKFKDLQLKEVKNGRLAMIAAAGMILQGVSTHQGALENLSG

Entity 4 polymer

描述 description	VCPI-2
分子量 formula_weight	23865.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

MRSITIVLAATAALSSAFVMPSTPKAPATQLSVKSKAVPFLEAPKALDGSLPADVGFDPLGLSDIGFDFTYLMVPTKWDESRTGLSALKWFREAEIKHGRFAMLAVLGWVAVDMGLRLPVAKYAGYNAVQAHDVFVKSGDMTVGLLAIGFLEVVMGAAIYEMSKGSDRAAGEFSFDPLGLGKDPSKYARYQVSEIKNGRLAMLAFGGIATQAVLTNSGFPYYQ

Entity 5 polymer

描述 description	VCPI-1
分子量 formula_weight	22652.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

MVGIHKTLLVAAVTMASVSAFVPPAPAAPRTRGVMKMGLDGMIGSSAPFKNFDPLGFAAKADQKTLNKYRESELKHGRVAMLAVLGWIVQEFWHPLYDGKLSSNPLKALTEVPLIGWAQIFVAINVIEYLQNKIKELPGYRPGDYLGTWEWVEQSDEGWDSYQTKELNNGRLAMVAIAGLIVQDLITGQAALEQITAGNTGVFSGLGK

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	82797.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MSTTRKSTIVDFNPVETSFEKWAKPGQFSRTLAKGPKTTTWIWNLHADAHDFDIQTNSLQEVSRKIFSAHFGQLAVIFLWLSGMHFHGAYFSNYSAWLTNPTSTKPSAQIVWPIVGQEVLNADVGGNFQGIQITSGFFQLWRAEGITSEVELYWTAVGGLVASFLMLFAGWFHYHKAAPKLEWFQNVESMLNHHLAGLLGLGSLSWAGHQIHIALPINKLLDLGVSPEEIPLPYEFILNRDLIAQLYPSFNKGLTPFFTLNWGEYSDFLTFKGGLNPVTGGLWLTDTAHHHLAIAVLFIVAGHMYKTNWFLGHSIKTILEAHKGPFTGEGHKGLYEVLTTSWHAQLAINLALFGSLSIIVAHHMYAMPPYPYIAIDYPTQLSLFTHHVWIGGFCIVGGAAHGAIFFVRDYNAANNYNNLIDRVIRHRDAIISHLNWVCIFLGCHSFGLYVHNDTMRALGRSQDLFSDNAIALKPIFAQFIQNLHTLAPGSTAPNALTTVSYAFGGDVISVGSKIAMMPISLGTADFLVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLYSRNSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSAWDHVFLGLFWMYNSISIVIFHFSWKMQSDVWGTVSPTGAVSHITGGNFAQSSITINGWLRDFLWSQAAQVVQSYGSSLSAYGLIFLGAHFIWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLKVAPSIQPRALSITQGRAVGVAHYLLGGIGTTWAFFLARIISVG

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	82865.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MVYKFPKFSKALAEDPSTRRIWYGIATAHDFESHDAMTESKLYQKIFASHFGHIAIIFLWTAGNLFHVAWQGNFEAWILNPLKVRPIAHAIWDPHFGQAAYKAFLKTSSPANLALSGVYEWWYTIGMRTNNDLYQGSFFLILLSSLLLFAGWLHLQPSFRPSLDWFKANEYRLNHHLSGLFGVSSLAWTGHLVHVAIPESRGIHVGWDNFLTVLPHPEGLTPFFSGNWKAYAQNPDTASHIFGSGEGSGTAILTFLGGFHPQTKSLWLTDMAHHHLAIAVLFIVAGHMYRTNWLIGHQMKLILEAHRPPGGRLGIGHIGLYETITNSLHFQLGLALAALGVATSLTAQHMYALPPYAFLASNFPTQAALYTHHQYIAGFLMVGAFAHGAIFFVRDYDPAVNTRNGEKNVLARMLEHKEAIISHLSWVSLFLGFHTLGIYVHNDVVVAFGQPEKQILVEPLFAEWIQAASGKTLYNFDLLLASSNSPASVASSQLWLPGWLSAINDGKNSLFLPIGPGDFLVHHAIALGLHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKDFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAMFWMLNTIGWVTFYWHWKHLTLWQGNQVQFNESSNYIMGWLRDYLWLNSSPLINGYNPFGMNSLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETIVWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFTIGYVLTYAAFVIASTIGKLGY

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II
分子量 formula_weight	15037.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MNLKLKQSDFPKFEGSTGGWLSAAKNEEKYVIIWTSKDASLFEMPTGGTAKMNAGNNVAYFARKEQCLALGSQLRGFKITNYKIFRIYPPLDITLLHPFDGVFPEKVNQGRSPVGKRDASIGGNPNPASLKFQSNT

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IV
分子量 formula_weight	7668.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e

MIQKGSTVRILRKESYWYNESGTVVVVDQSKVRYPVLVRFTKVNYAGTNTNNFGLNEVEEVVTKKSS

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	20813.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f

MTKIVKFAFLPLLTFLGLPMISNADIGGLNPCKDSEVFQKRLAKTVKKLENRLKKYEEGTPPQIAIQQQITQTKQRFTRYADSNLLCGNDGLPHLITDGRWSHGSEFLLPSILFLYISGWIGWVGRKYIRTVGQTSNPTEKEIIIDVPLAISIMTSGFLWPFAAWQEFLSGDLIASDETITTSPK

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	5226.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	i

MSLDLLPSFFVPLVGLVLPLFSIIGLFLYIEKENREVFDPTTYKF

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4762.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	j

MKDFLKYLSTAPVLLTAWLTFTAGFVIEINRFYPDALTFPF

Entity 13 polymer

描述 description	PSI subunit V
分子量 formula_weight	18695.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

MVSFIKPYRQDPFVGHLATPITTSAFTRAYLKVLPAYRPGLTPLSRGAEIGFTHGYFLIGPFYTYGPLRSVEFSLTSLAAGLLAAITLLLILTVGLSIYGQVTYDVYDNALIVKLVRQMVGSERTQDLPQIKGTSELDTVLGWQKFSEGFFSGGLIGSIVAAVGIALYSTYL

Entity 14 polymer

描述 description	PsaM
分子量 formula_weight	3241.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MIYDSQVYIALVIAVVASVLAIRLGATLYN

Entity 15 polymer

描述 description	PsaS
分子量 formula_weight	4698.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8763.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c

MSHTVKIYDTCIGCTQCVRACPTDVLEMVPWDGCKAGQIASAPRTEDCVGCKRCETACPTDFLSVRVYLGGETTRSLGLAY

Entity 17 non-polymer

描述 description	;(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL ;
分子量 formula_weight	600.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 18 non-polymer

描述 description	;(1~{R},3~{S})-6-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{Z},17~{E})-16-(hydroxymethyl)-3,7,12-trimethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]-1,5,5-trimethyl-cyclohexane-1,3-diol ;
分子量 formula_weight	616.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 19 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	146

Entity 20 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 21 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 22 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 23 non-polymer

描述 description	;[(2~{Z},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E})-17-[(4~{S},6~{R})-4-acetyloxy-2,2,6-trimethyl-6-oxidanyl-cyclohexylidene]-6,11,15-trimethyl-2-[(~{E})-2-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]ethenyl]heptadeca-2,4,6,8,10,12,14,16-octaenyl] octanoate ;
分子量 formula_weight	785.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 24 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 25 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 26 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

Entity 27 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.88 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	66059

fit	/app/data/saxs_computation/zo/8zob/8zob.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zo/8zob/8zob.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zo/8zob/8zob.dat

Structure of the wild-type PSI-5VCPI supercomplex in Nannochloropsis oceanica

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (27)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)