8zom

Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 184.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zom
沉积日期 deposition_date	2024-05-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex
关键词 keywords	Plant complex, mitochondria, pyraclostrobin, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	56.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.84 Å
零角强度 I(0) i0	6467080000.00
分子量 molecular_weight	454630.0 kDa
排除体积 excluded_volume	443320 Å³
包络体积 envelope_volume	920680 Å³
水化壳体积 shell_volume	133190 Å³
包络直径 envelope_diameter	178.7 Å
壳层 Rg shell_rg	61.59 Å
包络 Rg envelope_rg	54.74 Å
形状 Rg shape_rg	55.80 Å
总 Rg total_rg	56.01 Å
总原子数 total_atoms	34466
残基数 n_residues	4221
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	184.8 Å
Rg (实空间) rg_real	56.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4670e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2230e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	56.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6470000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8186
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.228
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.513
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	376600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (18)

Entity 1 polymer

描述 description	Mitochondrial-processing peptidase subunit alpha
分子量 formula_weight	49779.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,M
原子数 atom_count	34466

APPLDFPLPGVTLPSPLPDHVAPGKTIVTTLPNGIKLASETSAGPAASIGLYVDCGSIYETPLTFGATHLLERMAFKSTRNRTHFRVVREVEAIGGNVQASASREQMGYTFDALKTHVPEMVELLVDCVRNPVFLDWEVNEQLLKVKAEVGEASKNPQDLLLEAIHSAGYSGALANPLLASESALNGLNGSILEEFVAENYTAPRIVLAASGVEHEELLSIAEPLLSDLPNVPRPEEPKSVYTGGDYRCHTESGHILNGQRTHFALAFELPGGWHKLKDAMVLTVLQMLLGGGGSFSAGGPGKGMYSRLYLRVLNEYPQFHSISAFNNIYNNTGIFGIQVTTGSDFVSKAIDITVNELLAVATSGQVDQVQLDRAKQATKSAILMNLESRMVVSEDIGRQVLTYGERKPVEDFLKAVDEVTLKDIASISQKLISSPLTMASYGDVIYVPNYESVSSKFRS

Entity 2 polymer

描述 description	Mitochondrial-processing peptidase subunit beta
分子量 formula_weight	54822.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,N

SPPPPNAMVYDRLAEAVKAKLRQLENPDPRFLKYGSPRPTLTDHTRILAAPETRVTTLPNGLRVATESSLAARTATVGVWIDAGSRFETEESNGTAHFLEHMIFKGTEKRNARELEEEIENMGGHLNAYTSREQTTYYAKVADKDVPKALDILADILQNSRFDENRISRERDVILREMEEVEGQTEEVIFDHLHATAFQYTPLGRTILGPAQNIKTITKDHLQNYIQTHYTAPRMVIAASGAVKHEDIVEQVKKLFTKLSTDPTTASQLVAKEPAIFTGSEVRMLDDEIPLAQFAVAFEGASWKDPDSIALMVMQAMLGSWNKTAGGGKHMGSELAQRVGINEVAESMMAFNTNYKDTGLFGVYAVAKPDCLDDLSYAIMYETTKLAYRVSDDDVTRARNQLKSSLLLYIDGTSPVAEDIGRQLLTYGRRIPFAELFARIDAVDASTIKRVANRFIYDKDIAIAAMGPIQRLPDYNWFRRRTYWNRY

Entity 3 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	43360.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,O

MRNQRFSLLKQPISSTLNQHLIDYPTPSNLSYWWGFGSLAGICLVIQIVTGVFLAMHYTPHVDLAFNSVEHVMRDVEGGWLLRYMHANGASMFLIVVHLHIFRGLYHASYSSPREFVRCLGVVIFLLMIVTAFTGYVPPWGQMSFWGATVITSLASAIPVVGDTIVTWLWGGFSVDNATLNRFFSLHHLLPFILVGASLLHLAALHQYGSNNPLGVHSEMDQISFYPYFYVKDLVGWVAFAIFFSIWIFYAPNVLGHPDNYIPANPMPTPPHIVPEWYFLPIHAILRSIPDKSGGVAAIAPVFICLLALPFFKSMYVRSSSFRPIHQGIFWLLLADRLLLGWIGCQPVEAPFVTIGQIPPLVFFLFFAITPIPGRVGRGIPNSYTD

Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c domain-containing protein
分子量 formula_weight	26894.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,P

EAEHGLACPSYPWPHQGILSSYDHASIRRGHQVYTQVCASCHSMSLISYRDLVGVAYTEEEVKAMAAEIEVVDGPNDEGEMFTRPGKLSDRFPQPYANEAAARFANGGAYPPDLSLITKAPHNGQNYVFALLTGYRDPPAGVSIREGLHYNPYFPGGAIAMPKMLNDGAVEYEDGTPATESQMGKDVVSFLSWAAEPEMEERKLMGFKWIFVLTLALLQAGYYRRLRWSVLKSRKLVLDVVN

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
分子量 formula_weight	21780.0 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,Q

EIPATVAAVKNPSSKIVYDEHNHERYPPGDPSKRAFAYFVLTGGRFVYASLVRLLILKFVLSMSASKDVLALASLEVDLSSIEPGTTVTVKWRGKPVFIRRRTEDDIKLANSVDVGSLRDPQQDAERVKNPEWLIVIGVCTHLGCIPLPNAGDFGGWFCPCHGSHYDISGRIRKGPAPYNLEVPTYTFLEENKLLI

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 7
分子量 formula_weight	14022.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,R

QSFIDPKKNWFAAQHMKAISKRLRRFGLRYDDLYDPYYDLDVKEALNRLPKEVVDARHQRLKRAMDLSMKHEYLPEDLQAMQTPFRGYLQEMLALVKREKAERESLGGLPLYQRTIP

Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 8
分子量 formula_weight	8102.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,S

KGFVPMKAVTYGLSPFQQKIMPGLWKDLPTKIHHKVSENWISATLLLGPLVGVYSYVQNYQEKEKLSHRY

Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome b-c1 complex subunit 6
分子量 formula_weight	7448.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,T

PVDQKKYLEESCKPKCVKALLEYQACVKRIQGDETGNKHCTGQYFDYWSCIDKCVAQKLFSKLK

Entity 9 polymer

描述 description	Complex III subunit 9
分子量 formula_weight	6867.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,V

GGIFEALYKVLMRRNSVYVTFVIAGAFVGERAVDYGVHKLWEHNNVGKRYEDISVLGQRQ

Entity 10 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 6.7 kDa protein
分子量 formula_weight	3073.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,W

IQPTDVKAAAMWGVAAATGGLYLIQPWGW

Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 13 non-polymer

描述 description	methyl ~{N}-[2-[[1-(4-chlorophenyl)pyrazol-3-yl]oxymethyl]phenyl]-~{N}-methoxy-carbamate
分子量 formula_weight	387.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 15 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 16 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 17 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 18 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.74 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	95092

fit	/app/data/saxs_computation/zo/8zom/8zom.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zo/8zom/8zom.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zo/8zom/8zom.dat

Cryo-EM structure of pyraclostrobin-bound Arachis hypogaea bc1 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (18)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)