8zqa

Crystal structure of 1,4-alpha-glucan branching protein from Rhodothermus profundi

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 199.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zqa
沉积日期 deposition_date	2024-06-01
最后修订 last_revision	2024-10-02
结构标题 title	Crystal structure of 1,4-alpha-glucan branching protein from Rhodothermus profundi
关键词 keywords	1, 4-alpha-glucan branching, catalysis, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	60.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.76 Å
零角强度 I(0) i0	4062950000.00
分子量 molecular_weight	549470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	688830 Å³
包络体积 envelope_volume	953540 Å³
水化壳体积 shell_volume	131150 Å³
包络直径 envelope_diameter	197.9 Å
壳层 Rg shell_rg	62.91 Å
包络 Rg envelope_rg	58.11 Å
形状 Rg shape_rg	59.76 Å
总 Rg total_rg	59.82 Å
总原子数 total_atoms	39123
残基数 n_residues	4817
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	199.1 Å
Rg (实空间) rg_real	59.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0630e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4240e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4066000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5876
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	76.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.161
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.487
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	151700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 0.958; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB
分子量 formula_weight	72383.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.18
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	39395

MSWLTEEDIRRWESGTFYDSYRKLGAHPDEEGTWFCVWAPHADAVSVLGAFNNWDPEAHQLERYGAGLWAGYVPGALPGHAYKYRIRHGFYQADKTDPYAFAMEPPTGSPIEGLASIITRLDYTWHDDAWMQRRKGPASLYEPVSIYEVHLGSWRHKQPGVSFSYREIAEPLADYVQDLGFTHVELLPIMEHPYYGSWGYQVVGYYAPTFRYGTPQDLMYLIDYLHQRGIGVILDWVPSHFAADPQGLVYFDGTTLFEYDDPRMRHHPDWGTYVFDYNKPGVRNFLISNALFWLDYYHVDGLRVDAVASMLYRDYSRKEWTPNIFGGRENLEAIDFIKKFNETVYLHFPEAITIAEESTAWPGVSAPTYNNGLGFLYKWNMGWMHDTLDYMRRDPVHRKYHHDTLTFSLWYAFSEHYILPLSHDEVVHGKGSLWTKMPGDDWQKAANLRLLYGHMWGHPGKKLLFMGGEFGQHHEWNHDTQLEWHLLDQPYHRGIQAWVRDLNHLYRTHPALWHDGPEGFEWIDFNDRDQSVICYLRKHTDRLLLFVLNFTPVPREHYRVGVPIGGPWREVLNSDAVAYGGSGMGNFGRVEAVPESWHGRPFHLELTLPPLAILILEPES

来源 Source

来源生物 organism	Rhodothermus profundi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	633813
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	272

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	100.302 Å
晶胞边长 b length_b	112.266 Å
晶胞边长 c length_c	166.260 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	73.59 °
晶胞夹角 β angle_beta	73.77 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	65.25 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.910 Å
最低分辨率 resolution_low	100.100 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.1971
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/zq/8zqa/8zqa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zq/8zqa/8zqa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zq/8zqa/8zqa.dat

Crystal structure of 1,4-alpha-glucan branching protein from Rhodothermus profundi

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)