SAXSdb — 8zre

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zre
沉积日期 deposition_date	2024-06-04
结构标题 title	HBcAg-D4 Fab complex
关键词 keywords	D4 Antibody, HBcAg VLP, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.68 Å
零角强度 I(0) i0	192455000.00
分子量 molecular_weight	114530.0 kDa
排除体积 excluded_volume	143770 Å³
包络体积 envelope_volume	224570 Å³
水化壳体积 shell_volume	44645 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.9 Å
壳层 Rg shell_rg	48.10 Å
包络 Rg envelope_rg	39.87 Å
形状 Rg shape_rg	41.66 Å
总 Rg total_rg	42.13 Å
总原子数 total_atoms	8085
残基数 n_residues	1026
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.9 Å
Rg (实空间) rg_real	42.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	192500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8825
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.032
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.745
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.820

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	16097.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,A,B
原子数 atom_count	8085

MDIDPYKEFGASVELLSFLPSDFFPSIRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMNLATWVGSNLEDPASRELVVSYVNVNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILST

来源 Source

来源生物 organism	hepatitis B virus genotype C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2764122
宿主生物 host_organism	Yeast centromeric expression vector p416CYC

Entity 2 polymer

描述 description	Light chains of D4 Fab
分子量 formula_weight	12505.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

DIVMTQSPLSLAVTPGEPASISCRSSQTLLHNNGYNYFSWYLQKPGQAPQLLIYLGSNRAPGVSDRFSGSGSGTSFTLEISRVEAEDVGVYYCMQGRHTPWTFGQGTKVEIKRT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Heavy chains of D4 Fab
分子量 formula_weight	13342.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFNFNKFGMHWVRQVPGKGLEWLTYIWYDGSNADYVDSVKGRFTISRDNSINTLYLQMNSLRADDTAVYFCARGFYDSSSLESWGQGALVIVSSAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.44 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	16919

fit	/app/data/saxs_computation/zr/8zre/8zre.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zr/8zre/8zre.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zr/8zre/8zre.dat

HBcAg-D4 Fab complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)