8zrr

Dimer-AB and Fab-hl complex of HBcAg

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 101.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zrr
沉积日期 deposition_date	2024-06-05
结构标题 title	Dimer-AB and Fab-hl complex of HBcAg
关键词 keywords	Dimer-AB, Fab-hl, D4 Antibody, VIRUS LIKE PARTICLE, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.32 Å
零角强度 I(0) i0	52978600.00
分子量 molecular_weight	57571.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72250 Å³
包络体积 envelope_volume	101350 Å³
水化壳体积 shell_volume	28296 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.7 Å
壳层 Rg shell_rg	36.59 Å
包络 Rg envelope_rg	31.32 Å
形状 Rg shape_rg	31.30 Å
总 Rg total_rg	31.91 Å
总原子数 total_atoms	4065
残基数 n_residues	516
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	52980000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8759
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.326
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.706
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.893; Smooth: 0.847

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Heacy chain of D4 Fab
分子量 formula_weight	13342.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h
原子数 atom_count	4065

QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFNFNKFGMHWVRQVPGKGLEWLTYIWYDGSNADYVDSVKGRFTISRDNSINTLYLQMNSLRADDTAVYFCARGFYDSSSLESWGQGALVIVSSAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Light chain of D4 Fab
分子量 formula_weight	12505.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l

DIVMTQSPLSLAVTPGEPASISCRSSQTLLHNNGYNYFSWYLQKPGQAPQLLIYLGSNRAPGVSDRFSGSGSGTSFTLEISRVEAEDVGVYYCMQGRHTPWTFGQGTKVEIKRT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	16097.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

MDIDPYKEFGASVELLSFLPSDFFPSIRDLLDTASALYREALESPEHCSPHHTALRQAILCWGELMNLATWVGSNLEDPASRELVVSYVNVNMGLKIRQLLWFHISCLTFGRETVLEYLVSFGVWIRTPPAYRPPNAPILST

来源 Source

来源生物 organism	hepatitis B virus genotype C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2764122
宿主生物 host_organism	Escherichia phage EcSzw-2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.61 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	199391

fit	/app/data/saxs_computation/zr/8zrr/8zrr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zr/8zrr/8zrr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zr/8zrr/8zrr.dat

Dimer-AB and Fab-hl complex of HBcAg

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)