8zuh

Crystal structure of bovine Fbs2/Skp1/Man3GlcNAc2 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 107.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zuh
沉积日期 deposition_date	2024-06-09
结构标题 title	Crystal structure of bovine Fbs2/Skp1/Man3GlcNAc2 complex
关键词 keywords	UBIQUITIN, SCF, FBS2, LIGASE COMPLEX, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.40 Å
零角强度 I(0) i0	86110400.00
分子量 molecular_weight	75305.0 kDa
排除体积 excluded_volume	94525 Å³
包络体积 envelope_volume	129160 Å³
水化壳体积 shell_volume	30895 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.1 Å
壳层 Rg shell_rg	41.67 Å
包络 Rg envelope_rg	33.80 Å
形状 Rg shape_rg	35.41 Å
总 Rg total_rg	35.87 Å
总原子数 total_atoms	5311
残基数 n_residues	633
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.1 Å
Rg (实空间) rg_real	35.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	86110000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8812
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	60.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.019
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.941
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4419000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.933; Smooth: 0.714

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	F-box only protein 6
分子量 formula_weight	30806.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	5325

MALVSINQLPENILLEVFMHVPARQLLRNCRPVCCLWRDLIDLVSLWKRKCLREGYVTEDWDQPVSDWKVFYFLCSLRRNLLRNPCAEEDMKSWKIDSNGGDQWKVESLPGAHGTGFPDSKVKKYFVTSYDMCLKSQIIDLKAEGYWEELLDKFRPDIVVKDWFAPRADCGCTYQIRVQLASADYLVLASFEPPPVTIHQWNDAKWTEVSHTFSDYPPGVRHIFFQHGGKDTQFWAGWYGPRVTNSSVVISHRVTRNPPHAMAQP

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	S-phase kinase-associated protein 1
分子量 formula_weight	18972.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPHMPSIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDDEGDDDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEKRTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWCEEK

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	115.720 Å
晶胞边长 b length_b	115.720 Å
晶胞边长 c length_c	110.384 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41
空间群编号 int_tables_number	76
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	40.910 Å
R 因子 r_factor	0.2084
R_work r_work	0.2061
R_free r_free	0.2468

fit	/app/data/saxs_computation/zu/8zuh/8zuh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zu/8zuh/8zuh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zu/8zuh/8zuh.dat

Crystal structure of bovine Fbs2/Skp1/Man3GlcNAc2 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)