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Structure-Based Mechanism and Specificity of Human Galactosyltransferase B3GalT5

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zx9
沉积日期 deposition_date	2024-06-14
结构标题 title	Structure-Based Mechanism and Specificity of Human Galactosyltransferase B3GalT5
关键词 keywords	;globo-series glycosphingolipid biosynthesis, Oxocarbenium, SNi-like, SN2-like, double displacement, inverting galactosyltransferase, Michaelis complex, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.98 Å
零角强度 I(0) i0	68407500.00
分子量 molecular_weight	66533.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83814 Å³
包络体积 envelope_volume	105240 Å³
水化壳体积 shell_volume	29874 Å³
包络直径 envelope_diameter	111.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.29 Å
包络 Rg envelope_rg	30.02 Å
形状 Rg shape_rg	29.96 Å
总 Rg total_rg	30.64 Å
总原子数 total_atoms	4726
残基数 n_residues	534
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.1 Å
Rg (实空间) rg_real	30.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	68400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8417
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.392
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.557
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.728; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.768; Smooth: 0.986

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-1,3-galactosyltransferase 5
分子量 formula_weight	32550.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4946

FKEQSFVYKKDGNFLKLPDTDCRQTPPFLVLLVTSSHKQLAERMAIRQTWGKERMVKGKQLKTFFLLGTTSSAAETKEVDQESQRHGDIIQKDFLDVYYNLTLKTMMGIEWVHRFCPQAAFVMKTDSDMFINVDYLTELLLKKNRTTRFFTGFLKLNEFPIRQPFSKWFVSKSEYPWDRYPPFCSGTGYVFSGDVASQVYNVSKSVPYIKLEDVFVGLCLERLNIRLEELHSQPTFFPGGLRFSVCLFRRIVACHFIKPRTLLDYWQALENSRGEDCP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1057.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	beta-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	220

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.980 Å
晶胞边长 b length_b	86.337 Å
晶胞边长 c length_c	87.509 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	26.630 Å
R 因子 r_factor	0.1821
R_work r_work	0.1805
R_free r_free	0.2123

fit	/app/data/saxs_computation/zx/8zx9/8zx9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zx/8zx9/8zx9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zx/8zx9/8zx9.dat