8zxu

;Crystal structure of N terminal deletion mutant of Staphylococcal atypical two-cysteine thiol peroxidase complexed with substrate analog ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zxu
沉积日期 deposition_date	2024-06-15
最后修订 last_revision	2025-06-18
结构标题 title	;Crystal structure of N terminal deletion mutant of Staphylococcal atypical two-cysteine thiol peroxidase complexed with substrate analog ;
关键词 keywords	Staphylococcus aureus, Virulence, Atypical two-cysteine thiol peroxidase, Mutant, Substrate analog, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.77 Å
零角强度 I(0) i0	73143200.00
分子量 molecular_weight	67582.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84463 Å³
包络体积 envelope_volume	107460 Å³
水化壳体积 shell_volume	30605 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.8 Å
壳层 Rg shell_rg	36.11 Å
包络 Rg envelope_rg	30.61 Å
形状 Rg shape_rg	30.70 Å
总 Rg total_rg	31.46 Å
总原子数 total_atoms	9378
残基数 n_residues	595
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3140e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73140000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8323
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.270
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.670
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	134600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.012

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Thiol peroxidase
分子量 formula_weight	16409.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10149

QQINEGDFAPDFTVLDNDLNQVTLADYAGKKKLISVVPSIDTGVCDQQTRKFNSDASKEEGIVLTISADLPFAQKRWCASAGLDNVITLSDHRDLSFGENYGVVMEELRLLARAVFVLDADNKVVYKEIVSEGTDFPDFDAALAAYKNI

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 non-polymer

描述 description	HYDROGEN PEROXIDE
分子量 formula_weight	34.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	O-tert-Butylhydroxylamine
分子量 formula_weight	89.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	1-HYDROXYSULFANYL-4-MERCAPTO-BUTANE-2,3-DIOL
分子量 formula_weight	170.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	(2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL
分子量 formula_weight	154.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	675

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.267 Å
晶胞边长 b length_b	148.331 Å
晶胞边长 c length_c	72.952 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	40.930 Å
R 因子 r_factor	0.1642
R_work r_work	0.1625
R_free r_free	0.1950

fit	/app/data/saxs_computation/zx/8zxu/8zxu.fit
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