8zya

Ra9479 Bat ACE2 Bound to BtkY72 Sarbecovirus Spike RBD (Focused Refinement)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 127.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zya
沉积日期 deposition_date	2024-06-16
结构标题 title	Ra9479 Bat ACE2 Bound to BtkY72 Sarbecovirus Spike RBD (Focused Refinement)
关键词 keywords	the complex between sarbecovirus RBD and bACE2-dimer, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.12 Å
零角强度 I(0) i0	166565000.00
分子量 molecular_weight	103590.0 kDa
排除体积 excluded_volume	129380 Å³
包络体积 envelope_volume	167570 Å³
水化壳体积 shell_volume	42943 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.85 Å
包络 Rg envelope_rg	34.43 Å
形状 Rg shape_rg	34.10 Å
总 Rg total_rg	34.57 Å
总原子数 total_atoms	7306
残基数 n_residues	884
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	166500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5905
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.648
峰度 Kurtosis kurtosis	0.322
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.584; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.914; Smooth: 0.895

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein
分子量 formula_weight	24222.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7306

RVSPSTEVVRFPNITNLCPFGQVFNASNFPSVYAWERLRISDCVADYAVLYNSSSSFSTFKCYGVSPTKLNDLCFSSVYADYFVVKGDDVRQIAPAQTGVIADYNYKLPDDFTGCVLAWNTNSVDSKSGNNFYYRLFRHGKIKPYERDISNVLYNSAGGTCSSISQLGCYEPLKSYGFTPTVGVGYQPYRVVVLSFELLNAPATVCGPKKSTELVKNK

来源 Source

来源生物 organism	Kenya bat coronavirus BtKY72
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	903610
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Angiotensin-converting enzyme
分子量 formula_weight	92692.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSGSSWLLLSLVAVTAAQSTTEDRAKIFLDNFNHEAEDLSYQSSLASWEYNTNISDENVQKMDEAGAKWSAFYEEQSKLAKNYPLEEIQTVPVKLQLQILQQSGSPVLSEDKSKRLNSILNAMSTIYSTGKVCKPNNPQECFLLEPGLDNIMGTSKDYNERLWAWEGWRAEVGKQLRPLYEEYVVLKNEMARGYHYEDYGDYWRRDYETEESSGSGYSRDQLMKDVDRIFTEIKPLYEHLHAYVRTKLMDTYPFHISPTGCLPAHLLGDMWGRFWTNLYPLTVPFGQKPNIDVTDAMVNQGWDANRIFKEAEKFFVSVGLPNMTEGFWNNSMLTEPGDGRKVVCHPTAWDLGKGDFRIKMCTKVTMEDFLTAHHEMGHIQYDMAYATQPYLLRNGANEGFHEAVGEVMSLSVATPKHLKTMGLLSPDFLEDNETEINFLLKQALNIVGTLPFTYMLEKWRWMVFRGEIPKEEWMKKWWEMKRDLVGVVEPVPHDETYCDPASLFHVANDYSFIRYYTRTIFEFQFHEALCRIAQHDGPLHKCDISNSTDAGKKLHQMLSVGKSQPWTVTLKDIVDSRNMDVGPLLRYFEPLYTWLQEQNRKSHVGWNTDWSPYSDQSIKVRISLKSALGEKAYEWNDNEMYLFRSSVAYAMREYFSKKNQPILFGVENVWVSNLKPRISFNFHVTSPGNVSDIIPRSEVEGAIRMSRSRINDAFRLDDNSLEFLGIQPTLGPPYQPPVTIWLIVFGVVMAVVVVGIVVLIITGIRDRRKTDQARSEENPYSSVDLNKGENNPGFQNGDDVQTSF

来源 Source

来源生物 organism	Rhinolophus affinis
通用名 common_name	intermediate horseshoe bat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59477
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	931804

fit	/app/data/saxs_computation/zy/8zya/8zya.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zy/8zya/8zya.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zy/8zya/8zya.dat

Ra9479 Bat ACE2 Bound to BtkY72 Sarbecovirus Spike RBD (Focused Refinement)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)