SAXSdb — 8zym

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8zym
沉积日期 deposition_date	2024-06-18
最后修订 last_revision	2025-04-30
结构标题 title	Complex structure of 60 Fab bound to DS2 prefusion F trimer
关键词 keywords	Respiratory syncytial virus; prefusion F protein;DS2;antibody, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.77 Å
零角强度 I(0) i0	757823000.00
分子量 molecular_weight	225760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	282920 Å³
包络体积 envelope_volume	375880 Å³
水化壳体积 shell_volume	76299 Å³
包络直径 envelope_diameter	140.3 Å
壳层 Rg shell_rg	46.77 Å
包络 Rg envelope_rg	40.13 Å
形状 Rg shape_rg	40.79 Å
总 Rg total_rg	41.01 Å
总原子数 total_atoms	15828
残基数 n_residues	2055
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.8 Å
Rg (实空间) rg_real	41.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.99 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3710e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	758000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8904
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	51.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.194
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.426
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	70470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.896

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F0,Expression tag
分子量 formula_weight	61266.7 kDa
突变 mutation	S46G,E92D,V144S,A149C,S155C,S190F,V207L,S215P,S290C,L373R,Y458C,K465Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	15829

MELLILKANAITTILTAVTFCFASGQNITEEFYQSTCSAVSKGYLGALRTGWYTSVITIELSNIKKNKCNGTDAKIKLIKQELDKYKNAVTDLQLLMQSTPATGSGSAICSGVAVCKVLHLEGEVNKIKSALLSTNKAVVSLSNGVSVLTFKVLDLKNYIDKQLLPILNKQSCSIPNIETVIEFQQKNNRLLEITREFSVNAGVTTPVSTYMLTNSELLSLINDMPITNDQKKLMSNNVQIVRQQSYSIMCIIKEEVLAYVVQLPLYGVIDTPCWKLHTSPLCTTNTKEGSNICLTRTDRGWYCDNAGSVSFFPQAETCKVQSNRVFCDTMNSRTLPSEVNLCNVDIFNPKYDCKIMTSKTDVSSSVITSLGAIVSCYGKTKCTASNKNRGIIKTFSNGCDYVSNKGVDTVSVGNTLYCVNKQEGQSLYVKGEPIINFYDPLVFPSDEFDASISQVNEKINQSLAFIRKSDELLSAIGGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGRSLEVLFQGPGHHHHHHHHSAWSHPQFEKGGGSGGGGSGGSAWSHPQFEKGS

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	antibody light chain
分子量 formula_weight	12305.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

DIVMTQSPSSLAVSAGEKVTMSCKSSQSVLNSSNQKNYLAWYQQKPGQSPKLLIYWASTRESGVPDRFTGSGSGTDFTLTISSVQAEDLAVYYCHQYLYSYTFGGGTRLEIK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	antidody heavy chain
分子量 formula_weight	13143.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

QVQLKQSGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLTNYDISWIRQPPGKGLEWLGIIWTGGGTYYNSAFMSRLSISKDNSKSQVFLEMNSLQTDDTAIYYCVRAGADYYGSSPLAYWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.23 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	82401

fit	/app/data/saxs_computation/zy/8zym/8zym.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zy/8zym/8zym.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zy/8zym/8zym.dat

Complex structure of 60 Fab bound to DS2 prefusion F trimer

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)