SAXSdb — 9arw

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9arw
沉积日期 deposition_date	2024-02-23
结构标题 title	Structure of the guideless DtCmr Type III CRISPR complex
关键词 keywords	CRISPR, complex, guideless, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.50 Å
零角强度 I(0) i0	579420000.00
分子量 molecular_weight	199640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	250100 Å³
包络体积 envelope_volume	397520 Å³
水化壳体积 shell_volume	74532 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.4 Å
壳层 Rg shell_rg	49.07 Å
包络 Rg envelope_rg	43.98 Å
形状 Rg shape_rg	44.58 Å
总 Rg total_rg	44.44 Å
总原子数 total_atoms	26028
残基数 n_residues	2130
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.8 Å
Rg (实空间) rg_real	45.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.7940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0440e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	579300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8605
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.437
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.316
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	103500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.791; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.825

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	CSD domain-containing protein Cmr6
分子量 formula_weight	42396.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	26028

MSEKGKIKTFKKAKGFGFIKYSGGEIFFHINDVIASDSDKIKEGIDVEFEIGKGKEGKPAAKKIKVKSLYRQQNIPINDDISGINYFLPKDTYAAVKPEQIDNFNLLLNKIPYFDGKKFNFYKKDKKRNEILNLARRFNYNASFIKRLSERHKNSISQLLGSGSITSTTLSPDWRFIIGIGNESVYETSITLHHIYGIPYIPGQAVKGVVRSWIITEVFGQDEKKALKDALFCHIFGSPKESAIGEHQGSVIFFDALPITLPQLEVDVMNPHYGDYYQGKEKSNKPVPPADYLNPNPIPFLTVGKDTKFEFTVGMKKLKQAREVLKNGSSRLISECEGLTAEKNLHEIAISWLKKALTEHGIGAKTAVGYGYFEKT

来源 Source

来源生物 organism	Dissulfurispira thermophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2715679
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	Type III-B CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2
分子量 formula_weight	70288.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGHHHHHHLEVLFQGPMENKFLFLFTITPVQSFINQARKAQDLYAGSFMLSHFSKAAANKLKMEFDCEIIFPDIANNSIPNRFAAVVNVNENEAQAVGDSLQKAVEAEIKRIGDSVINGLKINKPNGFDEQLSSYFTVSYLFVPYNEDDYKQCYSELESLMGAIKSVRAFSQYPDSERGRKCSICGERNVKFYRMAENEKDIERIKKLKLFSNDVYAVKNSDYRELGPRYLQAGEGLCGVCFTKRGLDRAGIPEYKAKFPSTSKIALFDAFKQLREKRGDLGTIIDSDNYEPQGIFALKNNKNLDDFPELSEMEKKNTRELYEAMEDYKISYSPYYAVMLFDGDSMGEWLSGNKIKDEKLKEFHKELTKKLGEFANAVRDTIKEPLGVTVYAGGEDFLGFFNIKYLLEGMKHLRNKFNELVNLPLKDFYADNTYNMTFSAGAVIAHIKTPLSEVLNWARKVEQEAKDIDDTKDAFAIAVLKHSGEIEKTVFKWRVNDTYTTDLMSKIVTEINNDRLSNTFIKKLNQELIKLLDKDGNYRDDNIIKAEIKRLLMRSFMKTKDEDEDAFKKRKAETAKELQLHNLLIHSNGVRNFLNFLNITDFIARQAKGGAA

来源 Source

来源生物 organism	Dissulfurispira thermophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2715679
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 3 polymer

描述 description	Type III-B CRISPR module RAMP protein Cmr4
分子量 formula_weight	34966.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E

MFKKARPFFIICETPLHCGSGNDIGNVDLPIQRERHTDFPKIEASSLKGGIREAFEEADKDIKVGSLTINISDKSTISLAFGPEQGSDHAGALGFTDARILLFPVKSMKGVFAWVTCPQVLERFKSDLNLCGVNLGFEMPQANTAPKDCSLFINGNKIVLEEYTFEIARDRDESGNCTSLANWLSENLFLANSGIQFWKEKIKKDIVVISDDEFRDFVTLSTEVITRTKINNETGTVQSGALFTEEYLPTDTVLYSLALTTPVFKEKDEEKGIFKQDSANEEDMVMEFFTTGLPEIIQLGGNATIGKGIARVKIL

来源 Source

来源生物 organism	Dissulfurispira thermophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2715679
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr5
分子量 formula_weight	15953.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

MTDNNLTIQKSIERQRAAFAYKCAEAGKSITKSKEYKAYVKNIPMLIKTNGIGATFAFVKAKSEADVDKSGYAYKLIYEQTTEWLKQEPKGLIYEKLNNTDMVKALVELDSDKYRAVTNEVLALFVWLKRFAEGLIEGEK

来源 Source

来源生物 organism	Dissulfurispira thermophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2715679
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 5 polymer

描述 description	Type III-B CRISPR module-associated protein Cmr3
分子量 formula_weight	40201.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKRITINALDVLFLRDGKPFTMGSDTWGSGISLPYPSMIYGVLRSLYFSHNISMLKHAAPIDELNHNDPTRNLKIKGIYLKRASDLLFPVPMDCVVLKNSRDEKLIPLMPVKAQCISNCKTSAVLRPEKGEQIESAEDGWIDKAAMEEYLNGIYENMSYSKLSDFVLSEAKIGIARNNKTHIAEDSMLYRVGMKRLKDTTIVVDIDGLEIPDAGIIKIGGEGRPASFKAIDIDETSILQPAINSNKIEKIKLYIATPAIFKKGWLPQTIDDRDLEGEINGIGLKLITAAIGRPLYVGGFDIKKGPKPMKRAVPAGSVYYFEIHGQYSNEQIINALHDKAISDREQDRQQGFGIAYVGKWE

来源 Source

来源生物 organism	Dissulfurispira thermophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2715679
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (4)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	305242

fit	/app/data/saxs_computation/ar/9arw/9arw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ar/9arw/9arw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ar/9arw/9arw.dat

Structure of the guideless DtCmr Type III CRISPR complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (4)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)