9asi

Cryo-EM structure of the active Lactococcus lactis Csm bound to target in pre-cleavage stage

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 186.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9asi
沉积日期 deposition_date	2024-02-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of the active Lactococcus lactis Csm bound to target in pre-cleavage stage
关键词 keywords	Type III-A CRISPR-Cas, Csm, Cyclic Oligoadenylate synthesis, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.92 Å
零角强度 I(0) i0	1557900000.00
分子量 molecular_weight	319340.0 kDa
排除体积 excluded_volume	395190 Å³
包络体积 envelope_volume	525800 Å³
水化壳体积 shell_volume	82742 Å³
包络直径 envelope_diameter	198.3 Å
壳层 Rg shell_rg	53.11 Å
包络 Rg envelope_rg	55.94 Å
形状 Rg shape_rg	55.95 Å
总 Rg total_rg	55.77 Å
总原子数 total_atoms	22422
残基数 n_residues	2688
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	186.2 Å
Rg (实空间) rg_real	55.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.05 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5580e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2120e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1556000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7830
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.570
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.362
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	253100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.859; Smooth: 0.192

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	CRISPR-associated protein Csm4
分子量 formula_weight	33943.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	22422

MKIIKLYFESPVHFGEKRLSESKITFSADTLFSALMIEAVGLGKEDEFYQLASNNLVKFSDAFPFIDQYYYIPKPMFNLKLEKEDENPSKAFKKLLYVPIDSLEDYLSGGLDAYFERESFNLGKLALSEKVQQHDFKDSEPYNVGTFTFKENTGLYVLIEQTHPLLEELLENLQYSGIGGKRNSGYGKFKFEILEDSDIEDLFSAKGNRKILLSGALPKDAELEQALKNASYLLERRGGFVQSDTYATNLVKKQDLYVFKSGSTFENSFDGDIYQVGKKGNHPVYKYAKSFFLEVSV

来源 Source

来源生物 organism	Lactococcus lactis subsp. lactis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1360
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	CRISPR system Cms endoribonuclease Csm3
分子量 formula_weight	23869.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H,G,I

MKLVIEGTIVLKTGMHIGGSSDFSAIGAVDSPVVRDTLTRLPLIPGSSLKGKMRYLLAKELNNGILLNEPNNDQDEILRLFGSSEKDKIRRARLKFNDIKLSNLAELETFNVSSTEVKFENTINRKTAVANPRQIERVIAGSKFDFEIFYNLDDIKEVEKDFENIKQGFDLLEFDYLGGHGTRGSGRIAFENLSVITAVGNFEKINTLNEILGA

来源 Source

来源生物 organism	Lactococcus lactis subsp. lactis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1360
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	CRISPR RNA
分子量 formula_weight	11946.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

ACGAGAACGCAGCACCAGCUGUCCAACCUGAAGAAGA

Entity 4 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm2
分子量 formula_weight	17014.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,C

MGHHHHHHSGGTELKIGNEKVNSTNFGDFAEKAIRGINHKPFVNSKGGEQKITTSKIRGILELVNKVYNRVINTNDVELSENILADIAYIKVKIAYESGREPVVKDFIQRTAFTAAITDVMNQRTRESFLLFARYVESLIAYFKFYGGKD

来源 Source

来源生物 organism	Lactococcus lactis subsp. lactis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1360
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Target RNA
分子量 formula_weight	11558.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	T

CUUCUUCAGGUUGGACAGCUGGUGCUGCCAAGAGCA

Entity 6 polymer

描述 description	CRISPR system Cms protein Csm5
分子量 formula_weight	40621.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MKKTYRVTLTALGPIFIGGGEKLKKYEYIFDKQKKVAHMIDHTKFTKYLLEKNLLDDFTSRVNSHFDLYDYLVNKKGIVFMPLVKYSVPVAQFRTEVKNRFGKPISSPPMNDLNTFVKDAFGRPYIPGSSLKGALRTAILNDLKEDTKENEVFAHLQVSDSETIDLENLKVYQKVDYSKTAKPLPLYRECLKPNTEITFTVSFDDEYLTLKKIQNALHKTYQHYYIKWLKGGKVGETLIKGVYDSHADELKKNTFALDQPSQNQGEIIYIGGGAGFVSKTLHYKSKNRDQARNDSFDILKQLFRTTYSKMRSVPDNVPVALKLAVETKTFNGRVTGKHYLEMGKARIKLEELK

来源 Source

来源生物 organism	Lactococcus lactis subsp. lactis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1360
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A)
分子量 formula_weight	87223.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MDKINLVCGSLLADIGKIIYRGTSERAKHSKLGGDFIKSFEQFRNTELTDCIRYHHAQEITSVKSNKEKNSLFYITYIADNISSGMDRRKDLEEGAEGFNWDKKVALGSVFNVLNEKEKGRQNYSYPFVARTRIKEEPLNFPTATQNQYTTSYYDGLITDMKTILQRLKPDKEHINSLLQMMESLWSYVPSSTDKNQLVDISLYDHSRTTAAIASAIYDYFQAENITDYQKELFDYNATEFYDKNAFLMMNFDMSGVQNFIYNISGSKALKSLRARSFYLDMLLEYISDNLLEKLELSRANILYVGGGHAYLLLANTNKTKAILSDFEHDLKTWFLDKFKIDLYVAMAYTEVSANDLMNHNGHYRDIYRRLSQKTSAKKANRYTAEEILNLNHQGTENARECRECKRSDLLIEEDDICEICDSLQKVSRDLTRENIFVIANEGVLDMPFGKKMSALSYSQADKLKKSNAEVQIYAKNISEIGQNLMTRIDMGDYTYRSDFHEMLEEVEVGINRLGVLRADVDNLGQAFINGIPDDYLSISRTATFSRAMSRFFKNYLNQLLAEKSYKINVIYAGGDDLFMIGAWQDILDFSIVLKQKFADFTQNKLSISAGIGMFREKYPVARMASLTGDLEDAAKDYKPDERAVQATKNAVTLFDATNVFSWDTLENDIFVKLDAITKNFEKLDETGKAFIYRLIDLLRGVNENQQINIARLAYTLSRMEEKIGKTFAQELYNWANADRKTLIMALEIYILKTRER

来源 Source

来源生物 organism	Lactococcus lactis subsp. lactis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1360
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 10 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.79 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	587955

fit	/app/data/saxs_computation/as/9asi/9asi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/as/9asi/9asi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/as/9asi/9asi.dat

Cryo-EM structure of the active Lactococcus lactis Csm bound to target in pre-cleavage stage

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)