9atm

SARS-CoV-2 EG.5 RBD bound to the VIR-7229 and the S2H97 Fab fragments

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 148.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9atm
沉积日期 deposition_date	2024-02-27
结构标题 title	SARS-CoV-2 EG.5 RBD bound to the VIR-7229 and the S2H97 Fab fragments
关键词 keywords	;Sarbecoviruses, Spike glycoprotein, fusion protein, neutralizing antibodies, inhibitor, VIRAL PROTEIN, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.38 Å
零角强度 I(0) i0	195620000.00
分子量 molecular_weight	113220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	141150 Å³
包络体积 envelope_volume	192850 Å³
水化壳体积 shell_volume	40942 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.2 Å
壳层 Rg shell_rg	42.57 Å
包络 Rg envelope_rg	42.75 Å
形状 Rg shape_rg	42.32 Å
总 Rg total_rg	42.60 Å
总原子数 total_atoms	7984
残基数 n_residues	1065
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	195500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7881
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.555
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.370
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17770000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.658; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.651; Smooth: 0.618

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	VIR-7229 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24259.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	8689

EVQLVESGGSVVQPGRALRLSCAASGITFSSFGMYWVRQAPGKGLEWLGYIAYDGSDTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRIEDTAVYYCAKDYYPLLSYYYGLDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	S2H97 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	24157.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

QVRLVQSGAEVKKSGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQMPGKGLEWMGIIYPGDSDTRYSPSFQGQVTISADKSISTVYLQWSSLKASDTAMYYCARQWSHYTYDYYYWGQGTLVTISSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	VIR-7229 Fab light chain
分子量 formula_weight	22993.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

QSVLTQPRSVSGSPGQSVTISCTGTSSDVGAYNYVSWYQQHPGKAPKFMIYDVDQRPSGVPDRFSGSKSGNTASLIISGLQAEDEADYYCSSYAGSYIWVFGGGTQLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	S2H97 Fab light chain
分子量 formula_weight	22935.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

QSVLTQPASVSGSPGQSITISCTGISSDVGGYNSVSWYQQHPGKAPKLMIYDVTNRPSGVSNRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYTSSSTPPYVFGTGTKVSVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	SARS-CoV-2 EG.5 RBD
分子量 formula_weight	27068.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MEWSWVFLFFLSVTTGVHSRFPNITNLCPFHEVFNATTFASVYAWNRKRISNCVADYSVIYNFAPFFAFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGNEVSQIAPGQTGNIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNKLDSKPSGNYNYLYRLLRKSKLKPFERDISTEIYQAGNKPCNGVAGPNCYSPLQSYGFRPTYGVGHQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTGSLVPRGSHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV,SARS-CoV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	676

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.728 Å
晶胞边长 b length_b	149.698 Å
晶胞边长 c length_c	167.078 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	46.780 Å
R 因子 r_factor	0.1956
R_work r_work	0.1939
R_free r_free	0.2272

fit	/app/data/saxs_computation/at/9atm/9atm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/at/9atm/9atm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/at/9atm/9atm.dat

SARS-CoV-2 EG.5 RBD bound to the VIR-7229 and the S2H97 Fab fragments

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)