9awt

Structure of the A type blood alpha-D-galactosamine galactosaminidase from Flavonifractor plautii in complex with GalN-pNP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 175.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9awt
沉积日期 deposition_date	2024-03-05
最后修订 last_revision	2024-12-18
结构标题 title	Structure of the A type blood alpha-D-galactosamine galactosaminidase from Flavonifractor plautii in complex with GalN-pNP
关键词 keywords	galactosaminidase, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.73 Å
零角强度 I(0) i0	3733220000.00
分子量 molecular_weight	337660.0 kDa
排除体积 excluded_volume	325550 Å³
包络体积 envelope_volume	617020 Å³
水化壳体积 shell_volume	97161 Å³
包络直径 envelope_diameter	177.0 Å
壳层 Rg shell_rg	56.28 Å
包络 Rg envelope_rg	51.66 Å
形状 Rg shape_rg	52.70 Å
总 Rg total_rg	52.84 Å
总原子数 total_atoms	25460
残基数 n_residues	3270
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	175.0 Å
Rg (实空间) rg_real	52.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7330e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1710e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3734000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8970
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	64.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.200
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.656
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	171600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.916

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	A type blood alpha-D-galactosamine galactosaminidase
分子量 formula_weight	73613.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	27471

AAPATDTGNAGLIAEGDYAIAGNGVRVTYDADGQTITLYRTEGSGLIQMSKPSPLGGPVIGGQEVQDFSHISCDVEQSTSGVMGSGQRMTITSQSMSTGLIRTYVLETSDIEEGVVYTATSYEAGASDVEVSWFIGSVYELYGAEDRIWSYNGGGEGPMHYYDTLQKIDLTDSGKFSRENKQDDTAASIPVSDIYIADGGITVGDASATRREVHTPVQETSDSAQVSIGWPGKVIAAGSVIEIGESFAVVHPGDYYNGLRGYKNAMDHLGVIMPAPGDIPDSSYDLRWESWGWGFNWTIDLIIGKLDELQAAGVKQITLDDGWYTNAGDWALNPEKFPNGASDALRLTDAIHEHGMTALLWWRPCDGGIDSILYQQHPEYFVMDADGRPARLPTPGGGTNPSLGYALCPMADGAIASQVDFVNRAMNDWGFDGFKGDYVWSMPECYNPAHNHASPEESTEKQSEIYRVSYEAMVANDPNVFNLLCNCGTPQDYYSLPYMTQIATADPTSVDQTRRRVKAYKALMGDYFPVTADHNNIWYPSAVGTGSVLIEKRDLSGTAKEEYEKWLGIADTVQLQKGRFIGDLYSYGFDPYETYVVAADGVMYYAFYKDGSKYSPTGYPDIELKGLDPNKMYRIVDYVNDRVVATNLMGDNAVFNTRFSDYLLVKAVEISE

来源 Source

来源生物 organism	Flavonifractor plautii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	292800
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	COBALT (II) ION
分子量 formula_weight	58.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	4-nitrophenyl 2-amino-2-deoxy-alpha-D-galactopyranoside
分子量 formula_weight	300.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2011

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	103.676 Å
晶胞边长 b length_b	166.571 Å
晶胞边长 c length_c	133.210 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	46.390 Å
R 因子 r_factor	0.2082
R_work r_work	0.2068
R_free r_free	0.2337

fit	/app/data/saxs_computation/aw/9awt/9awt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aw/9awt/9awt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aw/9awt/9awt.dat