9axn

Crystal Structure of Anti-Fentanyl Antibody HY11-6B2_Mu Fab in Complex with Fentanyl

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 209.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9axn
沉积日期 deposition_date	2024-03-06
结构标题 title	Crystal Structure of Anti-Fentanyl Antibody HY11-6B2_Mu Fab in Complex with Fentanyl
关键词 keywords	opioids, mAb, fentanyl, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.85 Å
零角强度 I(0) i0	1992260000.00
分子量 molecular_weight	371960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	463860 Å³
包络体积 envelope_volume	692200 Å³
水化壳体积 shell_volume	98817 Å³
包络直径 envelope_diameter	202.7 Å
壳层 Rg shell_rg	59.11 Å
包络 Rg envelope_rg	58.25 Å
形状 Rg shape_rg	59.86 Å
总 Rg total_rg	59.80 Å
总原子数 total_atoms	26188
残基数 n_residues	3348
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	209.4 Å
Rg (实空间) rg_real	59.76 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9920e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0790e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1991000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8077
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	64.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.368
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.473
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	188400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.832; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	HY11-6B2_Mu Fab Heavy Chain
分子量 formula_weight	24508.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A,C,E,I,M,O,Q
原子数 atom_count	27064

QVRLQQSGPELVKPGASVRISCKASGHTFTSYYIYWVKQRPGQGLEWIGWIYFGNINLKYNEKFKGKATLTADKSSSTAYIQLSSLTSEDSAVYFCASEDGPGAYWGQGTLVTVSAASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	HY11-6B2_Mu Fab Light Chain
分子量 formula_weight	23500.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,D,B,F,J,N,P,R

DIVMTQSQKFMSTSVGDRVSVTCKASQNVGTNVAWYQQKPGQSPKALIYSASYRYSGVPDRFTGSGSGTDFTLTISNVQSEDLAEYFCQQYNSYPLTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-phenyl-N-[1-(2-phenylethyl)piperidin-4-yl]propanamide
分子量 formula_weight	336.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 6 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	876

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.777 Å
晶胞边长 b length_b	98.238 Å
晶胞边长 c length_c	159.724 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	77.73 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.32 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	77.95 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	49.370 Å
R 因子 r_factor	0.2255
R_work r_work	0.2235
R_free r_free	0.2627

fit	/app/data/saxs_computation/ax/9axn/9axn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ax/9axn/9axn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ax/9axn/9axn.dat

Crystal Structure of Anti-Fentanyl Antibody HY11-6B2_Mu Fab in Complex with Fentanyl

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)