SAXSdb — 9axw

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9axw
沉积日期 deposition_date	2024-03-06
最后修订 last_revision	2026-03-25
结构标题 title	Nanobody NbJRI bound to yeast Pdc1
关键词 keywords	;Nanobody, Pdc1, Pyruvate Decarboxylase, VHH, protein inhibition, active site denaturation, enzyme inhibition, metabolic enzyme, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.29 Å
零角强度 I(0) i0	4363290000.00
分子量 molecular_weight	566780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	712780 Å³
包络体积 envelope_volume	997500 Å³
水化壳体积 shell_volume	131570 Å³
包络直径 envelope_diameter	217.6 Å
壳层 Rg shell_rg	64.79 Å
包络 Rg envelope_rg	61.17 Å
形状 Rg shape_rg	62.30 Å
总 Rg total_rg	62.31 Å
总原子数 total_atoms	39941
残基数 n_residues	5199
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	219.0 Å
Rg (实空间) rg_real	62.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.16 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3630e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0150e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4361000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8579
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	61.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.377
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.456
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0003
最高正则化参数 α highest_alpha	613900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.795; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.762

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	branched-chain-2-oxoacid decarboxylase
分子量 formula_weight	62786.4 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.72
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA1,BA1,CA1,DA1,EA1,FA1,GA1,HA1
原子数 atom_count	39941

MASSEITLGKYLFERLKQVNVNTVFGLPGDFNLSLLDKIYEVEGMRWAGNANELNAAYAADGYARIKGMSCIITTFGVGELSALNGIAGSYAEHVGVLHVVGVPSISAQAKQLLLHHTLGNGDFTVFHRMSANISETTAMITDIATAPAEIDRCIRTTYVTQRPVYLGLPANLVDLNVPAKLLQTPIDMSLKPNDAESEKEVIDTILALVKDAKNPVILADACCSRHDVKAETKKLIDLTQFPAFVTPMGKGSIDEQHPRYGGVYVGTLSKPEVKEAVESADLILSVGALLSDFNTGSFSYSYKTKNIVEFHSDHMKIRNATFPGVQMKFVLQKLLTTIADAAKGYKPVAVPARTPANAAVPASTPLKQEWMWNQLGNFLQEGDVVIAETGTSAFGINQTTFPNNTYGISQVLWGSIGFTTGATLGAAFAAEEIDPKKRVILFIGDGSLQLTVQEISTMIRWGLKPYLFVLNNDGYTIEKLIHGPKAQYNEIQGWDHLSLLPTFGAKDYETHRVATTGEWDKLTQDKSFNDNSKIRMIEIMLPVFDAPQNLVEQAKLTAATNAKQLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	NbJRi
分子量 formula_weight	16634.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,N,O,P,M

MASAAQLQLVETGGGLVQTGGSLRLSCAASGGTVTRLTTAWFRQAPGKEREFVTAITWLEGGPYYADSVKGRFTISRDNAKNTLYLRMDSLNPEDSAVYYCAARKAGTLRYSASEYEYWGQGTQVTVSSEPKTPKPQPARHAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	101.449 Å
晶胞边长 b length_b	113.048 Å
晶胞边长 c length_c	155.496 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	79.42 °
晶胞夹角 β angle_beta	78.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	67.02 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	29.590 Å
R 因子 r_factor	0.1994
R_work r_work	0.1963
R_free r_free	0.2393

fit	/app/data/saxs_computation/ax/9axw/9axw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ax/9axw/9axw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ax/9axw/9axw.dat

Nanobody NbJRI bound to yeast Pdc1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)