9ay5

Tail-Baseplate of P1 bacteriophage

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 283.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ay5
沉积日期 deposition_date	2024-03-07
最后修订 last_revision	2025-09-10
结构标题 title	Tail-Baseplate of P1 bacteriophage
关键词 keywords	P1 bacteriophage, baseplate-tail tube complex, baseplate, structural protein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	106.00 Å
零角强度 I(0) i0	136878000000.00
分子量 molecular_weight	3201300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	4016200 Å³
包络体积 envelope_volume	6582800 Å³
水化壳体积 shell_volume	489810 Å³
包络直径 envelope_diameter	348.8 Å
壳层 Rg shell_rg	116.00 Å
包络 Rg envelope_rg	103.80 Å
形状 Rg shape_rg	106.00 Å
总 Rg total_rg	105.90 Å
总原子数 total_atoms	225414
残基数 n_residues	29202
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	283.6 Å
Rg (实空间) rg_real	102.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3090e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2790e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal	106.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	137100000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9045
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	132.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.283
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.396
角度范围 angular_range	— – 0.0750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8304
最高正则化参数 α highest_alpha	20470000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	16
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 0.973; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.004

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Tub
分子量 formula_weight	22335.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	225414

MGLNVASVKSYVSSALTTTLFGSGVGEREVGKLTSIIMNKMLFAQGWQFSVEVDGLEGADFFAKDITYHDYSIEYETIKIGGGNILQPTERSPGQITMMVRDTVDGLVLDWFKTAKSRVINPDGTGNIPSQYLLNVRIYRLLSSGLTKLENEMTVFPVTTGDVTYARDQVTEFKSFPMTFALHSTFNQSSSSLASLLGFSFSL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage P1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2886926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	PmgG
分子量 formula_weight	20578.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

MAPIAYGVYSQADGVSPYLKVTLTNSQYQVTGYISQGAAMNMAQNWEAPFTGMSMGSVSGALGGFVQVGTETTSVARWNSLMVWEGGTPPTFTLPVTFIALNNPFIEVSGAIAALTAMISPELKAANVGGQIPERVTLNIGRRINITDVAIQDLSFDLDAPRDSNGYFLKNTVNLQLTGSSIYNSSDIVRAFQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage P1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2886926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	PmgA
分子量 formula_weight	13249.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R

MANNNEIDPLLTLELSGVKTYESQEEAWGARLYEWLNTYQGEVYGDPSWGNVLPQFKHEPTNLSHVQIAVEAMLLQKLTVDLPDIPISGLSVAEGDAFDKLKISIRIRDITITQDVVL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage P1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2886926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Gp26
分子量 formula_weight	14472.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U,V,W,X

MATSITTTQSTRQYPLSRYDDRNIADPILRAELRKEVMLMCESNDKNLTIYYVLPDEQYRPDLLAYRMWGIAELRWVVTLAAGLEDESQGMTVGKKLKLPPATWIREMIRHFQYDGQVIGTLSIA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage P1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2886926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	BplA
分子量 formula_weight	53624.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,Z,0,1,2,3,4,5,6,7,8,9

MSKTTPTKDSIRAEFEELVEKDSFWSKFVGSQFVSMLTLFITQIVYRCFQYADAALAEGFISTATRRSSILAAAETNSYVGTKPTPSSGMIEITATSEDAPAVIPKNMPLISDDQYPYMTMDVCRLVDGTGTVEVAQLEIQEVTYTVTAAKEFLEVVLSKALTAVCYKLEVFVTTDGKTTQWSSSTMFRLAGSKSQVYVEFYKPSEQLGVRFGDGLIGQIPPEGSTITLKVWCTNGDITLVAGQNLTPVDSAANLANLISVKTTTPITAGTDAETTEITRNRAQYYLAYDDQVVWGGDYTYFLVRNIPGLSWVKAWGEGQQEKLDGAYNVQNINKIFISGWHPNKSQSELEEMILAAFKKVPNELNKKFSYKEVRKLPFKITITGRISASLTIENVTDELKSALETKFGRDSTFFDPNRVGKYILIKKKDVWAFIETLGYFRDFYLEFVEWNESNGFYDFVYLDTENSTFNISYEEE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage P1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2886926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	Gp16
分子量 formula_weight	31387.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b,c,d,e,f

MQRSWFNHRLTSAKQKSLLYKSLADLVQSMMDTFVDPWLERITNRKSIFSMSKEDLETRTNELGQFFTIRTSNSSSVPMLLQQRLDEIHFKGTERPINQTIYREFNGISVLWDPIYAPVDLERHPYGTVLIPESTLETTGGTFGEMFLTSRGMISIPINDLARTMGITGTIDQSAITEEILRKFNQFVKPLLPLHIVFDGLTLYLSVVVNEHADMITLNEISDTEKAYCWFETSDTTSLTGVTSISAPITATPGGTIVKATPTFDRTRADDLLLDSDA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage P1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2886926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	Gp22
分子量 formula_weight	56989.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	30

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g,h,i,j,k,l,m,n,o,p,q,r,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA

MSQYSIQQSLGNASGVAVSPINADATLSTGVALNSSLWAGIGVFARGKPFTVLAVTESNYEDVLGEPLKPSSGSQFEPIRHVYEAIQQTSGYVVRAVPDDAKFPIIMFDESGEPAYSALPYGSEIELDSGEAFAIYVDDGDPCISPTRELTIETATADSAGNERFLLKLTQTTSLGVVTTLETHTVSLAEEAKDDMGRLCYLPTALEARSKYLRAVVNEELISTAKVTNKKSLAFTGGTNGDQSKISTAAYLRAVKVLNNAPYMYTAVLGLGCYDNAAITALGKICADRLIDGFFDVKPTLTYAEALPAVEDTGLLGTDYVSCSVYHYPFSCKDKWTQSRVVFGLSGVAYAAKARGVKKNSDVGGWHYSPAGEERAVIARASIQPLYPEDTPDEEAMVKGRLNKVSVGTSGQMIIDDALTCCTQDNYLHFQHVPSLMNAISRFFVQLARQMKHSPDGITAAGLTKGMTKLLDRFVASGALVAPRDPDADGTEPYVLKVTQAEFDKWEVVWACCPTGVARRIQGVPLLIK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage P1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2886926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 polymer

描述 description	BplB
分子量 formula_weight	18827.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB

MGHNNTKGNRKFIKGRYTANAAKGERLVSSEFLLTFAGHEDISVLVRTSQIPEMTREDVEDYGPNGVKFNQHGPIRNSGEIQVQCVETIEGDILQFIKDRIAAKDYVDITMAATPESKSSGVNAVTKAATTIEMLDCKIYSDAIDFSTEDVTAAVRPSLRIVYNWIEWD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage P1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2886926
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	12800

fit	/app/data/saxs_computation/ay/9ay5/9ay5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ay/9ay5/9ay5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ay/9ay5/9ay5.dat

Tail-Baseplate of P1 bacteriophage

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)