9az2

Crystal structure of PF3257 peroxidase from Pseudomonas fluorescens

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 197.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9az2
沉积日期 deposition_date	2024-03-09
结构标题 title	Crystal structure of PF3257 peroxidase from Pseudomonas fluorescens
关键词 keywords	FERRIDOXIN-LIKE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.62 Å
零角强度 I(0) i0	4025040000.00
分子量 molecular_weight	523650.0 kDa
排除体积 excluded_volume	650750 Å³
包络体积 envelope_volume	961140 Å³
水化壳体积 shell_volume	132480 Å³
包络直径 envelope_diameter	204.1 Å
壳层 Rg shell_rg	64.32 Å
包络 Rg envelope_rg	57.41 Å
形状 Rg shape_rg	58.61 Å
总 Rg total_rg	58.76 Å
总原子数 total_atoms	36908
残基数 n_residues	4690
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.9 Å
Rg (实空间) rg_real	58.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0250e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8750e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	59.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4027000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8114
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	73.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.224
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.367
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	196000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Deferrochelatase
分子量 formula_weight	43540.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	38503

AAPAQVTEAPSSDKTQDRHDFHGQHQSGIVTPRPAAGMLVSFDVLASDRDDLERLFRTLDQRIAFLMRGGPVAQVDPKLPPLDSGILGPVVTPDNLTITVSVGESLFDERFGLEAAKPKRLIRMVGFPNDALEPACCHGDLSLQFCSNTADTNIHALRDIVKNLPDLLLVRWKQEGSVPPQAPAKPGEPAQSARNFLGFRDGSANPDSNDPKAMQQIVWVQPGSDEPAWAAHGSYQAVRIIRNFVERWDRTPLQEQESIIGRIKTSGAPMDGQKESQVPDYARDPHGKVTKLDAHIRLANPRTAQSQQNLILRRPFNYSNGVNKNGQLDMGLLFICYQADLEKGFIAVQTRLNGEPLEEYLKPTGGGYFFTLPGVTGEEDFIGRSLLDATRPKSTA

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	220664
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	OXYGEN MOLECULE
分子量 formula_weight	32.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1593

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.334 Å
晶胞边长 b length_b	114.747 Å
晶胞边长 c length_c	143.717 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	83.31 °
晶胞夹角 β angle_beta	77.44 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	86.26 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.520 Å
最低分辨率 resolution_low	19.990 Å
R 因子 r_factor	0.1982
R_work r_work	0.1975
R_free r_free	0.2519

fit	/app/data/saxs_computation/az/9az2/9az2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/az/9az2/9az2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/az/9az2/9az2.dat

Crystal structure of PF3257 peroxidase from Pseudomonas fluorescens

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction