9b3j

Artemia franciscana ATP synthase state 2 (composite structure), pH 8.0

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 213.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9b3j
沉积日期 deposition_date	2024-03-19
结构标题 title	Artemia franciscana ATP synthase state 2 (composite structure), pH 8.0
关键词 keywords	ATP synthesis, Complex V, mitochondria, oxidative-phosphorylation, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	67.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	68.25 Å
零角强度 I(0) i0	4071470000.00
分子量 molecular_weight	556040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	703740 Å³
包络体积 envelope_volume	1083900 Å³
水化壳体积 shell_volume	135960 Å³
包络直径 envelope_diameter	245.4 Å
壳层 Rg shell_rg	66.18 Å
包络 Rg envelope_rg	66.86 Å
形状 Rg shape_rg	68.27 Å
总 Rg total_rg	68.12 Å
总原子数 total_atoms	39095
残基数 n_residues	5093
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	213.8 Å
Rg (实空间) rg_real	67.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0700e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.5680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	66.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4062000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8063
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.511
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.417
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha	343000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.038

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (19)

Entity 1 polymer

描述 description	ATP synthase subunit c
分子量 formula_weight	13250.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4,5,6,7,8
原子数 atom_count	39095

MYTIARIATRAAVSQGSQAYLRPVSSAVLSQKVIVEAPVATQARSLQTSAVQRDIDSAAKFIGAGAATVGVAGSGAGIGSVFGSLIIGYARNPSLKQQLFSYAILGFALSEAMGLFCLMMAFLLLFAF

Entity 2 polymer

描述 description	ATP synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	59706.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

MALSTARIVSTVARQLPRGVQKVAARTAPVATIAARKLHVSSANNAAEISAVLEEKILGAAPKENLEETGRVLSIGDGIARVYGLKNIQAEEMVEFSSGLKGMALNLEPDNVGIVVFGNDKHIKEGDIVKRTGAIVDVPVGEELLGRVVDALGNPIDGKGPIGSKTRQRVGVKAPGIIPRVSVREPMQTGMKAVDSLVPIGRGQRELIIGDRQTGKTAIAIDAIINQKRFNDAQDEKKKLYCVYVAIGQKRSTVAQIVKRLTDTDAMRYTIVVSATASDAAPLQYLAPYSGCAMGEFFRDNGKHALIIYDDLSKQAVAYRQMSLLLRRPPGREAYPGDVFYLHSRLLERAAKMSESNGGGSLTALPVIETQAGDVSAYIPTNVISITDGQIFLETELFYKGIRPAINVGLSVSRVGSAAQTRAMKQVAGSMKLELAQYREVAAFAQFGSDLDASTQQLLSRGVRLTELLKQGQYVPMAIEDQVAIIYCGVRGHLDKVEPSKITKFEKEFSQHIKTSHRDILDTIAKEGQISPDTDAKLKKVVTDFLSTFQA

Entity 3 polymer

描述 description	ATP synthase subunit beta
分子量 formula_weight	55884.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MLGAVGRASLKVLTASKPSIELTKAVPAALSSRSVHAGQVDSAAAAAKAQAAANTSNGQITAVIGAVVDVQFEDQLPPILNALEVQGRSPRLILEVAQHLGENTVRTIAMDGTEGLVRGQNVLDTGAPIKIPVGPETLGRIMNVIGEPIDERGPIVTDKFAAIHADAPEFVEMSVQQEILVTGIKVVDLLAPYAKGGKIGLFGGAGVGKTVLIMELINNVAKAHGGYSVFAGVGERTREGNDLYHEMIESGVISLKDKTSKVALVYGQMNEPPGARARVALTGLTVAEYFRDQEGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSALLGRIPSAVGYQPTLATDMGTMQERITTTKKGSITSVQAIYVPADDLTDPAPATTFAHLDATTVLSRAIAELGIYPAVDPLDSTSRILDPNIIGEEHYNIARGVQKILQDYKSLQDIIAILGMDELSEEDKLIVSRARKIQRFLSQPFQVAEVFTGHAGKLVPIKDTIKGFKMILNGELDHLPEVAFYMVGPIEEVVAKAEKIAESQ

Entity 4 polymer

描述 description	ATP synthase subunit gamma
分子量 formula_weight	31976.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MFGRTSVLVLSQCNAAEQVRGMATLKAVSIRLKSVKNIQKITQSMKMVSAAKYTKAERELRVAKPYGQGAMKFYEKTELKGKEEKPSQLIIAISSDRGLCGAVHSSVGRQLKADLAANPDTMVICVGDKIRNILQRLYGNNLAMVCNDFGRRPPVFEDATKVARAVLESGMEFTNGKIVYNAFRSVVSFRTTDIPVFSKNAIESADSIAAYDSLDSDVIQSYVEYSLASLIYYTMKENATSEQSSRMTAMDNASKNAGEMIDKLTMTFNRTRQAVITRELIEIISGASAL

Entity 5 polymer

描述 description	ATP synthase subunit delta
分子量 formula_weight	17565.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MVSLTGDVSTVVGPTEVDSAEVGFADVSSAWDNQMAFTFAAPSQVFYNNANIRQVDVPSFSGSFGILPAHVATLAVLKPGVVTVYQEDGSTKKYFVSSGTVTVNDDSSVQVLAEEAVPVENLDLQAARDILSKAQSDVTSAGADMLKLAEGQIAVEVGEALVKAAEGQL

Entity 6 polymer

描述 description	ATP synthase subunit epsilon
分子量 formula_weight	7464.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

VRSNFASISGSGRRGRHVDFGASVDFEVHMMRRALKPELRNEAIKREESLLKVTPWKDGKPVKAAQ

Entity 7 polymer

描述 description	ATP synthase subunit b
分子量 formula_weight	29944.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MLSRIAVQSARPIAALQSVRPVQTSSTKTSEVASASVAPVVQFKGPNEGVERDHVGFPRPLRPVNPGKVRVGFVPEEWFTFFYNKTGVTGPYVLGAGALTFLLSKEIYVVEHEFYTGVAIAIMGTYGVKKFGKQIADYADKGIGEIEQSFKEYQDSSKIGFEEAITLEERAQKSAEAQIMLFQAKRENVQFQLEAAYRARLHHVNNEIKKRLDYHLETERAQRQIKQKNMVDWIVRNVMKSITPEQERLMLSKCISDLKAMSIKA

Entity 8 polymer

描述 description	ATP synthase coupling factor 6, F6
分子量 formula_weight	11140.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MLAPRISVALRRSFSTSLPVVQKAVDPIQKLFLDKIKEYDQKSKAAGGKLLEASTEIQRELDAELDKLKKMYGGDTADLSKFPSFHFEDPVVDPINMQK

Entity 9 polymer

描述 description	ATP synthase subunit d
分子量 formula_weight	25422.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MASKRIARSSIDWAKMAESVPESQKAMYNQFKAKSDGYIRKALSYPEQPSPINWEHYRKSLTNPAMVDAFKKQYEALKVPYPEDKVSSQIDAQEAEAKKEITKFIQESRGRIENYKAELGKLGQMIPFEHMTLEDFFEAFPEKVLNPDPPSPNVKKKPFKNNSWHLIQKIPNHFGLILKKTLWNSKRRNSGNLEMNTIKSILLLDIIFKSFIGIKMCKL

Entity 10 polymer

描述 description	ATP synthase subunit a
分子量 formula_weight	24422.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MMASLFSVFDPTSSFLSNWLSMLIPLLFMVMSFWLIPSRPQFLAKSVLMGLNREMSLLMGPASFGANILVIALFLFILFNNFIGLFPYIFTATSHLAVTLSLAVPLWISFILYTWIKETTNALAHLVPLGTPAPLMPFMVLMEIISNMIRPITLSVRLAANMIAGHLLLTLLGAQGTLENLYVTSIVVFSQIILLMLEFSVAIIQSYVFMTLMTLYASE

Entity 11 polymer

描述 description	ATP synthase subunit OSCP
分子量 formula_weight	22563.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MNDVSQAARQFSTTSAATQLVKAPIQVFGIEGRYATALYSAAVKQKKLEAVEKDLVQLNASLKKFPRLGELLKNPTLSRQLKKDAIGSMLKEQKAVDLTSNFLDLLTENNRLKMVDGVINAFKTIMAAHRGEVICEVTSAKPLDEAARKDLEVALKGFLKPGQNIKLTLKTDPAIIGGLVVSIGDRFVDMSIGTKIKRYTAALKTAV

Entity 12 polymer

描述 description	ATP synthase subunit 6.8PL
分子量 formula_weight	3762.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

Entity 13 polymer

描述 description	ATP synthase protein 8
分子量 formula_weight	6351.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MPQMMPLPWIMVFLVSMALLWAIMTMVFFLYQPRSVSSAKGFSDRTVYLNWKW

Entity 14 polymer

描述 description	ATP synthase subunit f
分子量 formula_weight	13697.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MGFGDYPAEYNPKVHGPYDPARFYGKADVPLGQVKLGELSQWLGRRNKNPQAVAAAVSRGWWRWQHKYVLPRKGGIAPYIQLIVGCSIFFYAINYGKMVAHRQRKYHCRKTHSISHSNI

Entity 15 polymer

描述 description	ATP synthase subunit g
分子量 formula_weight	11236.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MSALAKKIATSGPVVLKNTIAVTRPKLATFLKYAKVELTPPGPADVPKIQEGIQNLIHSAKTGKWKQVSVREAWLNTLIVTEIAMWFFVGECIGKGSVIGYRV

Entity 16 polymer

描述 description	ATP synthase subunit e
分子量 formula_weight	9558.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MSFAPPVNVSPLIRAGRYGALVVGIVYGSYRFGSLQKRENEWRVEEARRKVIRDALNAENKAKATREEMLYLAKETGVKVPENF

Entity 17 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 18 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 19 non-polymer

描述 description	CARDIOLIPIN
分子量 formula_weight	1464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.73 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	302409

fit	/app/data/saxs_computation/b3/9b3j/9b3j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b3/9b3j/9b3j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b3/9b3j/9b3j.dat

Artemia franciscana ATP synthase state 2 (composite structure), pH 8.0

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (19)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)