SAXSdb — 9b5d

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9b5d
沉积日期 deposition_date	2024-03-22
结构标题 title	Ubiquitin E1-Ub-E2 tetrahedral transthiolation intermediate mimic (doubly Ub-loaded) - Ub(T) class 1 map and model from consensus
关键词 keywords	;UBIQUITIN, E1, E2, UBA1, UBC4, TRANSTHIOESTERIFICATION, THIOESTER, TRANSTHIOLATION, TETRAHEDRAL INTERMEDIATE, ADENYLATION, INHIBITOR, LIGASE, NUCLEUS, PHOSPHOPROTEIN, UBL CONJUGATION PATHWAY, UBL, ATP ATP-BINDING, AMP, NUCLEOTIDE-BINDING, ISOPEPTIDE BOND ;; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.30 Å
零角强度 I(0) i0	309292000.00
分子量 molecular_weight	143890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	180990 Å³
包络体积 envelope_volume	236610 Å³
水化壳体积 shell_volume	55843 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.33 Å
包络 Rg envelope_rg	33.81 Å
形状 Rg shape_rg	34.30 Å
总 Rg total_rg	34.86 Å
总原子数 total_atoms	10128
残基数 n_residues	1283
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.8 Å
Rg (实空间) rg_real	34.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	309300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9021
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.135
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.534
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	44190000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.929

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-activating enzyme E1 1
分子量 formula_weight	111764.0 kDa
EC 编号 ec_number	6.2.1.45
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10128

SNTIDEGLYSRQLYVLGHEAMKQMSQSNVLIIGCKGLGVEIAKNVCLAGVKSVTLYDPQPTRIEDLSSQYFLTEDDIGVPRAKVTVSKLAELNQYVPVSVVDELSTEYLKNFKCVVVTETSLTKQLEINDFTHKNHIAYIAADSRGLFGSIFCDFGENFICTDTDGNEPLTGMIASITDDGVVTMLEETRHGLENGDFVKFTEVKGMPGLNDGTPRKVEVKGPYTFSIGSVKDLGSAGYNGVFTQVKVPTKISFKSLRESLKDPEYVYPDFGKMMRPPQYHIAFQALSAFADAHEGSLPRPRNDIDAAEFFEFCKKIASTLQFDVELDEKLIKEISYQARGDLVAMSAFLGGAVAQEVLKATTSKFYPLKQYFYFDSLESLPSSVTISEETCKPRGCRYDGQIAVFGSEFQEKIASLSTFLVGAGAIGCEMLKNWAMMGVATGESGHISVTDMDSIEKSNLNRQFLFRPRDVGKLKSECASTAVSIMNPSLTGKITSYQERVGPESEGIFGDEFFEKLSLVTNALDNVEARMYVDRRCVFFEKPLLESGTLGTKGNTQVVVPHLTESYGSSQDPPEKSFPICTLKNFPNRIEHTIAWARDLFEGLFKQPIDNVNMYLSSPNFLETSLKTSSNPREVLENIRDYLVTEKPLSFEECIMWARLQFDKFFNNNIQQLLFNFPKDSVTSTGQPFWSGPKRAPTPLSFDIHNREHFDFIVAAASLYAFNYGLKSETDPAIYERVLAGYNPPPFAPKSGIKIQVNENEEAPETAANKDKQELKSIADSLPPPSSLVGFRLTPAEFEKDDDSNHHIDFITAASNLRAMNYDITPADRFKTKFVAGKIVPAMCTSTAVVSGLVCLELVKLVDGKKKIEEYKNGFFNLAIGLFTFSDPIASPKMKVNGKEIDKIWDRYNLPDCTLQELIDYFQKEEGLEVTMLSSGVSLLYANFQPPKKLAERLPLKISELVEQITKKKLEPFRKHLVLEICCDDANGEDVEVPFICIKL

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe 972h-
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Large ribosomal subunit protein eL40B
分子量 formula_weight	8568.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe 972h-
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 4
分子量 formula_weight	17043.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
突变 mutation	C21S,C107S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MALKRINRELADLGKDPPSSSSAGPVGDDLFHWQATIMGPADSPYAGGVFFLSIHFPTDYPFKPPKVNFTTRIYHPNINSNGSICLDILRDQWSPALTISKVLLSISSLLTDPNPDDPLVPEIAHVYKTDRSRYELSAREWTRKYAIGGLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe 972h-
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Ubiquitin
分子量 formula_weight	8769.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GSGGMQIFVKTLTGKTITLEVESSDTIDNVKSKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRG

来源 Source

来源生物 organism	Schizosaccharomyces pombe 972h-
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	284812
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	4-aminobutanenitrile
分子量 formula_weight	84.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	127965

fit	/app/data/saxs_computation/b5/9b5d/9b5d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b5/9b5d/9b5d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b5/9b5d/9b5d.dat

Ubiquitin E1-Ub-E2 tetrahedral transthiolation intermediate mimic (doubly Ub-loaded) - Ub(T) class 1 map and model from consensus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)