9b8j

GP38-GnH-DS-Gc in the pre-fusion conformation

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 138.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9b8j
沉积日期 deposition_date	2024-03-30
结构标题 title	GP38-GnH-DS-Gc in the pre-fusion conformation
关键词 keywords	GP38, Gn, Gc, CCHFV, pre-fusion, heterotrimer, GP38-Gn-Gc, Gn-Gc, GP38/Gn/Gc, Gn/Gc, GP38-Gn, GP38/Gn, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.51 Å
零角强度 I(0) i0	180179000.00
分子量 molecular_weight	108250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	135100 Å³
包络体积 envelope_volume	184600 Å³
水化壳体积 shell_volume	39776 Å³
包络直径 envelope_diameter	148.2 Å
壳层 Rg shell_rg	43.35 Å
包络 Rg envelope_rg	40.15 Å
形状 Rg shape_rg	40.49 Å
总 Rg total_rg	40.74 Å
总原子数 total_atoms	7610
残基数 n_residues	961
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.5 Å
Rg (实空间) rg_real	40.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8020e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	180100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8328
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.410
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.516
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.679; Smooth: 0.728

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	GP38
分子量 formula_weight	30216.8 kDa
突变 mutation	Q496C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7610

NLKMEIILTLSQGLKKYYGKILRLLQLTLEEDTEGLLEWCKRNLGLDCDDTFFQKRIEEFFITGEGHFNEVLQFRTPGTLSTTESTPAGLPTAEPFKSYFAKGFLSIDSGYYSAKCYSGTSNSGLQLINITRHSTRIVDTPGPKITNLKTINCINLKASIFKEHREVEINVLLPQVAVNLSNCHVVIKSHVCDYSLDIDGAVRLPHIYHEGVFIPGTYKIVIDKKNKLNDRCTLFTDCVIKGREVRKGCSVLRQYKTEIRIGKASTGS

来源 Source

来源生物 organism	Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	652961
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Glycoprotein N
分子量 formula_weight	10426.3 kDa
突变 mutation	R516S, V562C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SRLLSEEPSDDCISRTQLLRTETAEIHGDNYGGPGDKITICNGSTICDQRLGSELGCYTINRVRSFKLCENSENLYFQGGGGSGGGSGGGSENLYFQG

来源 Source

来源生物 organism	Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	652961
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Glycoprotein C
分子量 formula_weight	59474.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SLSIEAPWGAINVQSTYKPTVSTANIALSWSSVEHRGNKILVSGRSESIMKLEERTGISWDLGVEDASESKLLTVSVMDLSQMYSPVFEYLSGDRQVGEWPKATCTGDCPERCGCTSSTCLHKEWPHSRNWRCNPTWCWGVGTGCTCCGLDVKDLFTDYMFVKWKVEYIKTEAIVCVELTSQERQCSLIEAGTRFNLGPVTITLSEPRNIQQKLPPEIITLHPRIEEGFFDLMHVQKVLSASTVCKLQSCTHGVPGDLQVYHIGNLLKGDKVNGHLIHKIEPHFNTSWMSWDGCDLDYYCNMGDWPSCTYTGVTQHNHASFVNLLNIETDYTKNFHFHSKRVTAHGDTPQLDLKARPTYGAGEITVLVEVADMELHTKKIEISGLKFASLACTGCYACSSGISCKVRIHVDEPDELTVHVKSDDPDVVAASSSLMARKLEFGTDSTFKAFSAMPKTSLCFYIVEREHCKSCSEEDTKKCVNTKLEGSLEVLFQGPGHHHHHHHHSAWSHPQFEKGGGSGGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Crimean-Congo hemorrhagic fever virus strain IbAr10200
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	652961
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	ADI-46152 heavy chain
分子量 formula_weight	52562.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MGWSCIILFLVATATGVHSEVQLVESGGVLVQPGGSLRLSCAASGFTVNSNYMTWVRQAPGKGLEWVSVIYSGGYTYYADSVKGRFAISRDNSKNTVYLQMNSLRVEDTAVYYCARLRLSSSWYPEAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQGPTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	ADI-46152 light chain
分子量 formula_weight	25709.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MRPTWAWWLFLVLLLALWAPARGAILLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSALAWYQQKPGRAPKVLIYDASSLANGVPSRFSGSGSGTDFTLTINSLQPEDFATYYCQQFNYYPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTQGTTSVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	ADI-36125 heavy chain
分子量 formula_weight	51378.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MGWSCIILFLVATATGVHSQVQLVQSGGGLVKPGGSLRLSCAASGFSLSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSSISNTGSYKYYADSVKGRFTISRDNAKNSVYLQMNSLRAEDRAVYYCARDHVHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKGLEVLFQGPTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 7 polymer

描述 description	ADI-36125 light chain
分子量 formula_weight	26091.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MRPTWAWWLFLVLLLALWAPARGETTLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISNFLAWYQQKPGKVPKLLIYTTSTLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDVATYYCLYYNSAPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 8 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	728031

fit	/app/data/saxs_computation/b8/9b8j/9b8j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b8/9b8j/9b8j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b8/9b8j/9b8j.dat

GP38-GnH-DS-Gc in the pre-fusion conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 branched

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)