9b97

Crystal structure of the human PAD2 protein bound to small molecule

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 129.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9b97
沉积日期 deposition_date	2024-04-01
结构标题 title	Crystal structure of the human PAD2 protein bound to small molecule
关键词 keywords	Complex, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.93 Å
零角强度 I(0) i0	76359600.00
分子量 molecular_weight	72121.0 kDa
排除体积 excluded_volume	91267 Å³
包络体积 envelope_volume	117730 Å³
水化壳体积 shell_volume	31238 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.85 Å
包络 Rg envelope_rg	35.68 Å
形状 Rg shape_rg	34.94 Å
总 Rg total_rg	35.02 Å
总原子数 total_atoms	5069
残基数 n_residues	626
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	129.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	76330000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7206
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	28.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.690
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.173
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.397; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.309; Smooth: 0.865

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein-arginine deiminase type-2
分子量 formula_weight	78673.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.3.15
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5244

MGHHHHHHHHHHSSGHIEGRHMLRERTVRLQYGSRVEAVYVLGTYLWTDVYSAAPAGAQTFSLKHSEHVWVEVVRDGEAEEVATNGKQRWLLSPSTTLRVTMSQASTEASSDKVTVNYYDEEGSIPIDQAGLFLTAIEISLDVDADRDGVVEKNNPKKASWTWGPEGQGAILLVNCDRETPWLPKEDCRDEKVYSKEDLKDMSQMILRTKGPDRLPAGYEIVLYISMSDSDKVGVFYVENPFFGQRYIHILGRRKLYHVVKYTGGSAELLFFVEGLCFPDEGFSGLVSIHVSLLEYMAQDIPLTPIFTDTVIFRIAPWIMTPNILPPVSVFVCCMKDNYLFLKEVKNLVEKTNCELKVCFQYLNRGDRWIQDEIEFGYIEAPHKGFPVVLDSPRDGNLKDFPVKELLGPDFGYVTREPLFESVTSLDSFGNLEVSPPVTVNGKTYPLGRILIGSSFPLSGGRRMTKVVRDFLKAQQVQAPVELYSDWLTVGHVDEFMSFVPIPGTKKFLLLMASTSACYKLFREKQKDGHGEAIMFKGLGGMSSKRITINKILSNESLVQENLYFQRCLDWNRDILKKELGLTEQDIIDLPALFKMDEDHRARAFFPNMVNMIVLDKDLGIPKPFGPQVEEECCLEMHVRGLLEPLGLECTFIDDISAYHKFLGEVHCGTNVRRKPFTFKWWHMVPSRRS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(1P)-N~3'~-[(2S)-3-cyclohexyl-1-(methylamino)-1-oxopropan-2-yl]-N~3~,N~3~-diethyl-4-fluoro-5'-{[4-(4-phenylbutyl)piperazin-1-yl]methyl}[1,1'-biphenyl]-3,3'-dicarboxamide ;
分子量 formula_weight	712.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	157

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	202.360 Å
晶胞边长 b length_b	52.490 Å
晶胞边长 c length_c	76.550 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	97.289 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	0.2674

fit	/app/data/saxs_computation/b9/9b97/9b97.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b9/9b97/9b97.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b9/9b97/9b97.dat