9bat

;Crystal structure of sterol 14 alpha-demethylase (CYP51) from deep-sea fish Coryphaenoides armatus (abyssal grenadier) in the ligand-free state ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bat
沉积日期 deposition_date	2024-04-04
结构标题 title	;Crystal structure of sterol 14 alpha-demethylase (CYP51) from deep-sea fish Coryphaenoides armatus (abyssal grenadier) in the ligand-free state ;
关键词 keywords	MONOOXYGENASE, CYTOCHROME P450, ENDOPLASMIC RETICULUM, STEROL BIOSYNTHESIS, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.23 Å
零角强度 I(0) i0	152457000.00
分子量 molecular_weight	100940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127180 Å³
包络体积 envelope_volume	155930 Å³
水化壳体积 shell_volume	41101 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.50 Å
包络 Rg envelope_rg	32.16 Å
形状 Rg shape_rg	32.21 Å
总 Rg total_rg	32.78 Å
总原子数 total_atoms	7105
残基数 n_residues	878
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	152500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6560
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.436
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.405
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.851; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.049; Positv: 1.000; Valcen: 0.964; Smooth: 0.859

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Lanosterol 14-alpha demethylase
分子量 formula_weight	51036.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.14.154
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7127

MAKKTKCPPYIPSRIPFLGHAVAFGKNPIEFLEKAYEKYGPVVSFTMVGKTFTFLLGSDAAALMFNSKNEDLSAEDVYSKITTPVFGKGVAYDVPNPIFLEQKKMLKTGLNIAQFKKHVPIIEQETEEYIKRWGDSGETNLFVAMSELIILTASSCLHGKEIRSLLNEKVAQLYCDLDGGFSHEAWLLPSWLPLPSFRRRDRAHREIKNMFYTAIQKRRTSNEKVDDFLQTLIDATYKDGHSLSDDEIAGLLIGLLLAGQHTSSTTSSWMSFFLARDKQLQERCLAEQKAVCGEDLPPLDFDQLKELSLLDRCLKETLRLRPPIMTMMRMARSPQCVAGYTIPVGHQVCVSPTVNQRLPDSWTERDEFNPDRYLTDNAATGEKFAYVPFGAGRHRCIGEGFAYVQLKTILSTLIRKFEFDLVDGYFPTINFTTMIHTPNNPVIRYRSRT

来源 Source

来源生物 organism	Coryphaenoides armatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	76798
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	22

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.596 Å
晶胞边长 b length_b	63.135 Å
晶胞边长 c length_c	104.860 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	29.090 Å
R 因子 r_factor	0.2329
R_work r_work	0.2317
R_free r_free	0.2482

fit	/app/data/saxs_computation/ba/9bat/9bat.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ba/9bat/9bat.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ba/9bat/9bat.dat

;Crystal structure of sterol 14 alpha-demethylase (CYP51) from deep-sea fish Coryphaenoides armatus (abyssal grenadier) in the ligand-free state ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction