9bb0

D-Dopachrome Tautomerase with 4-Hydroxyphenylpyruvate Bound in Catalytic Site at Atomic (0.98 Angstrom) Resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bb0
沉积日期 deposition_date	2024-04-05
结构标题 title	D-Dopachrome Tautomerase with 4-Hydroxyphenylpyruvate Bound in Catalytic Site at Atomic (0.98 Angstrom) Resolution
关键词 keywords	tautomerase, keto-enol tautomerase, cytokine, substrate, complex; CYTOKINE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.62 Å
零角强度 I(0) i0	22915700.00
分子量 molecular_weight	37781.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47907 Å³
包络体积 envelope_volume	60629 Å³
水化壳体积 shell_volume	22154 Å³
包络直径 envelope_diameter	77.2 Å
壳层 Rg shell_rg	29.68 Å
包络 Rg envelope_rg	23.56 Å
形状 Rg shape_rg	23.61 Å
总 Rg total_rg	24.48 Å
总原子数 total_atoms	2655
残基数 n_residues	351
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.6 Å
Rg (实空间) rg_real	24.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	22920000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9116
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.212
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.479
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4005000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.962; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.960

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	D-dopachrome decarboxylase
分子量 formula_weight	12593.5 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.84
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,BBB,CCC
原子数 atom_count	3384

PFLELDTNLPANRVPAGLEKRLCAAAASILGKPADRVNVTVRPGLAMALSGSTEPCAQLSISSIGVVGTAEDNRSHSAHFFEFLTKELALGQDRILIRFFPLESWQIGKIGTVMTFL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	3-(4-HYDROXY-PHENYL)PYRUVIC ACID
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(2E)-2-hydroxy-3-(4-hydroxyphenyl)prop-2-enoic acid
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	486

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	83.765 Å
晶胞边长 b length_b	83.765 Å
晶胞边长 c length_c	40.535 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	P 3
空间群编号 int_tables_number	143
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	0.985 Å
最低分辨率 resolution_low	72.540 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1321
R_free r_free	0.1467

fit	/app/data/saxs_computation/bb/9bb0/9bb0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bb/9bb0/9bb0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bb/9bb0/9bb0.dat

D-Dopachrome Tautomerase with 4-Hydroxyphenylpyruvate Bound in Catalytic Site at Atomic (0.98 Angstrom) Resolution

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction