9bcu

Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 52 nt RNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 197.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bcu
沉积日期 deposition_date	2024-04-09
结构标题 title	Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 52 nt RNA
关键词 keywords	RNA polymerase, pre-termination complex, FttA, archaea, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.78 Å
零角强度 I(0) i0	4642280000.00
分子量 molecular_weight	566750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	706900 Å³
包络体积 envelope_volume	996630 Å³
水化壳体积 shell_volume	139080 Å³
包络直径 envelope_diameter	222.0 Å
壳层 Rg shell_rg	63.18 Å
包络 Rg envelope_rg	57.80 Å
形状 Rg shape_rg	58.81 Å
总 Rg total_rg	58.75 Å
总原子数 total_atoms	39765
残基数 n_residues	4862
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.4 Å
Rg (实空间) rg_real	58.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6420e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4641000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8473
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.468
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.084
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha	673600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.799; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.614

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (19)

Entity 1 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit A' ;
分子量 formula_weight	103038.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	39765

MQSMKKVIGSIEFGILSPQEIRKMSAAEITVPDTYDDDGYPIEGGLMDKRLGVIDPGLRCETCGARAGECPGHFGHIELARPVIHVGFAKTIHRVLESTCRECGRIKLTDEEIEEYMQKFEVMGDRKGAVDKLIKEIHKKAKERMVCPHCGAPQFPIKFERPTIYWELRKDEEGNEYKHRMMPSEVRDRLEKIPDKDLPLLGLHPEKSRPEWMVLTVLPVPPVTMRPSITLESGIRAEDDLTHKLVDIIRINNRLKSNIEAGAPQLIIEDLWDLLQYHVTTYINNETSGVPPAKHKSGRPLKTLAQRLKGKEGRFRGNLSGKRVNFSARTVISPDPMISINEVGVPLAVAMELTVPEKVTEFNYEKLKQRVLNGPEKYPGANYVIDPEGRRIRLMESNRELIAEKLDIGWTVERHLEDGDVVLFNRQPSLHRMSIMAHRVRVMPYRTFRLNLPVCPPYNADFDGDEMNLHVPQTEEAQAEAKILMEVQNHIISPRYGGPLIAGIQDHISGGYLLTREGAYFTRYEVEQMLMFAGMDVNELPEPDKYENGEPLWSGKTIFSLLLPDDLTIWYRNKLCDEPERCEALEKLIEEKLIPDPEEVRKLAYDGFVYIQNGKLLSGAVDKKAYGREDGKLLDIIVREYGVERARQFLDQVTKLTIWVITHKGFTTAIDDEDLPQEAIDRIHEIIREAEEKVQRLIEAYKRGELEPLPGKTLEETLESKIMAVLAEARDNAGKVAERYLGMNNHAVIMAKTGARGKILNITQMAAMLGQQSIRGKRLYRGYRGRVLTHFKPGDLGARARGFVTNSYKSGLTPQEYFFHAMGGREGLVDTAVRTAQSGYMQRRLINALQDLKVDYDGTVRDPTGIIVQFKYGEDGVDPMKSWQGKTVDVDRVIVRTLLKMRGGGE

Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit B
分子量 formula_weight	127468.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSRGVTVTEPTLTPDELWLVMESYWKEKGFVRQHLDSYNAFIDHGLQDVVNEFGEVVPDIPNFKVKFGKIRIGQPEFQEAQGQRRPLYPMDARIRNLTYSAPLYLEMIPVVNGIEQEPVEVRIGELPIMLKSKACRLYGLSDEELIKLGEDPKDPGGYFIINGSERVIVSIEDLAPNKTLVERDERQNKVVAKVFSYRHGYRALITVERKKDGILYVTIPNVPKPVKFVYVMRALGLLTDKEIVEAVSDDPRIQQVLFDNLEDASDISTQEEALDYIGRLALPGQPKEYRLRRAEHIIDNNLLPHMGVDPENRRAKAYYLGMMALKVLELSLGLRGEDDKDHYANKRLKLAGDLLKDLFRVAFGQLVKDMQYQMTKTYQRKGERYTFENIQRFVRNSIRPDVLSERIEHALATGSWPGGRTGVSQLLDRTNYMSTLSHLRRVTSPLSRDQPHFEARDLHGTHWGRICPTETPEGPNCGLVKNLALMSQITTGIPEREVREYLMKMGVVPIEERRPAPGLYRVYLNGVLIGTVEDGRKLVERIRADRRAGKISDVINVALYEDEEVKEVYINSDDGRVRRPLIVVENGKPKLTREHVEGIKNGTLTWSDLIRMGVIEYLDAEEEENAYVATWPWEVTEEHTHLELMPAAILGIPASLVPYPEHNAAPRNTYGAGMAKQSLGLGWANFRIRVDTRGHLMHYPQVPLVNSRIMKAVGFEDRPAGQNFVVAVLSYHGYNMEDAVIINKASIERGLARSTFFRTYEAEEKRYLGGQKDNFEVPSPNIQGYLGEKYYRHLDEDGLIFPESKVEGKDVLVGRTSPPRFIEEQSSLGSMVLQGRRETSVTVRPSEKGVVDKVIVTETGDGTKLVKVTVRDLRIPELGDKFASRHGQKGVIGLIVPQEDMPWTESGIVPDLIVNPHGIPSRMTVGQLIEAIGGKVASLTGRRVDGTAFIGEPEEKLRKELEELGFKHSGREIMYDGITGRRLEADIFIGVIYYQRLHHMVADKMHARSRGPVQVLTKQPTEGRAREGGLRFGEMERDVLIGHGAAMLLIERLLEESDKTEVWVCESCGHLALEDKRRGKVYCPVCGEDERISKVEMSYAFKLLLDELKAMVIRPSLRLKDRV

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit A" ;
分子量 formula_weight	43727.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVAEKTIKSMVSKAELPDNIKEELYAKLIEYNEKYKLKKDEIQAIIDETVREYQKALIEPGEAVGTVAAQSIGEPSTQMTLNTFHYAGVAEINVTLGLPRIIEIVDARKNPSTPIMTVYLDEEHRYDRDKALEVARRIEGTTLENLAREETIDILNMEYVVEIDPERLEKAGLDMEKVVRKLTGSFKSAEFEAEGYTLVVRPKKVTKLSDLRKIAEKVKKHRLKGLSGVGKTIIRKEGDEYVIYTEGSNFKQVLKVPGVDPTRTRTNNIWEIAEVLGIEAARNAIIDEIVSTMREQGLEVDVRHIMLVADMMTLDGVIRPIGRHGIVGEKASVLARAAFEITTQHLFAAAERGEVDPLNGVVENVLIGQPVPVGTGIVKLAMSLPLRPKRE

Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit D
分子量 formula_weight	29658.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MPMVEFKILEKRPDSIKFIVSGVDVPFANALRRTILSEVPTFAVDEVEFLENDSALFDEIIAHRLAMIPLTTPHERFSLDALELDDYTVTLSLEAEGPGMVYSGDLKSSDGDVKPANPNIPIVKLAEGQRLTFNAYARLGRGKDHAKWQPGFVYYKYLTKIHVSKDVPDWEELKELAERRGLPVEESDEEIVITTIKAFYLPRKFEEHMGKGIREEIVPGSFVFTVETNGELPVEEIVSIALKILMRKSDRFINELHKLAD

Entity 5 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit E
分子量 formula_weight	21893.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MYKLLKVKDVVRIPPRMFTMDPKEAAKIVLRETYEGIYDRDEGVVLAILDVEEISEGVIVPGDGATYHEAIFNVLVWEPRNQEVVEGEVVEMMPYGAFIRIGPMDGLVHISQLMDDYVVFDEKNRQFIGKETNRVLKLGDYVRARIIGVSVKSRVIRENKINMTMRQPGLGKFEWIEKEKKKAKEESKGE

Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit F
分子量 formula_weight	14519.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MIGRKKLEEHYITIAEAKELLERRHAEGLAENPEEPMFYEARVSLEHAERFAKLKPEQARELKEKLMGLFDWINERIAAKLVDILPEDYLDIRVIFAKEEYMPTPEEAEEIIKVIDEYRPLE

Entity 7 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit H
分子量 formula_weight	9522.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAAKKEFNIFDHVLVPEHRILSEEEKEELLKKYRIRISQLPQIKASDPAVVALGAKPGDVIEIKRKSPTAGYYYYYRLVVED

Entity 8 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit K
分子量 formula_weight	6583.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MVVVFRYTRFEKARIIGARALQIAMGAPVLIDVPEGITPLQAALLEFEKGVIPITVIRPS

Entity 9 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit L
分子量 formula_weight	11013.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MRIEVIRREENLLEFYLEGEDHTFANLLTETLHENEHVTFAGYTIEHPITMARKPRFKVVTDGKITPEKALEEAAQKIFDRAREVLEAWKAAIE

Entity 10 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit N
分子量 formula_weight	7602.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MIVPVRCFTCGKVLADKYYEFKKRVEAGEDPGKVLDDLGVERYCCRRTLLSHVELIDQVMVYKVY

Entity 11 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit P
分子量 formula_weight	5553.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MATAVYRCAKCGKEVELDLATAREVRCPYCGSKILYKPRPRVARRVKAI

Entity 12 polymer

描述 description	Transcription elongation factor Spt5
分子量 formula_weight	16776.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MAEGKIFTVSVTVGQETTTANLIYSKAKTYNLPLYAILSPSKVKGYIFIEAPNKSAVEEAIRGIRHAKRVLPGEIPFSEIEHFLEEKPAVSGFEPGDIVELIAGPFKGEKAKVVRVDESKDEIVVELVSSVVPIPVTVRGEYVRLISKRQKE

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	311400
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 13 polymer

描述 description	Transcription elongation factor Spt4
分子量 formula_weight	8561.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

HHHHHHMAKERACRHCHYITTEDRCPVCGSRDLSDDWFDLVIVLDVESRIAKKLRESIPEAAKVPGKYAIRVR

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	311400
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 14 polymer

描述 description	Transcription termination factor FttA
分子量 formula_weight	73473.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,M

MIRRETFVDDILKEIREIIVQMVPREAGITDVEFEGPELVIYVKNPEAMMKDGELIKNLAKVLKKRISVRPDPDILLPPEKAEELIKQLVPPEAEITNISFDPSVGEVLIEARKPGLVIGKNGETLRLITQKVHWAPRVVRTPPIQSQTIYSIRSILQTESKDRRKFLRQVGRNIYRKSEYKSRWIRITGLGGFREVGRSALLVQTDESYVLVDFGVNIAALKDPTKAYPHFDAPEFRYVLDEGLLDAIIITHAALDHSGMLPYLFRYKLFDGPIYTTPPTRDLMTLLQQDFIEIQHMNGVEPLYRPKDIKEVIKHTITLDYGEVRDIAPDIRLTLHNAGHILGSSIVHLHIGNGLHNIAITGDFKFIPTRLFEPAVSRFPRLETLVMESTYGGSNDYQMPREEAEKRLIEVIHQTLKRGGKVLIPAMAVGRAQEIMMVLEEYARVGGIEVPIYLDGMIWEATAIHTAYPEYLSKHIREQIFHEGYNPFLNPIFKSVANSRERQDIIDSGEPAIIIATSGMLVGGPSVEYFKQLAPDPKNSIIFVSYQAEGTLGRQVQRGLREIPIVGEDGRTEVINVNMEVHTIDGFSGAADRRELMSYVARVRPRPERIITVHGEAHKCLDLSSSIHKKFGISTRAPNNLDAIRLK

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	311400
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 15 polymer

描述 description	non-template strand DNA
分子量 formula_weight	11096.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	5

GAGTCATGATCATATTATTTTTTAGTCCAGACAGTG

Entity 16 polymer

描述 description	template strand DNA
分子量 formula_weight	11060.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	6

CACTGTCTGGACTGGTCGGCGCTATGATCATGACTC

Entity 17 polymer

描述 description	RNA (29-MER)
分子量 formula_weight	16033.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	7

UUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCAUUUGCGCCGACC

Entity 18 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 19 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	137835

fit	/app/data/saxs_computation/bc/9bcu/9bcu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bc/9bcu/9bcu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bc/9bcu/9bcu.dat

Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis FttA-dependent transcription pre-termination complex containing 52 nt RNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (19)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)