9bdi

Crystal structure of HIV-1 MPER scaffold in complex with antibody Fab Ab45.2

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 189.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bdi
沉积日期 deposition_date	2024-04-11
最后修订 last_revision	2025-02-19
结构标题 title	Crystal structure of HIV-1 MPER scaffold in complex with antibody Fab Ab45.2
关键词 keywords	membrane-proximal external region (MPER), HIV-1, germline targeting, B cell, germinal center, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	53.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.81 Å
零角强度 I(0) i0	257298000.00
分子量 molecular_weight	131820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	164940 Å³
包络体积 envelope_volume	243330 Å³
水化壳体积 shell_volume	43696 Å³
包络直径 envelope_diameter	197.0 Å
壳层 Rg shell_rg	44.81 Å
包络 Rg envelope_rg	54.62 Å
形状 Rg shape_rg	54.78 Å
总 Rg total_rg	54.50 Å
总原子数 total_atoms	9288
残基数 n_residues	1202
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	189.7 Å
Rg (实空间) rg_real	54.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.3610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	256700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6823
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.672
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.264
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.432; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.338; Smooth: 0.233

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	GT10.2 glycan KO
分子量 formula_weight	17528.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9996

VTQEDIIRALASPLIKDGMVDEDFAEYVIAREDRSPTGLQAKGVGVAIPHTLGDYVRDNAISVGILDKPVNFEGWYQSPDPVPVRVVFMLAGRTWDDIVIVLKWLKDVILDEEFMKRLLTMSDEEIYRQIYTRISKAPQLSGINFKREYVRHL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 2 polymer

描述 description	Fab 45.2 Heavy Chain
分子量 formula_weight	25031.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSNAWMSWVRQAPGKGLEWVGRIKSKTDGGTTDCAAPVKGRFTISRDDSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTRSAEFYDFWSGYYTGLEYFQHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 3 polymer

描述 description	Fab 45.2 Light Chain
分子量 formula_weight	23452.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,L

DIQMTQSPASLSASVGETVTITCRASGNIHNYLAWYQQKQGKSPQLLVYNAKTLADGVPSRFSGSGSGTQYSLKINSLQPEDVGSYYCQYFWSIPYTFGGGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Mus musculus

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	692

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.617 Å
晶胞边长 b length_b	46.638 Å
晶胞边长 c length_c	178.352 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	86.67 °
晶胞夹角 β angle_beta	86.76 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	77.04 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.070 Å
最低分辨率 resolution_low	44.470 Å
R 因子 r_factor	0.2375
R_work r_work	0.2352
R_free r_free	0.2826

fit	/app/data/saxs_computation/bd/9bdi/9bdi.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bd/9bdi/9bdi.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bd/9bdi/9bdi.dat

Crystal structure of HIV-1 MPER scaffold in complex with antibody Fab Ab45.2

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)