9bf6

Cryo-EM structure of the HIV-1 WITO IDL Env trimer in complex with PGT122 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 163.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bf6
沉积日期 deposition_date	2024-04-16
结构标题 title	Cryo-EM structure of the HIV-1 WITO IDL Env trimer in complex with PGT122 Fab
关键词 keywords	CD4, HIV-1, SOSIP, Vaccine, gp120, gp41, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.77 Å
零角强度 I(0) i0	1248560000.00
分子量 molecular_weight	290030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	361460 Å³
包络体积 envelope_volume	566660 Å³
水化壳体积 shell_volume	91539 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.5 Å
壳层 Rg shell_rg	54.20 Å
包络 Rg envelope_rg	51.43 Å
形状 Rg shape_rg	51.84 Å
总 Rg total_rg	51.61 Å
总原子数 total_atoms	20330
残基数 n_residues	2277
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	163.9 Å
Rg (实空间) rg_real	51.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2490e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1760e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1249000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8899
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	65.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.144
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.603
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	79030000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.723

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp41
分子量 formula_weight	17381.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,I
原子数 atom_count	20330

AVTLGAVFLGFLGAAGSTMGAASLTLTVQARLLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHMLQLTVWGIKQLQARVLAIERYLKDQQLLGIWGCSGKLICTTTVPWNTSWSNKSYDYIWNNMTWMQWEREIDNYTGFIYTLIEESQNQQEKNELELLELD

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein gp120
分子量 formula_weight	53827.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,J

AEQLWVTVYYGVPVWREANTTLFCASDAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEVVMGNVTEDFNMWKNNMVEQMHEDIISLWCQSLKPCVKLTPLCVTLHCTNVTISSTNGSTANVTMREEMKNCSFNTTTVIRDKIQKEYALFYKLDIVPIEGKNTNTSYRLINCNTSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNNKTFNGKGPCRNVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEDIIIRSENFTNNGKNIIVQLKEPVKINCTRPGNNTRRSINIGPGRAFYATGAIIGDIRKAHCNISTEQWNNTLTQIVDKLREQFGNXKTIIFNQSSGGDPEVVMHTFNCGGEFFYCNSTQLFNSTWFNNGTSTWNSTADNITLPCRIKQVINMWQEVGGCGAMYAPPIRGQIDCSSNITGLILTRDGGSNSSQNETFRPGGGNMKDNWRSELYKYKVVKIEPLGIAPTRAKRRVVQRRRRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	PGT122 heavy chain
分子量 formula_weight	14838.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,G,K

QVHLQESGPGLVKPSETLSLTCNVSGTLVRDNYWSWIRQPLGKQPEWIGYVHDSGDTNYNPSLKSRVHLSLDKSKNLVSLRLTGVTAADSAIYYCATTKHGRRIYGVVAFKEWFTYFYMDVWGKGTSVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	PGT122 light chain
分子量 formula_weight	11423.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,H,L

TFVSVAPGQTARITCGEESLGSRSVIWYQQRPGQAPSLIIYNNNDRPSGIPDRFSGSPGSTFGTTATLTITSVEAGDEADYYCHIWDSRRPTNWVFGEGTTLIVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

Entity 6 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	45

Entity 9 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	12615

fit	/app/data/saxs_computation/bf/9bf6/9bf6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bf/9bf6/9bf6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bf/9bf6/9bf6.dat

Cryo-EM structure of the HIV-1 WITO IDL Env trimer in complex with PGT122 Fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 branched

Entity 6 branched

Entity 7 branched

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)