9bfg

Structure of the crosslinked PCP-E didomain of tyrocidine synthetase A

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 105.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bfg
沉积日期 deposition_date	2024-04-17
结构标题 title	Structure of the crosslinked PCP-E didomain of tyrocidine synthetase A
关键词 keywords	Complex, Crosslinked, NRPS, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.38 Å
零角强度 I(0) i0	237839000.00
分子量 molecular_weight	123110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	153620 Å³
包络体积 envelope_volume	187790 Å³
水化壳体积 shell_volume	47211 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.4 Å
壳层 Rg shell_rg	40.40 Å
包络 Rg envelope_rg	32.35 Å
形状 Rg shape_rg	32.38 Å
总 Rg total_rg	32.96 Å
总原子数 total_atoms	17198
残基数 n_residues	1065
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	105.4 Å
Rg (实空间) rg_real	32.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	237800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8889
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.339
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.464
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	89600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.892

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Tyrocidine synthase 1
分子量 formula_weight	62970.7 kDa
EC 编号 ec_number	5.1.1.11
突变 mutation	E882A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	17521

MVPDLTANQSQAAYHPPRTETESILVSIWQNVLGIEKIGIRDNFYSLGGDSIQAIQVVARLHSYQLKLETKDLLNYPTIEQVALFVKSTTRKSDQGIIAGNVPLTPIQKWFFGKNFTNTGHWNQSSVLYRPEGFDPKVIQSVMDKIIEHHDALRMVYQHENGNVVQHNRGLGGQLYDFFSYNLTAQPDVQQAIEAETQRLHSSMNLQEGPLVKVALFQTLHGDHLFLAIHHLVVDGISWRILFEDLATGYAQALAGQAISLPEKTDSFQSWSQWLQEYANEADLLSEIPYWESLESQAKNVSLPKDYEVTDCKQKSVRNMRIRLHPEETEQLLKHANQAYQTEINDLLLAALGLAFAEWSKLAQIVIHLAGHGREDIIEQANVARTVGWFTSQYPVLLDLKQTAPLSDYIKLTKENMRKIPRKGIGYDILKHVTLPENRGSLSFRVQPEVTFNYLGQFDADMRTELFTRSPYSGGNTLGADGKNNLSPESEVYTALNITGLIEGGELVLTFSYSSEQYREESIQQLSQSYQKHLLAIIAHCTEKKGSRSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Brevibacillus parabrevis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	54914
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-N-pentyl-beta-alaninamide
分子量 formula_weight	368.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	323

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	216.381 Å
晶胞边长 b length_b	216.381 Å
晶胞边长 c length_c	59.758 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.180 Å
最低分辨率 resolution_low	46.850 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1882
R_free r_free	0.2283

fit	/app/data/saxs_computation/bf/9bfg/9bfg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bf/9bfg/9bfg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bf/9bfg/9bfg.dat