SAXSdb — 9bhh

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bhh
沉积日期 deposition_date	2024-04-20
结构标题 title	Cryo-EM structure of Chikungunya virus asymmetric unit with Fab IM-CKV063
关键词 keywords	CHIKV, Fab IM-CKV063, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	72.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	72.66 Å
零角强度 I(0) i0	6410380000.00
分子量 molecular_weight	666770.0 kDa
排除体积 excluded_volume	830040 Å³
包络体积 envelope_volume	1487500 Å³
水化壳体积 shell_volume	171890 Å³
包络直径 envelope_diameter	248.6 Å
壳层 Rg shell_rg	70.99 Å
包络 Rg envelope_rg	71.60 Å
形状 Rg shape_rg	72.64 Å
总 Rg total_rg	72.73 Å
总原子数 total_atoms	92756
残基数 n_residues	6088
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	213.2 Å
Rg (实空间) rg_real	72.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3900e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2160e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	72.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6407000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8496
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	87.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.353
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.279
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0252
最高正则化参数 α highest_alpha	344100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.969; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.141

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	E1 glycoprotein
分子量 formula_weight	47359.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	92756

YEHVTVIPNTVGVPYKTLVNRPGYSPMVLEMELLSVTLEPTLSLDYITCEYKTVIPSPYVKCCGTAECKDKSLPDYSCKVFTGVYPFMWGGAYCFCDTENTQLSEAHVEKSESCKTEFASAYRAHTASASAKLRVLYQGNNVTVSAYANGDHAVTVKDAKFIVGPMSSAWTPFDNKIVVYKGDVYNMDYPPFGAGRPGQFGDIQSRTPESEDVYANTQLVLQRPSAGTVHVPYSQAPSGFKYWLKERGASLQHTAPFGCQIATNPVRAMNCAVGNMPISIDIPDAAFTRVVDAPSLTDMSCEVPACTHSSDFGGVAIIKYAASKKGKCAVHSMTNAVTIREAEIEVEGNSQLQISFSTALASAEFRVQVCSTQVHCAAECHPPKDHIVNYPASHTTLGVQDISVTAMSWVQKITGGVGLVVAVAALILIVVLCVSFSR

Entity 2 polymer

描述 description	E2 glycoprotein
分子量 formula_weight	47006.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

NFNVYKAIRPYLAHCPDCGEGHSCHSPVALERIRNEATDGTLKIQVSLQIGIKTDDSHDWTKLRYMDNHMPADAERARLFVRTSAPCTITGTMGHFILARCPKGETLTVGFTDGRKISHSCTHPFHHDPPVIGREKFHSRPQHGRELPCSTYAQSTAATAEEIEVHMPPDTPDRTLMSQQSGNVKITVNSQTVRYKCNCGDSNEGLTTTDKVINNCKVDQCHAAVTNHKKWQYNSPLVPRNAELGDRKGKVHIPFPLANVTCRVPKARNPTVTYGKNQVIMLLYPDHPTLLSYRNMGEEPNYQEEWVTHKKEIRLTVPTEGLEVTWGNNEPYKYWPQLSTNGTAHGHPHEIILYYYELYPTMTVVVVSVASFVLLSMVGVAVGMCMCARRRCITPYELTPGATVPFLLSLICCIRTAK

Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	16428.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,I,K,L

NDCIFEVKHEGKVTGYACLVGDKVMKPAHVKGTIDNADLAKLAFKRSSKYDLECAQIPVHMKSDASKFTHEKPEGYYNWHHGAVQYSGGRFTIPTGAGKPGDSGRPIFDNKGRVVAIVLGGANEGARTALSVVTWNKDIVTKITPEGAEEW

Entity 4 polymer

描述 description	Light chain of IM-CKV063
分子量 formula_weight	23446.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,O,Q,S

EIVMTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYDASNRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYANSRRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGE

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Heavy Chain of IM-CKV063
分子量 formula_weight	25712.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,P,R,T

QVQLVQSGAEVKKPGSAVKVSCKASGGTLRKYAISWLRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADESTTTPYTTTPYTSTAYIELTSLRSEDTAVYYCARDLGPLTGYSYSYFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHT

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	E3 glycoprotein
分子量 formula_weight	6955.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V,W,X

PVMCLLANTTFPCSQPPCTPCCYEKEPEETLRMLEDNVMRPGYYQLLQASLTCSPHRQRR

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	401348

fit	/app/data/saxs_computation/bh/9bhh/9bhh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bh/9bhh/9bhh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bh/9bhh/9bhh.dat

Cryo-EM structure of Chikungunya virus asymmetric unit with Fab IM-CKV063

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)