9bhy

Structure of FbsH, an NRPS adenylation domain in the fimsbactin biosynthetic pathway bound to 2,3-dihydroxybenzoic acid.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 106.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bhy
沉积日期 deposition_date	2024-04-22
结构标题 title	Structure of FbsH, an NRPS adenylation domain in the fimsbactin biosynthetic pathway bound to 2,3-dihydroxybenzoic acid.
关键词 keywords	NRPS Adenylation Domain Nonribosomal peptide siderophore Inhibitor, LIGASE, LIGASE-SUBSTRATE complex; LIGASE/SUBSTRATE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.52 Å
零角强度 I(0) i0	180656000.00
分子量 molecular_weight	109970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	138550 Å³
包络体积 envelope_volume	176900 Å³
水化壳体积 shell_volume	44049 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.4 Å
壳层 Rg shell_rg	40.37 Å
包络 Rg envelope_rg	32.42 Å
形状 Rg shape_rg	33.53 Å
总 Rg total_rg	34.03 Å
总原子数 total_atoms	7799
残基数 n_residues	1031
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	106.0 Å
Rg (实空间) rg_real	34.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	180700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8879
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	36.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.269
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.593
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.667

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	2,3-dihydroxybenzoate-AMP ligase
分子量 formula_weight	64313.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7982

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSIMFIEQDIQLGYVPFPKSRAQQYRDEGCWKSQTHFQLLASLKDRFAQRVAVIQDDKQLTYQQLYDYAIHYGTYLKQQGIRETDFVLLQSPNVIEVFIVIFGLYAIGARPVFCLHGHGSYEIENIARQSRAVGFLKLCGSANESTATDVCEEFSKPNFKLWFRESIVSRSSIEASLPQLQGVAPAFNLRAQSESEDIAFLQLSGGTTGLPKLIPRTHADYIYSIEKSVDVAGLTQDTKQLVVLPVMHNFCMSSPGFLGVFYVGGTVVLSQLTHPRVCFELIEKYQIQQVSLVPAIATLWLNAESLKDYDLSSLQVVQVGGAKLLPSLAEQIIDTLQVKLQQVYGMAEGLVNFTHLDDSDQITIQTQGKKLSHLDEIRIADQDGNALPINAIGHIQTRGPYTINGYYNLPEINQRAFTQDGFYKTGDIGYLDENLNIVVTGREKEQINRSGEKITPSEIEEFILQYPSVKDVCVIGVSDDYLGERIKAIIIPKLDDSEINLKNIRKFLISKNIAHFKIPDEIEVVADFKYTHVGKVNRQKLG

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter baumannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	400667
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	2,3-DIHYDROXY-BENZOIC ACID
分子量 formula_weight	154.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	183

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.410 Å
晶胞边长 b length_b	74.478 Å
晶胞边长 c length_c	75.493 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	85.04 °
晶胞夹角 β angle_beta	69.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	70.29 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	35.620 Å
R 因子 r_factor	0.1943
R_work r_work	0.1926
R_free r_free	0.2352

fit	/app/data/saxs_computation/bh/9bhy/9bhy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bh/9bhy/9bhy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bh/9bhy/9bhy.dat

Structure of FbsH, an NRPS adenylation domain in the fimsbactin biosynthetic pathway bound to 2,3-dihydroxybenzoic acid.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction