SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
下载 Download
| 条目编号 entry_id | 9bic |
| 沉积日期 deposition_date | 2024-04-23 |
| 最后修订 last_revision | 2024-09-18 |
| 结构标题 title | N-Me-D-Leu2,D-Thr5-clovibactin |
| 关键词 keywords | depsipeptide, ANTIBIOTIC; ANTIBIOTIC |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
| 回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier | 12.78 Å |
| 回转半径 Rg (电子) rg_electron | 11.12 Å |
| 零角强度 I(0) i0 | 1124620.00 |
| 分子量 molecular_weight | 7875.0 kDa |
| 排除体积 excluded_volume | 10226 ų |
| 包络体积 envelope_volume | 10706 ų |
| 水化壳体积 shell_volume | 8470 ų |
| 包络直径 envelope_diameter | 35.1 Å |
| 壳层 Rg shell_rg | 16.37 Å |
| 包络 Rg envelope_rg | 11.27 Å |
| 形状 Rg shape_rg | 11.13 Å |
| 总 Rg total_rg | 12.63 Å |
| 总原子数 total_atoms | 1115 |
| 残基数 n_residues | 40 |
| 球谐函数阶数 n_harmonics | 20 |
| q 范围 q_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 数据点数 n_points | 101 |
| 壳层类型 shell_type | directional |
| 溶剂电子密度 solvent_density | 0.3340 e/ų |
| 壳层衬度 contrast_shell | 0.0300 e/ų |
| CRYSOL 版本 crysol_version | 4.1.3 |
| 最大尺寸 Dmax dmax | 37.7 Å |
| Rg (实空间) rg_real | 12.65 Å |
| Rg 误差 (实空间) rg_real_error | 0.21 Å |
| I(0) (实空间) i0_real | 1.1250e+06 |
| I(0) 误差 (实空间) i0_real_error | 1.0660e+04 |
| Rg (倒空间) rg_reciprocal | 12.67 Å |
| I(0) (倒空间) i0_reciprocal | 1125000.0000 |
| 解质量估计 total_estimate | 0.8609 |
| 解质量评级 solution_quality |
GOOD
a GOOD solution
|
| P(r) 峰数 n_peaks | 2 |
| 主峰位置 r_peak_primary | 18.6 Å |
| 偏度 Skewness skewness | -0.148 |
| 峰度 Kurtosis kurtosis | -0.245 |
| 角度范围 angular_range | — – 0.5000 Å−1 |
| 当前正则化参数 α current_alpha | 0.0000 |
| 最高正则化参数 α highest_alpha | 149000.0000 |
| 实空间数据点数 n_real_points | 80 |
| GNOM 版本 gnom_version | 4.1.3 |
| 质量判据 quality_criteria |
AN1: 0.000;
Oscil: 0.762;
Stabil: 0.999;
Sysdev: 1.000;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.953;
Smooth: 0.950
|
晶胞参数 Unit Cell
| 晶胞边长 a length_a | 23.504 Å |
| 晶胞边长 b length_b | 47.773 Å |
| 晶胞边长 c length_c | 54.078 Å |
| 晶胞夹角 α angle_alpha | 90.00 ° |
| 晶胞夹角 β angle_beta | 90.00 ° |
| 晶胞夹角 γ angle_gamma | 90.00 ° |
| 晶胞分子数 Z z_pdb | 32 |
对称性 Symmetry
| 空间群 space_group | P 2 21 21 |
| 空间群编号 int_tables_number | 18 |
| 晶系 crystal_system | — |
精修参数 Refinement
| 分辨率 resolution | 2.050 Å |
| 最低分辨率 resolution_low | 27.040 Å |
| R 因子 r_factor | 0.1598 |
| R_work r_work | 0.1550 |
| R_free r_free | 0.2038 |
衍射实验 Diffraction
Entity 1
polymer
| 描述 description | PHE-MLU-DLY-SER-DTH-ALA-LEU-LEU |
| 分子量 formula_weight | 906.1 kDa |
| 来源方法 src_method | syn |
| 拷贝数 entity_count | 8 |
聚合体 Polymer
| 聚合体类型 type | polypeptide(L) |
| 链编号 strand_id | A,B,C,D,E,F,G,H |
| 原子数 atom_count | 1194 |
FXKSTALL
Entity 2
non-polymer
| 描述 description | CADMIUM ION |
| 分子量 formula_weight | 112.4 kDa |
| 来源方法 src_method | syn |
| 拷贝数 entity_count | 4 |
Entity 3
non-polymer
| 描述 description | SULFATE ION |
| 分子量 formula_weight | 96.1 kDa |
| 来源方法 src_method | syn |
| 拷贝数 entity_count | 3 |
Entity 4
water
| 描述 description | water |
| 分子量 formula_weight | 18.0 kDa |
| 来源方法 src_method | nat |
| 拷贝数 entity_count | 79 |
Structure-Activity Relationship Studies of the Peptide Antibiotic Clovibactin.
J.Org.Chem. (2024)
Files (7)
- pr_distribution /app/data/pr_computation/bi/9bic/pr_distribution.json
- pr_output /app/data/pr_computation/bi/9bic/9bic.pr.out
- pr_plot /app/data/visualization/pr_computation/bi/9bic/9bic_pr_distribution.png
- saxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/bi/9bic/9bic.dat
- saxs_fit /app/data/saxs_computation/bi/9bic/9bic.fit
- saxs_log /app/data/saxs_computation/bi/9bic/9bic.log
- saxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/bi/9bic/9bic_saxs_profile.png
Curves (3)
| fit |
/app/data/saxs_computation/bi/9bic/9bic.fit |
| pddf |
/app/data/pr_computation/bi/9bic/9bic.pr.out |
| profile |
/app/data/saxs_computation/bi/9bic/9bic.dat |