9bih

SARS-CoV-2 endoribonuclease Nsp15 bound to dsRNA with 1 nucleotide bulge

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 126.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bih
沉积日期 deposition_date	2024-04-23
结构标题 title	SARS-CoV-2 endoribonuclease Nsp15 bound to dsRNA with 1 nucleotide bulge
关键词 keywords	Uridine-specific endonuclease, bulged dsRNA, unpaired nucleotide, coronavirus, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.89 Å
零角强度 I(0) i0	961618000.00
分子量 molecular_weight	250940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	311800 Å³
包络体积 envelope_volume	424820 Å³
水化壳体积 shell_volume	82649 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.4 Å
壳层 Rg shell_rg	49.42 Å
包络 Rg envelope_rg	40.24 Å
形状 Rg shape_rg	40.88 Å
总 Rg total_rg	41.34 Å
总原子数 total_atoms	17571
残基数 n_residues	2133
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.9 Å
Rg (实空间) rg_real	41.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8110e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	961900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8276
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.101
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.473
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	88070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Uridylate-specific endoribonuclease nsp15
分子量 formula_weight	39246.7 kDa
EC 编号 ec_number	4.6.1.-
突变 mutation	H235A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	17576

SLEMSLENVAFNVVNKGHFDGQQGEVPVSIINNTVYTKVDGVDVELFENKTTLPVNVAFELWAKRNIKPVPEVKILNNLGVDIAANTVIWDYKRDAPAHISTIGVCSMTDIAKKPTETICAPLTVFFDGRVDGQVDLFRNARNGVLITEGSVKGLQPSVGPKQASLNGVTLIGEAVKTQFNYYKKVDGVVQQLPETYFTQSRNLQEFKPRSQMEIDFLELAMDEFIERYKLEGYAFEAIVYGDFSHSQLGGLHLLIGLAKRFKESPFELEDFIPMDSTVKNYFITDAQTGSSKCVCSVIDLLLDDFVEIIKSQDLSVVSKVVKVTIDYTEISFMLWCKDGHVETFYPKLQ

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	RNA (35-mer)
分子量 formula_weight	11127.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

UUUAGAUUUCAUCUAAACGAACAAACUAAAAUGUC

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 3 polymer

描述 description	RNA (34-mer)
分子量 formula_weight	10826.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	H

GACAUUUUAGUUUGUUCGUUUGAUGAAAUCUAAA

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	synthetic construct

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.24 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	217900

fit	/app/data/saxs_computation/bi/9bih/9bih.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bi/9bih/9bih.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bi/9bih/9bih.dat

SARS-CoV-2 endoribonuclease Nsp15 bound to dsRNA with 1 nucleotide bulge

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)