9bkx

Mycobacterium tuberculosis encapsulin in complex with DyP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 221.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9bkx
沉积日期 deposition_date	2024-04-29
结构标题 title	Mycobacterium tuberculosis encapsulin in complex with DyP
关键词 keywords	Encapsulin, DyP, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	78.32 Å
零角强度 I(0) i0	5108700000.00
分子量 molecular_weight	601840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	751910 Å³
包络体积 envelope_volume	1497600 Å³
水化壳体积 shell_volume	162840 Å³
包络直径 envelope_diameter	235.0 Å
壳层 Rg shell_rg	79.80 Å
包络 Rg envelope_rg	72.12 Å
形状 Rg shape_rg	78.31 Å
总 Rg total_rg	78.37 Å
总原子数 total_atoms	42332
残基数 n_residues	5409
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	221.7 Å
Rg (实空间) rg_real	78.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1090e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0880e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	78.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5112000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8464
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	121.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.050
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.779
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	126800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Type 1 encapsulin shell protein
分子量 formula_weight	30461.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	42837

MNNLYRDLAPVTEAAWAEIELEAARTFKRHIAGRRVVDVSDPGGPVTAAVSTGRLIDVKAPTNGVIAHLRASKPLVRLRVPFTLSRNEIDDVERGSKDSDWEPVKEAAKKLAFVEDRTIFEGYSAASIEGIRSASSNPALTLPEDPREIPDVISQALSELRLAGVDGPYSVLLSADVYTKVSETSDHGYPIREHLNRLVDGDIIWAPAIDGAFVLTTRGGDFDLQLGTDVAIGYASHDTDTVRLYLQETLTFLCYTAEASVALSHKLAAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Dye-decolorizing peroxidase
分子量 formula_weight	36086.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.11.1.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d,g,h,i,p,q,r,s,t

MAVPAVSPQPILAPLTPAAIFLVATIGADGEATVHDALSKISGLVRAIGFRDPTKHLSVVVSIGSDAWDRLFAGPRPTELHPFVELTGPRHTAPATPGDLLFHIRAETMDVCFELAGRILKSMGDAVTVVDEVHGFRFFDNRDLLGFVDGTENPSGPIAIKATTIGDEDRNFAGSCYVHVQKYVHDMASWESLSVTEQERVIGRTKLDDIELDDNAKPANSHVALNVITDDDGTERKIVRHNMPFGEVGKGEYGTYFIGYSRTPTVTEQMLRNMFLGDPAGNTDRVLDFSTAVTGGLFFSPTIDFLDHPPPLPQAATPTLAAGSLSIGSLKGSPR

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	41

Entity 4 non-polymer

描述 description	NONAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	78

Entity 6 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	33

Entity 7 non-polymer

描述 description	DODECAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	546.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	392

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	313.451 Å
晶胞边长 b length_b	313.451 Å
晶胞边长 c length_c	313.451 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	240

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	49.560 Å
R 因子 r_factor	0.2026
R_work r_work	0.2011
R_free r_free	0.2327

fit	/app/data/saxs_computation/bk/9bkx/9bkx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bk/9bkx/9bkx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bk/9bkx/9bkx.dat

Mycobacterium tuberculosis encapsulin in complex with DyP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)